[English] 日本語
Yorodumi- PDB-4hd6: Crystal Structure of Tyrosinase from Bacillus megaterium V218F mu... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4hd6 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal Structure of Tyrosinase from Bacillus megaterium V218F mutant soaked in CuSO4 | ||||||
Components | Tyrosinase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / tyrosinase / type 3 copper protein | ||||||
Function / homology | Function and homology information tyrosinase activity / melanin biosynthetic process / pigmentation / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bacillus megaterium (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Goldfeder, M. / Kanteev, M. / Adir, N. / Fishman, A. | ||||||
Citation | Journal: Biochim.Biophys.Acta / Year: 2013 Title: Influencing the monophenolase/diphenolase activity ratio in tyrosinase. Authors: Goldfeder, M. / Kanteev, M. / Adir, N. / Fishman, A. #1: Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2011 Title: First structures of an active bacterial tyrosinase reveal copper plasticity. Authors: Sendovski, M. / Kanteev, M. / Ben-Yosef, V.S. / Adir, N. / Fishman, A. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4hd6.cif.gz | 132.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb4hd6.ent.gz | 103.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4hd6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4hd6_validation.pdf.gz | 443.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 4hd6_full_validation.pdf.gz | 466.7 KB | Display | |
Data in XML | 4hd6_validation.xml.gz | 26.7 KB | Display | |
Data in CIF | 4hd6_validation.cif.gz | 37.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/4hd6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/4hd6 | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 35302.520 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: S2G, V218F Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus megaterium (bacteria) / Plasmid: pET9d / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: B2ZB02, tyrosinase #2: Chemical | ChemComp-CU / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.22 Å3/Da / Density % sol: 44.58 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: PEG 8000, sodium cacodylate, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-1 / Wavelength: 0.9763 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Detector | Date: Feb 17, 2011 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9763 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→82.432 Å / Num. all: 40762 / Num. obs: 40762 / % possible obs: 97.5 % / Redundancy: 2.3 % / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 6.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
---|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2→41.216 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.55 / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.33 / Phase error: 30.85 / Stereochemistry target values: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.98 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 30.916 Å2 / ksol: 0.36 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 140.07 Å2 / Biso mean: 25.902 Å2 / Biso min: 7.16 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→41.216 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 29
|