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- PDB-4j6v: Crystal Structure of Tyrosinase from Bacillus megaterium N205D mutant -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4j6v | ||||||
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Title | Crystal Structure of Tyrosinase from Bacillus megaterium N205D mutant | ||||||
![]() | Tyrosinase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / type 3 copper proteins | ||||||
Function / homology | ![]() tyrosinase activity / melanin biosynthetic process / pigmentation / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kanteev, M. / Goldfeder, M. / Adir, N. / Fishman, A. | ||||||
![]() | ![]() Title: The mechanism of copper uptake by tyrosinase from Bacillus megaterium. Authors: Kanteev, M. / Goldfeder, M. / Chojnacki, M. / Adir, N. / Fishman, A. #1: ![]() Title: First structures of an active bacterial tyrosinase reveal copper plasticity. Authors: Sendovski, M. / Kanteev, M. / Ben-Yosef, V.S. / Adir, N. / Fishman, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 135.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 106.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 445.6 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 456.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 26.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 38.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 35255.461 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: N205D Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.41 Å3/Da / Density % sol: 49.05 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5, 18% PEG8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jul 1, 2011 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9763 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.9→79.172 Å / Num. all: 51526 / Num. obs: 51526 / % possible obs: 97.6 % / Redundancy: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 11.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.86 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.78 Å2 / ksol: 0.392 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 114.38 Å2 / Biso mean: 25.0159 Å2 / Biso min: 6.56 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→39.392 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 19
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