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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4j74 | ||||||
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タイトル | The 1.2A crystal structure of humanized Xenopus MDM2 with RO0503918 - a nutlin fragment | ||||||
要素 | E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 | ||||||
キーワード | LIGASE/ANTAGONIST / MDM2 / IMIDAZOLINE / LIGASE-ANTAGONIST COMPLEX / E3 UBIQUITIN LIGASE / P53 / NUCLEUS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of biological quality / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin protein ligase activity / p53 binding / regulation of gene expression / regulation of cell cycle / protein ubiquitination / cell cycle / apoptotic process / nucleolus ...regulation of biological quality / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin protein ligase activity / p53 binding / regulation of gene expression / regulation of cell cycle / protein ubiquitination / cell cycle / apoptotic process / nucleolus / negative regulation of apoptotic process / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Xenopus laevis (アフリカツメガエル) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å | ||||||
データ登録者 | Janson, C. / Lukacs, C. / Kammlott, U. / Graves, B. | ||||||
引用 | ジャーナル: ACS Med Chem Lett / 年: 2013 タイトル: Deconstruction of a nutlin: dissecting the binding determinants of a potent protein-protein interaction inhibitor. 著者: Fry, D.C. / Wartchow, C. / Graves, B. / Janson, C. / Lukacs, C. / Kammlott, U. / Belunis, C. / Palme, S. / Klein, C. / Vu, B. #1: ジャーナル: To be Published タイトル: Discovery of RG7112: a small-molecule MDM2 antagonist in clinical development 著者: Vu, B. / Wovkulich, P. / Pizzolato, G. / Jiang, N. / Ding, Q. / Liu, J.-J. / Lovey, A. / Zhao, C. / Glenn, K. / Wen, Y. / Tovar, C. / Thompson, T. / Vassilev, L. / Graves, B. #2: ジャーナル: To be Published タイトル: MDM2 antagonist, RG7112, activates P53 signalling and regresses human tumors in preclinical cancer models 著者: Tovar, C. / Graves, B. / Packman, K. / Filipovic, Z. / Higgins, B. / Xia, M. / Tardell, C. / Garrido, R. / Lee, E. / Linn, M. / Podlaski, F. / Wovkulich, P. / Vu, B. / Vassilev, L.T. #3: ジャーナル: Science / 年: 2004 タイトル: In vivo activation of the p53 pathway by small-molecule antagonists of MDM2. 著者: Vassilev, L.T. / Vu, B.T. / Graves, B. / Carvajal, D. / Podlaski, F. / Filipovic, Z. / Kong, N. / Kammlott, U. / Lukacs, C. / Klein, C. / Fotouhi, N. / Liu, E.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4j74.cif.gz | 35.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4j74.ent.gz | 23 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4j74.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4j74_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4j74_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4j74_validation.xml.gz | 7.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4j74_validation.cif.gz | 9.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j7/4j74 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j7/4j74 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | THE N-TERMINAL DOMAIN OF MDM2 EXISTS AS A MONOMER WHILE THE FULL-LENGTH MOLECULE FORMS DIMERS |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9962.615 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain (UNP residues 21-105) / 変異: I50L, P92H, L95I / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 遺伝子: mdm2 / プラスミド: PUBS 520 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: P56273, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ(ペプチド合成) | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.44 % |
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 40-50% SATURATED AMMONIUM SULFATE, 0.1M MES, PH 6.5, 5% PEG200, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 77 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年8月21日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.12→65 Å / Num. obs: 34640 / % possible obs: 93.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 11.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 5.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.2→36.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1760342.39 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 53.6119 Å2 / ksol: 0.389868 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.2→36.4 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Xplor file |
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