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- PDB-4j6p: Crystal structure of calcium2+-free wild-type CD23 lectin domain ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j6p
タイトルCrystal structure of calcium2+-free wild-type CD23 lectin domain (crystal form F)
要素Low affinity immunoglobulin epsilon Fc receptor
キーワードIMMUNE SYSTEM / immunoglobulin fold lectin / antibody receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


low-affinity IgE receptor activity / B cell antigen processing and presentation / Fc receptor-mediated immune complex endocytosis / positive regulation of humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / NOTCH2 intracellular domain regulates transcription / macrophage activation / IgE binding / positive regulation of killing of cells of another organism / : / Interleukin-10 signaling ...low-affinity IgE receptor activity / B cell antigen processing and presentation / Fc receptor-mediated immune complex endocytosis / positive regulation of humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / NOTCH2 intracellular domain regulates transcription / macrophage activation / IgE binding / positive regulation of killing of cells of another organism / : / Interleukin-10 signaling / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / integrin binding / carbohydrate binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / protease binding / immune response / external side of plasma membrane / extracellular exosome / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD209-like, C-type lectin-like domain / : / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) ...CD209-like, C-type lectin-like domain / : / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Low affinity immunoglobulin epsilon Fc receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Dhaliwal, B. / Yuan, D. / Sutton, B.J.
引用ジャーナル: Mol.Immunol. / 年: 2013
タイトル: Conformational plasticity at the IgE-binding site of the B-cell receptor CD23.
著者: Dhaliwal, B. / Pang, M.O. / Yuan, D. / Yahya, N. / Fabiane, S.M. / McDonnell, J.M. / Gould, H.J. / Beavil, A.J. / Sutton, B.J.
履歴
登録2013年2月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Low affinity immunoglobulin epsilon Fc receptor
B: Low affinity immunoglobulin epsilon Fc receptor
C: Low affinity immunoglobulin epsilon Fc receptor
D: Low affinity immunoglobulin epsilon Fc receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,6604
ポリマ－64,6604
非ポリマー00
水4,954275
1
A: Low affinity immunoglobulin epsilon Fc receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1651
ポリマ－16,1651
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Low affinity immunoglobulin epsilon Fc receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1651
ポリマ－16,1651
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Low affinity immunoglobulin epsilon Fc receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1651
ポリマ－16,1651
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Low affinity immunoglobulin epsilon Fc receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1651
ポリマ－16,1651
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.670, 89.920, 101.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Low affinity immunoglobulin epsilon Fc receptor / BLAST-2 / C-type lectin domain family 4 member J / Fc-epsilon-RII / Immunoglobulin E-binding factor ...BLAST-2 / C-type lectin domain family 4 member J / Fc-epsilon-RII / Immunoglobulin E-binding factor / Lymphocyte IgE receptor / Low affinity immunoglobulin epsilon Fc receptor membrane-bound form / Low affinity immunoglobulin epsilon Fc receptor soluble form


分子量: 16164.986 Da / 分子数: 4
断片: Soluble head domain of the B-cell receptor CD23 (UNP Residues 156-298)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD23A, CLEC4J, FCE2, FCER2, IGEBF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06734
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 275 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.24 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.75
詳細: 22.5 % (w/v) PEG 4,000 and 0.1 M sodium citrate pH 4.75, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→45.8 Å / Num. all: 45855 / Num. obs: 45754 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 30.23 Å2
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 13.9 % / Rmerge(I) obs: 0.544 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
BUSTER-TNTBUSTER 2.10.0精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
GDAデータ収集
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASES位相決定
BUSTER2.10.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4G96

4g96


解像度: 1.9→27.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9505 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9395 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.142 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2137 2311 5.05 %RANDOM
Rwork0.1858 ---
obs0.1873 45754 99.93 %-
all-45855 --
原子変位パラメータBiso mean: 39.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.5275 Å20 Å20 Å2
2--1.4843 Å20 Å2
3----5.0118 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.254 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→27.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4226 0 0 275 4501
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014391HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.115955HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1485SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes107HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes650HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4391HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.96
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.95
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion525SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5118SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2798 142 4.28 %
Rwork0.252 3175 -
all0.2532 3317 -
obs--99.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.57670.6918-0.15363.01190.31160.6250.0067-0.04490.0542-0.16010.0180.0142-0.10250.0316-0.02470.0808-0.0749-0.002-0.16760.02130.1391-12.704721.25881.2165
21.90830.8622-1.0024.3731-0.53881.7021-0.02290.04240.19-0.13440.019-0.1887-0.1680.08220.0038-0.041-0.0503-0.0279-0.14860.00770.0329-13.75597.09173.5797
30.9751.45352.283800.91600.0043-0.04470.06-0.117-0.0348-0.1684-0.06760.05260.0305-0.1085-0.12860.0195-0.1496-0.01060.3016-0.748915.1026-0.2036
41.55571.7776-1.374700.16050.5515-0.0122-0.02070.0910.10460.0059-0.2299-0.05530.07440.0063-0.0361-0.0062-0.0509-0.0843-0.04610.1586-4.28624.88335.8162
53.5563-2.5786-0.70521.34742.87751.4784-0.01570.263-0.1303-0.3175-0.0032-0.25970.0316-0.01430.01890.0736-0.030.0777-0.109-0.00840.0352-8.3671-0.291-8.7878
61.9943-0.74110.12161.23080.70330.00050.0256-0.0132-0.0225-0.0358-0.0066-0.13490.13450.1966-0.019-0.16730.01890.0907-0.1954-0.05580.30251.1513-2.8876-2.7671
72.15240.28410.55574.37190.19171.8711-0.0034-0.06120.0915-0.0301-0.0073-0.5442-0.0850.37670.0107-0.1314-0.04390.0026-0.12060.02110.1292-5.46212.52713.7452
80.32691.19292.20120.55970.234500.01540.0826-0.0131-0.0010.0026-0.0411-0.0268-0.0594-0.01790.1458-0.0439-0.1519-0.21260.15140.1453-18.849128.0523-6.5466
93.8575-0.294-1.10571.1736-2.01333.90830.01180.20290.1045-0.17190.02890.0121-0.04980.1465-0.04060.11350.01710.004-0.14760.0078-0.0084-24.771615.5952-22.0576
101.5485-0.1338-0.50563.64940.10971.1666-0.09490.062-0.0139-0.28080.08780.07270.0649-0.10030.00710.0470.0239-0.0256-0.1290.01030.0046-31.89374.4596-13.2417
111.8239-0.17860.20790.0002-0.61720.02440.00840.12790.0834-0.02590.03780.0246-0.1478-0.0299-0.04610.12960.0854-0.0867-0.0840.05770.0214-39.108717.4373-18.9488
121.0602-0.6134-0.210.91331.14592.0537-0.05750.0331-0.1252-0.0295-0.01320.15290.0532-0.04160.07080.04940.0399-0.0975-0.0696-0.0410.1278-41.57465.9875-17.2664
130.2043-2.00911.502300.53580.1607-0.0156-0.05160.04-0.00180.03080.16440.0160.0165-0.01530.03390.06260.1023-0.029-0.01190.0347-39.25418.20362.8269
143.9559-1.2986-0.79673.6751-1.00792.6193-0.0534-0.01750.17270.09890.06920.527-0.1664-0.3761-0.0159-0.07310.0538-0.0139-0.1333-0.00720.0672-42.13211.4236-4.7597
150-0.2179-0.16981.42040.71780-0.00250.0750.1221-0.0637-0.01730.08810.0734-0.15780.0197-0.01580.0756-0.1151-0.0393-0.03030.1461-46.842810.05-11.611
162.3975-0.67161.87970.5002-0.30270.6223-0.0044-0.0482-0.0223-0.04990.01430.08970.0367-0.0961-0.00990.0289-0.0170.0184-0.1034-0.04660.2218-43.5837-2.8452-9.167
170.7331-0.3415-0.1780.82920.98252.150.04040.0487-0.0732-0.1140.1357-0.011-0.20260.2465-0.17610.09760.03060.015-0.12830.0324-0.0452-25.653311.3113-17.6987
183.64191.06430.13320.1380.10372.009-0.022-0.1987-0.02140.04180.1182-0.0546-0.01710.0427-0.09620.03010.0102-0.07120.11410.0875-0.0806-22.229-10.374630.3776
192.7329-0.05210.57342.1135-2.91043.8923-0.0257-0.31590.07310.239-0.0954-0.266-0.0890.12270.1211-0.0094-0.0409-0.0055-0.07580.02450.0179-23.445-2.033715.0228
201.74882.7051.07290.2878-2.10672.9844-0.0571-0.3896-0.13940.3386-0.00410.0869-0.0762-0.24240.06120.0168-0.01480.02660.03050.0797-0.0808-32.2417-8.197723.1216
216.0914-0.52630.09392.2948-1.38495.19360.0895-0.1844-0.2132-0.08730.03090.29240.2467-0.5442-0.1204-0.0831-0.0159-0.0376-0.05720.0463-0.0207-35.9228-8.977911.5495
223.481.5262.45830.5934-2.88980-0.0698-0.09080.0999-0.24690.19460.2655-0.0294-0.2246-0.1247-0.02110.01240.0266-0.07080.02930.0268-38.8543-3.35358.7582
231.1459-0.04750.70330.8280.34561.47450.048-0.42440.01110.1953-0.08960.01430.1541-0.02740.04160.0154-0.0337-0.00870.00650.0480.004-23.821-6.095520.59
244.0457-1.38272.24.01970.57970-0.03550.2039-0.28960.0196-0.00030.1062-0.02740.05070.03580.047-0.08240.0664-0.1962-0.05180.0333-36.8438-28.256-16.4557
252.96991.09640.87154.141.16152.7181-0.14570.1865-0.3917-0.17780.2438-0.38450.19430.0283-0.09810.038-0.02160.067-0.1505-0.03280.0362-27.0332-18.6823-11.8606
260.0008-1.0553-0.14640.94862.58190.3654-0.0034-0.2597-0.06330.05940.0182-0.00740.15660.0647-0.01490.0957-0.0076-0.0242-0.10060.03280.0193-24.4896-17.36073.5782
272.5231.21861.52010.38181.52282.25430.0167-0.1376-0.25970.0680.0567-0.38110.12140.0884-0.0734-0.01990.0301-0.0032-0.25010.02570.1763-16.7746-18.7736-0.8629
280.0002-0.84842.02510.4547-2.91040.0634-0.01040.1152-0.31810.0226-0.0285-0.1161-0.02770.17480.0389-0.02850.03530.0811-0.2103-0.06360.1977-15.1576-19.1866-7.1446
291.66611.12742.09121.59621.63531.0546-0.035-0.0402-0.1035-0.00430.0194-0.03640.0286-0.040.01560.1225-0.02650.0633-0.1088-0.02620.0765-28.5245-16.0111-12.0686
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|160 - 172}A160 - 172
2X-RAY DIFFRACTION2{A|173 - 203}A173 - 203
3X-RAY DIFFRACTION3{A|204 - 213}A204 - 213
4X-RAY DIFFRACTION4{A|214 - 223}A214 - 223
5X-RAY DIFFRACTION5{A|224 - 243}A224 - 243
6X-RAY DIFFRACTION6{A|244 - 258}A244 - 258
7X-RAY DIFFRACTION7{A|259 - 285}A259 - 285
8X-RAY DIFFRACTION8{A|286 - 291}A286 - 291
9X-RAY DIFFRACTION9{B|158 - 172}B158 - 172
10X-RAY DIFFRACTION10{B|173 - 203}B173 - 203
11X-RAY DIFFRACTION11{B|204 - 212}B204 - 212
12X-RAY DIFFRACTION12{B|213 - 222}B213 - 222
13X-RAY DIFFRACTION13{B|223 - 231}B223 - 231
14X-RAY DIFFRACTION14{B|232 - 262}B232 - 262
15X-RAY DIFFRACTION15{B|263 - 271}B263 - 271
16X-RAY DIFFRACTION16{B|272 - 278}B272 - 278
17X-RAY DIFFRACTION17{B|279 - 290}B279 - 290
18X-RAY DIFFRACTION18{C|158 - 172}C158 - 172
19X-RAY DIFFRACTION19{C|173 - 194}C173 - 194
20X-RAY DIFFRACTION20{C|195 - 213}C195 - 213
21X-RAY DIFFRACTION21{C|214 - 249}C214 - 249
22X-RAY DIFFRACTION22{C|250 - 272}C250 - 272
23X-RAY DIFFRACTION23{C|273 - 292}C273 - 292
24X-RAY DIFFRACTION24{D|157 - 172}D157 - 172
25X-RAY DIFFRACTION25{D|173 - 222}D173 - 222
26X-RAY DIFFRACTION26{D|223 - 239}D223 - 239
27X-RAY DIFFRACTION27{D|240 - 262}D240 - 262
28X-RAY DIFFRACTION28{D|263 - 272}D263 - 272
29X-RAY DIFFRACTION29{D|273 - 288}D273 - 288

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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