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- PDB-4j5q: TARG1 (C6orf130), Terminal ADP-ribose Glycohydrolase 1, apo structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j5q
タイトルTARG1 (C6orf130), Terminal ADP-ribose Glycohydrolase 1, apo structure
要素O-acetyl-ADP-ribose deacetylase 1
キーワードHYDROLASE / DNA repair / cellular signalling / macro domain / glycohydrolase / poly-ADP ribose / PARP / ADP-ribose
機能・相同性
機能・相同性情報


purine nucleoside binding / peptidyl-glutamate ADP-deribosylation / ADP-ribosylglutamate hydrolase activity / protein de-ADP-ribosylation / ADP-ribosyl-[dinitrogen reductase] hydrolase activity / purine nucleoside metabolic process / O-acetyl-ADP-ribose deacetylase activity / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / site of DNA damage ...purine nucleoside binding / peptidyl-glutamate ADP-deribosylation / ADP-ribosylglutamate hydrolase activity / protein de-ADP-ribosylation / ADP-ribosyl-[dinitrogen reductase] hydrolase activity / purine nucleoside metabolic process / O-acetyl-ADP-ribose deacetylase activity / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / site of DNA damage / DNA damage response / nucleolus / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1 / Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1 / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain / Macro domain-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADP-ribose glycohydrolase OARD1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Schellenberg, M.J. / Appel, C.D. / Krahn, J. / Williams, R.S.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2013
タイトル: Deficiency of terminal ADP-ribose protein glycohydrolase TARG1/C6orf130 in neurodegenerative disease.
著者: Sharifi, R. / Morra, R. / Appel, C.D. / Tallis, M. / Chioza, B. / Jankevicius, G. / Simpson, M.A. / Matic, I. / Ozkan, E. / Golia, B. / Schellenberg, M.J. / Weston, R. / Williams, J.G. / ...著者: Sharifi, R. / Morra, R. / Appel, C.D. / Tallis, M. / Chioza, B. / Jankevicius, G. / Simpson, M.A. / Matic, I. / Ozkan, E. / Golia, B. / Schellenberg, M.J. / Weston, R. / Williams, J.G. / Rossi, M.N. / Galehdari, H. / Krahn, J. / Wan, A. / Trembath, R.C. / Crosby, A.H. / Ahel, D. / Hay, R. / Ladurner, A.G. / Timinszky, G. / Williams, R.S. / Ahel, I.
履歴
登録2013年2月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月1日Group: Database references
改定 1.22013年7月3日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: O-acetyl-ADP-ribose deacetylase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4461
ポリマ－16,4461
非ポリマー00
水4,234235
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.315, 75.372, 35.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.63, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-262-

HOH

21A-304-

HOH

31A-434-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 O-acetyl-ADP-ribose deacetylase 1


分子量: 16446.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C6orf130, OARD1 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9Y530, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.71 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.6
詳細: 100mM sodium citrate, 20% isopropanol, 20% PEG 4000 , pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月11日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→50 Å / Num. all: 35292 / Num. obs: 34621 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.35-1.42.90.445196.2
1.4-1.453.20.406197.8
1.45-1.523.40.334198.2
1.52-1.63.50.261198.6
1.6-1.73.70.211198.9
1.7-1.833.70.154199.2
1.83-2.023.60.12199.3
2.02-2.313.60.098199.6
2.31-2.913.70.083199.7
2.91-503.30.085193.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2JYC

2jyc
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.35→30.055 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.15 / SU ML: 0.1 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 18.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1614 1756 5.11 %
Rwork0.1307 --
obs0.1323 34392 97.14 %
all-35292 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 22.6861 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3295 Å2-0 Å20.441 Å2
2---1.58 Å2-0 Å2
3---1.2505 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→30.055 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1149 0 0 235 1384
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0151269
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7131724
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.268520
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.109194
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01220
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.35-1.38650.20151210.17772330X-RAY DIFFRACTION91
1.3865-1.42730.19471320.16162426X-RAY DIFFRACTION95
1.4273-1.47340.18561560.14012482X-RAY DIFFRACTION97
1.4734-1.52610.16581410.13362511X-RAY DIFFRACTION97
1.5261-1.58720.151230.11122551X-RAY DIFFRACTION97
1.5872-1.65940.14521300.10822497X-RAY DIFFRACTION98
1.6594-1.74690.13971430.10642545X-RAY DIFFRACTION99
1.7469-1.85630.14191150.10732577X-RAY DIFFRACTION99
1.8563-1.99960.13271520.1032522X-RAY DIFFRACTION99
1.9996-2.20080.12781490.10252576X-RAY DIFFRACTION99
2.2008-2.51910.14661360.11812589X-RAY DIFFRACTION100
2.5191-3.17320.19121460.14092593X-RAY DIFFRACTION100
3.1732-30.06280.17441120.15642437X-RAY DIFFRACTION92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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