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万見
- PDB-4j75: Crystal Structure of a parasite tRNA synthetase, product-bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j75
タイトルCrystal Structure of a parasite tRNA synthetase, product-bound
要素Tryptophanyl-tRNA synthetase
キーワードLIGASE / aminoacyl-tRNA synthetase / aaRS / TrpRS / parasite / protein-substrate complex / Rossmann fold / translation / nucleotide binding
機能・相同性
機能・相同性情報


tryptophan-tRNA ligase / tryptophan-tRNA ligase activity / tryptophanyl-tRNA aminoacylation / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tryptophan-tRNA ligase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, class II-like, putative editing domain superfamily / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / Orthogonal Bundle ...Tryptophan-tRNA ligase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, class II-like, putative editing domain superfamily / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRYPTOPHANYL-5'AMP / tryptophan--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Koh, C.Y. / Kim, J.E. / Verlinde, C.L.M.J. / Hol, W.G.J.
引用ジャーナル: Mol.Biochem.Parasitol. / 年: 2013
タイトル: Crystal structures of Plasmodium falciparum cytosolic tryptophanyl-tRNA synthetase and its potential as a target for structure-guided drug design.
著者: Koh, C.Y. / Kim, J.E. / Napoli, A.J. / Verlinde, C.L. / Fan, E. / Buckner, F.S. / Van Voorhis, W.C. / Hol, W.G.
履歴
登録2013年2月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月29日Group: Database references
改定 1.22013年6月12日Group: Database references
改定 1.32015年5月27日Group: Structure summary
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tryptophanyl-tRNA synthetase
B: Tryptophanyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,6856
ポリマ－94,4332
非ポリマー1,2514
水3,837213
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5480 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area30890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.033, 189.473, 51.450
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Tryptophanyl-tRNA synthetase / Tryptophan--tRNA ligase


分子量: 47216.734 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 229-632 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 遺伝子: PF13_0205 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8IDW3, tryptophan-tRNA ligase
#2: 化合物 ChemComp-TYM / TRYPTOPHANYL-5'AMP


分子量: 533.431 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H24N7O8P
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.28 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M sodium citrate, 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月15日
放射モノクロメーター: VariMax HF (Osmic) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→38.64 Å / Num. obs: 45354 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.171 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 2.4→2.48 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.01 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. measured all: 32129 / Num. unique all: 4348 / % possible all: 98.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation7.98 Å38.64 Å
Translation7.98 Å38.64 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
Aimless0.1.27データスケーリング
PHASER2.5.2位相決定
REFMACrefmac_5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4J76

4j76


解像度: 2.4→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 12.471 / SU ML: 0.148 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.285 / ESU R Free: 0.21 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2225 2309 5.1 %RANDOM
Rwork0.1929 ---
obs0.1944 45312 98.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 158.41 Å2 / Biso mean: 43.9496 Å2 / Biso min: 13.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.18 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.41 Å2-0 Å2
3---0.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6073 0 86 213 6372
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0196312
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.025982
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1651.9748516
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.911313812
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7595738
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.03424.885305
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.43151135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3911518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2912
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0217044
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021512
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7111.9072971
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7091.9062966
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2352.8553702
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 180 -
Rwork0.277 3093 -
all-3273 -
obs--97.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.04860.5263-0.29859.838-2.21920.5132-0.15140.4030.2955-0.63790.371.01370.1288-0.1236-0.21850.20270.00930.02010.2172-0.00690.36214.76411.5236.288
21.4909-0.3731-0.75021.05770.28761.3875-0.02730.06430.11110.00830.04210.179-0.0865-0.1355-0.01470.0213-0.0049-0.00740.0390.02010.054322.2093.9671.615
33.3147-3.80771.29746.8737-1.47811.3365-0.10140.05770.63260.02730.0192-0.0142-0.260.04940.08220.2142-0.03090.00270.17640.01020.360618.28627.058.298
40.63021.1784-0.58637.5632.8934.0157-0.23840.2624-0.1494-1.14870.7868-0.7527-0.15380.4722-0.54840.3760.12080.12710.6994-0.32820.507158.27-21.202-24.163
52.532-0.4340.0981.8183-0.06670.90260.00250.1864-0.2883-0.1762-0.0035-0.13760.23560.02650.00110.0809-0.00830.01990.0437-0.0230.05344.485-14.936-11.943
62.04560.1620.18024.85981.51633.21010.01570.5289-0.7585-0.82540.1171-0.11260.4605-0.0493-0.13280.42620.0066-0.06230.3208-0.08270.492347.702-37.345-17.89
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A244 - 280
2X-RAY DIFFRACTION2A281 - 485
3X-RAY DIFFRACTION3A486 - 632
4X-RAY DIFFRACTION4B244 - 281
5X-RAY DIFFRACTION5B282 - 486
6X-RAY DIFFRACTION6B487 - 632

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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