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万見
- PDB-4j6t: Crystal Structure of Tyrosinase from Bacillus megaterium F197A mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j6t
タイトルCrystal Structure of Tyrosinase from Bacillus megaterium F197A mutant
要素Tyrosinase
キーワードOXIDOREDUCTASE / type 3 copper proteins
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
di-copper center containing domain from catechol oxidase / Di-copper center containing domain from catechol oxidase / Tyrosinase CuA-binding region signature. / : / Common central domain of tyrosinase / Tyrosinase and hemocyanins CuB-binding region signature. / Tyrosinase copper-binding domain / Di-copper centre-containing domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Tyrosinase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus megaterium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.43 Å
データ登録者Kanteev, M. / Goldfeder, M. / Adir, N. / Fishman, A.
引用
ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2013
タイトル: The mechanism of copper uptake by tyrosinase from Bacillus megaterium.
著者: Kanteev, M. / Goldfeder, M. / Chojnacki, M. / Adir, N. / Fishman, A.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: First structures of an active bacterial tyrosinase reveal copper plasticity.
著者: Sendovski, M. / Kanteev, M. / Ben-Yosef, V.S. / Adir, N. / Fishman, A.
履歴
登録2013年2月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosinase
B: Tyrosinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,6116
ポリマ－70,3572
非ポリマー2544
水3,729207
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.010, 78.810, 84.340
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.620, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Tyrosinase


分子量: 35178.379 Da / 分子数: 2 / 変異: F197A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus megaterium (バクテリア)
プラスミド: pET9d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B2ZB02, tyrosinase
#2: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5, 18% PEG8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月25日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.43→80.817 Å / Num. all: 26006 / Num. obs: 26006 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.43-2.562.90.1693.81081237320.16998.1
2.56-2.723.30.1553.91176235970.155100
2.72-2.93.20.1374.41103834110.137100
2.9-3.143.20.1274.51012031200.127100
3.14-3.443.20.1095.4938729150.10999.9
3.44-3.843.10.1313.4823126140.13199.9
3.84-4.443.10.0876.5728523130.08799.6
4.44-5.433.10.0837608919650.08399.5
5.43-7.682.80.0757.4429915260.07599.3
7.68-27.4813.30.0757.426468130.07594.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 34.75 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å27.48 Å
Translation2.5 Å27.48 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.16データスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3NM8

3nm8


解像度: 2.43→27.481 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.6 / FOM work R set: 0.8312 / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2375 1318 5.08 %
Rwork0.1961 --
obs0.1983 25932 99.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 24.462 Å2 / ksol: 0.309 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 107.64 Å2 / Biso mean: 33.0452 Å2 / Biso min: 12.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.1595 Å20 Å2-1.1544 Å2
2--1.005 Å20 Å2
3----5.1644 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.43→27.481 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4688 0 4 207 4899
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0164860
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1866625
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081661
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006878
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2891775
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.43-2.52740.3311330.25162676280997
2.5274-2.64230.33871440.239827252869100
2.6423-2.78150.29471540.225127312885100
2.7815-2.95560.26481420.216127462888100
2.9556-3.18340.26061320.213127432875100
3.1834-3.50320.25551600.217727262886100
3.5032-4.00880.24481530.20832745289899
4.0088-5.04560.16421510.14962764291599
5.0456-27.48270.19841490.15912758290798
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 12.9484 Å / Origin y: -12.83 Å / Origin z: 24.9767 Å
111213212223313233
T0.0981 Å2-0.0145 Å20.0227 Å2-0.1149 Å2-0.0034 Å2--0.1389 Å2
L0.2451 °2-0.0654 °20.2281 °2-0.4105 °20.0766 °2--1.1161 °2
S0.007 Å °-0.0334 Å °0.0382 Å °0.0138 Å °0.0123 Å °0.0218 Å °0.0318 Å °0.081 Å °-0.0112 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA4 - 521
2X-RAY DIFFRACTION1allB4 - 486

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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