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万見
- PDB-4j79: Crystal structure of beta'-COP/PEDVspike complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j79
タイトルCrystal structure of beta'-COP/PEDVspike complex
要素
  • Coatomer subunit beta'
  • Spike glycoprotein
キーワードPROTEIN TRANSPORT / SEC27 / Beta propeller domain / ER retrieval signal
機能・相同性
機能・相同性情報


COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / COPI vesicle coat / late endosome to vacuole transport via multivesicular body sorting pathway / intracellular mRNA localization / intra-Golgi vesicle-mediated transport / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / ubiquitin binding / intracellular protein transport ...COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / COPI vesicle coat / late endosome to vacuole transport via multivesicular body sorting pathway / intracellular mRNA localization / intra-Golgi vesicle-mediated transport / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / ubiquitin binding / intracellular protein transport / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / Golgi membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Coatomer beta' subunit (COPB2) / Spike glycoprotein, Alphacoronavirus / Coatomer, WD associated region / : / : / COPA/B second beta-propeller / COPA/B TPR domain / Spike glycoprotein S1, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal ...Coatomer beta' subunit (COPB2) / Spike glycoprotein, Alphacoronavirus / Coatomer, WD associated region / : / : / COPA/B second beta-propeller / COPA/B TPR domain / Spike glycoprotein S1, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD domain, G-beta repeat / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / G-protein beta WD-40 repeat / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Coatomer subunit beta' / Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Porcine epidemic diarrhea virus (ブタ流行性下痢ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.559 Å
データ登録者Ma, W. / Goldberg, J.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2013
タイトル: Rules for the recognition of dilysine retrieval motifs by coatomer.
著者: Ma, W. / Goldberg, J.
履歴
登録2013年2月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月17日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coatomer subunit beta'
B: Spike glycoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0492
ポリマ－35,0492
非ポリマー00
水6,449358
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area810 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area11970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.100, 51.180, 85.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.75, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-411-

HOH

21A-594-

HOH

31A-637-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Coatomer subunit beta' / Beta'-coat protein / Beta'-COP


分子量: 34307.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P41811
#2: タンパク質・ペプチド Spike glycoprotein / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein


分子量: 740.846 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 1378-1383 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Porcine epidemic diarrhea virus (ブタ流行性下痢ウイルス)
参照: UniProt: Q91AV1
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 358 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.25 %

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: Cryogenically-cooled single crystal Si(220) side bounce
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.559→83.465 Å / Num. obs: 43962 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): 13.3

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8_1069) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.559→42.006 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.196 1998 4.55 %RANDOM
Rwork0.1647 ---
obs0.1661 43890 96.74 %-
all-43962 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.559→42.006 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2456 0 0 358 2814
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092525
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3693444
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.281894
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.103382
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006436
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.559-1.59780.27511410.24732955X-RAY DIFFRACTION96
1.5978-1.6410.29631390.23962943X-RAY DIFFRACTION95
1.641-1.68930.27941410.23352947X-RAY DIFFRACTION95
1.6893-1.74380.30281400.22222929X-RAY DIFFRACTION95
1.7438-1.80610.28851390.21342929X-RAY DIFFRACTION96
1.8061-1.87840.21681420.20482949X-RAY DIFFRACTION95
1.8784-1.96390.24011410.18682957X-RAY DIFFRACTION96
1.9639-2.06750.19841410.16982980X-RAY DIFFRACTION96
2.0675-2.1970.21331450.16213019X-RAY DIFFRACTION99
2.197-2.36660.19791460.16383060X-RAY DIFFRACTION99
2.3666-2.60470.22271430.16633002X-RAY DIFFRACTION98
2.6047-2.98160.18811460.15883071X-RAY DIFFRACTION99
2.9816-3.75610.16291460.14243053X-RAY DIFFRACTION98
3.7561-42.0210.15041480.14433098X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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