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万見
- PDB-4j7c: KtrAB potassium transporter from Bacillus subtilis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j7c
タイトルKtrAB potassium transporter from Bacillus subtilis
要素
  • Ktr system potassium uptake protein A
  • Ktr system potassium uptake protein B
キーワードTRANSPORT PROTEIN / KtrB pore-forming membrane protein / KtrA regulatory cytosolic ring / Potassium ion transport / Potassium / cell membrane / cytosol
機能・相同性
機能・相同性情報


potassium:chloride symporter activity / potassium ion transmembrane transporter activity / monoatomic cation transmembrane transporter activity / potassium ion transmembrane transport / potassium ion transport / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
TrkH potassium transport family / Cation transporter / Cation transport protein / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain / : / Regulator of K+ conductance, N-terminal / TrkA-N domain / Regulator of K+ conductance, C-terminal / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain superfamily / TrkA-C domain ...TrkH potassium transport family / Cation transporter / Cation transport protein / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain / : / Regulator of K+ conductance, N-terminal / TrkA-N domain / Regulator of K+ conductance, C-terminal / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain superfamily / TrkA-C domain / RCK C-terminal domain profile. / RCK N-terminal domain profile. / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Alpha-Beta Plaits / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / Ktr system potassium uptake protein A / Ktr system potassium uptake protein B
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Vieira-Pires, R.S. / Morais-Cabral, J.H.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: The structure of the KtrAB potassium transporter
著者: Vieira-Pires, R.S. / Szollosi, A. / Morais-Cabral, J.H.
履歴
登録2013年2月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月7日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ktr system potassium uptake protein A
B: Ktr system potassium uptake protein A
C: Ktr system potassium uptake protein A
D: Ktr system potassium uptake protein A
E: Ktr system potassium uptake protein A
F: Ktr system potassium uptake protein A
G: Ktr system potassium uptake protein A
H: Ktr system potassium uptake protein A
I: Ktr system potassium uptake protein B
J: Ktr system potassium uptake protein B
K: Ktr system potassium uptake protein B
L: Ktr system potassium uptake protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)406,08724
ポリマ－401,87412
非ポリマー4,21412
水00
1
A: Ktr system potassium uptake protein A
B: Ktr system potassium uptake protein A
C: Ktr system potassium uptake protein A
D: Ktr system potassium uptake protein A
E: Ktr system potassium uptake protein A
F: Ktr system potassium uptake protein A
G: Ktr system potassium uptake protein A
H: Ktr system potassium uptake protein A
I: Ktr system potassium uptake protein B
J: Ktr system potassium uptake protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)304,72320
ポリマ－300,58810
非ポリマー4,13610
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Ktr system potassium uptake protein A
B: Ktr system potassium uptake protein A
C: Ktr system potassium uptake protein A
D: Ktr system potassium uptake protein A
E: Ktr system potassium uptake protein A
F: Ktr system potassium uptake protein A
G: Ktr system potassium uptake protein A
H: Ktr system potassium uptake protein A
K: Ktr system potassium uptake protein B
L: Ktr system potassium uptake protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)304,72320
ポリマ－300,58810
非ポリマー4,13610
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area53580 Å2
ΔGint-318 kcal/mol
Surface area136910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)146.520, 140.190, 153.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.69, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H
12I
22J
32K
42L

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSMETMETAA7 - 2227 - 222
21LYSLYSMETMETBB7 - 2227 - 222
31LYSLYSMETMETCC7 - 2227 - 222
41LYSLYSMETMETDD7 - 2227 - 222
51LYSLYSMETMETEE7 - 2227 - 222
61LYSLYSMETMETFF7 - 2227 - 222
71LYSLYSMETMETGG7 - 2227 - 222
81LYSLYSMETMETHH7 - 2227 - 222
12PROPROGLYGLYII16 - 44536 - 465
22PROPROGLYGLYJJ16 - 44536 - 465
32PROPROGLYGLYKK16 - 44536 - 465
42PROPROGLYGLYLL16 - 44536 - 465

NCSアンサンブル:
ID
1
2
詳細THE KNOWN BIOLOGICAL RELEVANT ASSEMBLY IS ONE OCTAMER BOUND TO ONE DIMER, THEREFORE EITHER "CHAINS: A, B, C, D, E, F, G, H, AND CHAINS: I,J" OR "CHAINS: A, B, C, D, E, F, G, H, AND CHAINS: K,L".

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要素

#1: タンパク質
Ktr system potassium uptake protein A / K(+)-uptake protein KtrA


分子量: 24912.748 Da / 分子数: 8 / 変異: C22V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: ktrA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O32080
#2: タンパク質
Ktr system potassium uptake protein B / K(+)-uptake protein KtrB


分子量: 50642.891 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: ktrB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O32081
#3: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.52 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M (N-(2-Acetamido)-iminodiacetic acid) buffer, 20% polyethylene glycol 400, 0.2M ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→148.186 Å / Num. all: 90089 / Num. obs: 87633 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 2.5 / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 2.3 % / Rsym value: 0.163 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル

Rmerge(I) obs: 0.013 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) allMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
3.3-3.482.11.7550.627187126931.111.7551.3470.696.7
3.48-3.692.21.0780.926526121100.6791.0780.8291.197.6
3.69-3.942.30.7041.425576113620.4410.7040.5441.697.5
3.94-4.262.30.3862.624499106480.240.3860.2992.997.8
4.26-4.672.30.2294.32285197580.1410.2290.1784.897.6
4.67-5.222.40.1875.22100488700.1150.1870.146697.7
5.22-6.022.40.1885.21843577670.1160.1880.1476.197.3
6.02-7.382.40.1375.51568166130.0850.1370.1078.397.2
7.38-10.442.40.04420.71202350870.0270.0440.03420.796.5
10.44-55.0032.30.02922.8631527250.0180.0290.02231.393.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
PHASER位相決定
直接法位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
DNAデータ収集
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3PJZ, 2HMW

3pjz

2hmw


解像度: 3.5→147.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.832 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.834 / WRfactor Rfree: 0.2367 / WRfactor Rwork: 0.2286 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8092 / SU B: 34.155 / SU ML: 0.521 / SU Rfree: 0.7153 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.715 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2734 3061 5.1 %RANDOM
Rwork0.258 ---
all0.2588 60372 --
obs0.2588 60372 79.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 200 Å2 / Biso mean: 66.3195 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.88 Å20 Å2-0.32 Å2
2---2.82 Å20 Å2
3---3.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→147.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26744 0 252 0 26996
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0227048
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3851.97736781
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.36153432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.76224.3571003
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.213154579
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.6371597
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.24490
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02119505
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: TIGHT THERMAL / Weight position: 0.5

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A15919.31
12B159111.1
13C159118.95
14D159114.58
15E159114.12
16F15918.91
17G159115.39
18H159113.25
21I32206.94
22J32207.33
23K32208.52
24L32207.02
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.591 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 55 -
Rwork0.302 1014 -
all-1069 -
obs--19.36 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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