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- PDB-4hd7: Crystal Structure of Tyrosinase from Bacillus megaterium V218G mu... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4hd7 | ||||||
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Title | Crystal Structure of Tyrosinase from Bacillus megaterium V218G mutant soaked in CuSO4 | ||||||
![]() | Tyrosinase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / tyrosinase / type 3 copper protein | ||||||
Function / homology | ![]() tyrosinase activity / melanin biosynthetic process / pigmentation / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Goldfeder, M. / Kanteev, M. / Adir, N. / Fishman, A. | ||||||
![]() | ![]() Title: Influencing the monophenolase/diphenolase activity ratio in tyrosinase. Authors: Goldfeder, M. / Kanteev, M. / Adir, N. / Fishman, A. #1: ![]() Title: First structures of an active bacterial tyrosinase reveal copper plasticity. Authors: Sendovski, M. / Kanteev, M. / Ben-Yosef, V.S. / Adir, N. / Fishman, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 131.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 103.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 440.6 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 464.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 26.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 36.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 35212.395 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: S2G, V218G Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-CU / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.21 Å3/Da / Density % sol: 44.26 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: PEG 8000, sodium cacodylate, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Detector | Date: Feb 17, 2011 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9763 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.1→82.484 Å / Num. all: 34263 / Num. obs: 34263 / % possible obs: 95.9 % / Redundancy: 2.4 % / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 6.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.98 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.919 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 137.58 Å2 / Biso mean: 26.3701 Å2 / Biso min: 5.94 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→36.214 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 24
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