PDB-4j50: Crystal Structure of an Expanded RNA CAG Repeat

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4j50

タイトル

Crystal Structure of an Expanded RNA CAG Repeat

要素

RNA (5'-R(*UP*UP*GP*GP*GP*CP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*GP*UP*CP*C)-3')

キーワード

RNA / A form RNA / CAG repeat expansion / PolyQ / Gain of RNA Function / Huntingtin Disease / Spinal-Bulbar Muscular Atrophy / Dentatorubral-pallidoluysian atrophy / Spinocerebellar ataxia

機能・相同性

PHOSPHATE ION / RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Park, H. / Disney, M.D.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2013
タイトル: A dynamic structural model of expanded RNA CAG repeats: a refined X-ray structure and computational investigations using molecular dynamics and umbrella sampling simulations.
著者: Yildirim, I. / Park, H. / Disney, M.D. / Schatz, G.C.

履歴

登録	2013年2月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年2月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年5月22日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4j50.cif.gz	63.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4j50.ent.gz	49.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4j50.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/4j50 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/4j50	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4yn6-d 2lwk-d 1z7f-2 6ymk-6 2k5z-d 5uee-d 1wan-d 5l00-1 1yrm-1 6ymj-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
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リボスイッチ (Riboswitches)
類似性 (1)
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類似性 (1)
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低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
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類似性 (1)
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ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
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Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (1)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
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開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
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オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
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類似性 (1)
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アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: RNA (5'-R(*UP*UP*GP*GP*GP*CP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*GP*UP*CP*C)-3')

B: RNA (5'-R(*UP*UP*GP*GP*GP*CP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*GP*UP*CP*C)-3')

ヘテロ分子

12.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: RNA (5'-R(*UP*UP*GP*GP*GP*CP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*GP*UP*CP*C)-3')

B: RNA (5'-R(*UP*UP*GP*GP*GP*CP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*GP*UP*CP*C)-3')

ヘテロ分子

A: RNA (5'-R(*UP*UP*GP*GP*GP*CP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*GP*UP*CP*C)-3')

B: RNA (5'-R(*UP*UP*GP*GP*GP*CP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*GP*UP*CP*C)-3')

ヘテロ分子

A: RNA (5'-R(*UP*UP*GP*GP*GP*CP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*GP*UP*CP*C)-3')

B: RNA (5'-R(*UP*UP*GP*GP*GP*CP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*GP*UP*CP*C)-3')

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
37.2 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.338, 46.338, 134.597
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-101- PO4
2	1	B-101- PO4
3	1	A-206- HOH
4	1	A-208- HOH
5	1	A-218- HOH
6	1	A-221- HOH
7	1	B-201- HOH
8	1	B-204- HOH
9	1	B-237- HOH
10	1	B-239- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain A
2	1	1	chain B

#1: RNA鎖	RNA (5'-R(UPUPGPGPGPCPCPAPGPCPAPGPCPAPGPGPUPCPC)-3') 分子量: 6108.689 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ*: 合成 / 詳細: vitro transcription / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.96 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 15 mM Mg Acetate, 50 mM Na cacodylate, 1.7 M Am Sulfate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97937 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月25日
放射	モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97937 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→50 Å / Num. all: 12996 / Num. obs: 13022 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 1.65→1.74 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.65→22.433 Å / SU ML: 0.1 / σ(F): 0.21 / 位相誤差: 16.6 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1797	608	4.94 %	Random
R_work	0.1685	-	-	-
obs	0.169	12318	94.97 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.41 Å / VDWプローブ半径: 0.6 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 63.182 Å² / k_sol: 0.459 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.0277 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.0277 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.0555 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→22.433 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	808	10	112	930

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	910
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.697	1416
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.863	448
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	188
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	38

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	612	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	612	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.006

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6504-1.8164	0.179	145	0.189	2701	X-RAY DIFFRACTION	88
1.8164-2.0791	0.2013	152	0.1661	2934	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0791-2.6188	0.1932	156	0.1666	3017	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6188-22.4349	0.1698	155	0.167	3058	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0048	0.0033	-0.0065	0.0034	-0.0072	0.0069	0.0113	-0.1705	0.0153	0.3184	0.0527	-0.2202	-0.187	0.2038	-0.0003	0.4101	-0.0008	-0.0305	0.2306	-0.0014	0.2996	2.9372	14.7626	-15.2345
2	0.1516	-0.2181	0.1836	0.7883	-0.3655	0.2641	0.1851	-0.2435	0.0637	0.2302	0.0656	-0.0341	-0.3668	0.3249	0.1853	0.3348	-0.066	0.0039	0.3374	-0.0623	0.2039	6.8751	6.4091	-7.134
3	0.0074	0.0101	-0.0156	0.0104	-0.0237	0.0563	-0.0337	-0.0464	0.0304	0.027	0.0715	-0.1087	-0.0552	0.0561	0.043	1.1032	-0.4347	0.2547	1.0635	-0.2411	0.2292	10.2088	18.0218	5.9077
4	0.3774	-0.1779	0.19	0.2861	-0.1289	0.1143	0.1727	-0.018	-0.0247	-0.1721	0.1193	-0.2007	-0.4818	0.1707	0.0223	0.3227	-0.0014	0.0389	0.1867	0.0071	0.2324	0.231	9.8355	17.2695
5	0.0012	0.0022	0.0027	0.0065	0.0079	0.006	-0.0136	0.3123	0.1124	-0.1827	0.0564	0.0453	-0.3046	0.0782	-0.0002	0.2853	-0.0713	-0.0093	0.3657	0.0273	0.2707	11.3127	9.9289	15.2401
6	0.0034	-0.0021	-0	0.0084	0.0141	0.0145	0.1231	0.1447	-0.1183	-0.0908	0.1664	-0.0619	-0.2216	0.1884	0.0001	0.2619	-0.0336	0.0358	0.2649	0.0038	0.2177	3.0712	5.4625	9.7978
7	0.061	-0.0254	-0.066	0.0129	-0.0219	0.4723	0.0973	0.0752	0.0947	-0.0588	0.1746	0.1083	-0.1116	0.0616	0.3405	1.2659	-0.1742	0.2738	0.6994	-0.0269	0.1963	7.0891	17.3927	-3.3154
8	0.5017	-0.1426	0.2871	0.1669	-0.1212	0.1944	0.2102	-0.1475	0.16	-0.008	0.0801	0.0404	-0.3612	0.3797	0.0263	0.2115	-0.0536	0.0169	0.2921	-0.0401	0.2259	8.4053	5.1194	-17.2638

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:4)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 5:10)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 11:14)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 15:19)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 1:4)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 5:8)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 9:14)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 15:19)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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