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- PDB-4j59: Human Cyclophilin D Complexed with an Inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j59
タイトルHuman Cyclophilin D Complexed with an Inhibitor
要素Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial
キーワードIsomerase/Isomerase Inhibitor / Isomerase-Isomerase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / mitochondrial outer membrane permeabilization involved in programmed cell death / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in programmed necrotic cell death / skeletal muscle fiber differentiation / mitochondrial permeability transition pore complex / cellular response to arsenic-containing substance / negative regulation of ATP-dependent activity / mitochondrial depolarization / negative regulation of oxidative phosphorylation ...: / : / mitochondrial outer membrane permeabilization involved in programmed cell death / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in programmed necrotic cell death / skeletal muscle fiber differentiation / mitochondrial permeability transition pore complex / cellular response to arsenic-containing substance / negative regulation of ATP-dependent activity / mitochondrial depolarization / negative regulation of oxidative phosphorylation / regulation of mitochondrial membrane permeability / cyclosporin A binding / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / apoptotic mitochondrial changes / necroptotic process / cellular response to calcium ion / response to ischemia / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / cellular response to hydrogen peroxide / protein folding / mitochondrial matrix / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cyclophilin-like / Cyclophilin / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-671 / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 同系置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Gelin, M. / Colliandre, L. / Bessin, Y. / Guichou, J.F.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Fragment-based discovery of a new family of non-peptidic small-molecule cyclophilin inhibitors with potent antiviral activities.
著者: Ahmed-Belkacem, A. / Colliandre, L. / Ahnou, N. / Nevers, Q. / Gelin, M. / Bessin, Y. / Brillet, R. / Cala, O. / Douguet, D. / Bourguet, W. / Krimm, I. / Pawlotsky, J.M. / Guichou, J.F.
履歴
登録2013年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月19日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0552
ポリマ－17,6521
非ポリマー4021
水4,468248
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.068, 57.068, 87.421
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-561-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial / PPIase F / Cyclophilin F / Rotamase F


分子量: 17652.125 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 44-207 / 変異: K175I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ppif, cyp3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P30405, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物 ChemComp-671 / 1-(4-aminobenzyl)-3-{2-[(2R)-2-(naphthalen-1-yl)pyrrolidin-1-yl]-2-oxoethyl}urea


分子量: 402.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H26N4O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.09 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 30% PEG4000, pH 7.3, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97908 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月10日
放射モノクロメーター: Asymmetric Laue 001 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97908 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→40.357 Å / Num. all: 10847 / Num. obs: 10847 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 11.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rsym value: 0.109 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRsym valueDiffraction-ID% possible all
1.92-2.028.50.4891.50.489186.4
2.02-2.157.90.322.20.32187.5
2.15-2.297.30.2293.10.229189.6
2.29-2.486.80.1454.90.145192.2
2.48-2.726.40.0997.40.099196
2.72-3.0460.05812.40.058199.7
3.04-3.515.70.03613.70.0361100
3.51-4.295.60.02621.80.0261100
4.29-6.075.70.02322.70.023199.9
6.07-40.3575.50.02223.80.022199.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.2.19データスケーリング
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 同系置換 / 解像度: 1.92→40.353 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.31 / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 16.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1992 495 4.83 %
Rwork0.1504 --
obs0.1527 10847 89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 9.7856 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→40.353 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1240 0 30 248 1518
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071311
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1591769
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.413479
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077190
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004228
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.92-2.04040.24571600.20312809X-RAY DIFFRACTION84
2.0404-2.1980.20131570.16362808X-RAY DIFFRACTION85
2.198-2.41910.20831230.16172928X-RAY DIFFRACTION87
2.4191-2.76910.23871490.16313053X-RAY DIFFRACTION91
2.7691-3.48850.20951630.14023121X-RAY DIFFRACTION94
3.4885-40.36210.13461530.11993129X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0749-0.01190.01620.0743-0.06650.10290.02480.0009-0.0284-0.0292-0.00250.02170.04430.02590.0294-0.0058-0.00160.00620.0110.00820.015410.779614.389725.1293
20.0278-0.00570.00370.0164-0.01520.0195-0.0093-0.0255-0.0276-0.0047-0.0072-0.02760.04630.0192-0.014-0.00830.01950.00050.01860.01240.028613.264613.075824.4665
30.04080.0552-0.030.0751-0.04050.022-0.0010.00760.00870.0046-0.0031-0.00630.00420.0034-0.00080.1220.0373-0.02940.14070.02240.11934.579820.269617.9295
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 44:165)A44 - 165
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 401:648)A401 - 648
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 301:301)A301

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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