PDB-4j4s: Triple mutant SFTAVN

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4j4s

タイトル

Triple mutant SFTAVN

要素

Nucleocapsid protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / nucleocapsid protein / nucleoprotein / nucleocapsid

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / viral nucleocapsid / host cell Golgi apparatus / ribonucleoprotein complex / host cell nucleus / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Phlebovirus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.442 Å

データ登録者

Jiao, L. / Ouyang, S. / Liang, M. / Niu, F. / Shaw, N. / Wu, W. / Ding, W. / Jin, C. / Zhu, Y. / Zhang, F. ...

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2013
タイトル: Structure of severe Fever with thrombocytopenia syndrome virus nucleocapsid protein in complex with suramin reveals therapeutic potential
著者: Jiao, L. / Ouyang, S. / Liang, M. / Niu, F. / Shaw, N. / Wu, W. / Ding, W. / Jin, C. / Peng, Y. / Zhu, Y. / Zhang, F. / Wang, T. / Li, C. / Zuo, X. / Luan, C.H. / Li, D. / Liu, Z.J.

履歴

登録	2013年2月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年5月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月10日	Group: Database references
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4j4s.cif.gz	375.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4j4s.ent.gz	310.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4j4s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/4j4s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/4j4s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4j4rSC 4j4uC 4j4vC 4j4wC 4j4xC 4j4yC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3tul-d 6jwi-2 4nee-4 4nee-2 6iec-3 6iec-1 2zxf-d 2zt8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nucleocapsid protein

B: Nucleocapsid protein

C: Nucleocapsid protein

D: Nucleocapsid protein

ヘテロ分子

109 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nucleocapsid protein

B: Nucleocapsid protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Nucleocapsid protein

D: Nucleocapsid protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.489, 108.479, 221.408
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Nucleocapsid protein / SFTSVN 分子量: 27219.201 Da / 分子数: 4 / 変異: R64D, K67D, K74D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Phlebovirus (ウイルス) / 株: JS2010-018 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I6WJ72
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.29 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 3M NaCl, 0.1M NaAc, 0.2M Li2SO4, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月14日
放射	モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.442→43.81 Å / Num. all: 42167 / Num. obs: 43028 / % possible obs: 97.92 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / B_iso Wilson estimate: 45.1 Å²
反射シェル	解像度: 2.45→2.5 Å / % possible all: 73

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4J4R

4j4r

解像度: 2.442→43.809 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.29 / FOM work R set: 0.7011 / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.59 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2665	1998	4.74 %	RANDOM
R_work	0.2084	-	-	-
obs	0.2111	42171	97.93 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 278.82 Å² / B_iso mean: 71.0312 Å² / B_iso min: 26.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.442→43.809 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7414	0	8	78	7500

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.015	7578
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.467	10277
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.104	1169
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	1314
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.747	2795

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.4418-2.5028	0.341	105	0.2856	2108	2213	73
2.5028-2.5705	0.3764	142	0.2655	2867	3009	99
2.5705-2.6461	0.3408	144	0.2543	2899	3043	100
2.6461-2.7315	0.3804	142	0.2573	2876	3018	100
2.7315-2.8291	0.3262	145	0.2534	2890	3035	100
2.8291-2.9424	0.3303	145	0.2647	2909	3054	100
2.9424-3.0763	0.3253	144	0.2668	2905	3049	100
3.0763-3.2384	0.3304	145	0.2539	2915	3060	100
3.2384-3.4412	0.3019	146	0.2313	2941	3087	100
3.4412-3.7068	0.2691	145	0.2073	2908	3053	100
3.7068-4.0796	0.2542	146	0.1918	2931	3077	100
4.0796-4.6693	0.2114	147	0.167	2948	3095	100
4.6693-5.8806	0.2234	148	0.1866	2988	3136	100
5.8806-43.8163	0.2036	154	0.1701	3088	3242	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 7.1056 Å / Origin y: -30.7575 Å / Origin z: -25.4299 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.3136 Å²	0.0217 Å²	-0.0179 Å²	-	0.3433 Å²	-0.0347 Å²	-	-	0.3522 Å²
L	-0.1299 °²	0.138 °²	0.1661 °²	-	0.0495 °²	0.0445 °²	-	-	0.4545 °²
S	0.0227 Å °	-0.012 Å °	0.0405 Å °	0.0012 Å °	-0.0377 Å °	0.0468 Å °	0.0723 Å °	0.0535 Å °	0.0001 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	0 - 245
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	B	0 - 245
3	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	C	1 - 245
4	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	D	1 - 245
5	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	301 - 303
6	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	B	301 - 303
7	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	C	301
8	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	D	301
9	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	401 - 445
10	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	B	401 - 415
11	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	C	401 - 411
12	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	D	401 - 406

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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