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- PDB-4j4p: The complex of human IgE-Fc with two bound Fab fragments -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j4p
タイトルThe complex of human IgE-Fc with two bound Fab fragments
要素
  • Ig epsilon chain C region
  • Immunoglobulin G Fab Fragment Heavy Chain
  • Immunoglobulin G Fab Fragment Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Ig like domain
機能・相同性
機能・相同性情報


adaptive immune memory response / primary adaptive immune response / IgE B cell receptor complex / type I hypersensitivity / B cell antigen processing and presentation / Fc receptor-mediated immune complex endocytosis / eosinophil degranulation / IgE immunoglobulin complex / macrophage activation / type 2 immune response ...adaptive immune memory response / primary adaptive immune response / IgE B cell receptor complex / type I hypersensitivity / B cell antigen processing and presentation / Fc receptor-mediated immune complex endocytosis / eosinophil degranulation / IgE immunoglobulin complex / macrophage activation / type 2 immune response / antibody-dependent cellular cytotoxicity / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / mast cell degranulation / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / B cell proliferation / macrophage differentiation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / complement activation, classical pathway / antigen binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCERI mediated MAPK activation / B cell receptor signaling pathway / FCERI mediated NF-kB activation / antibacterial humoral response / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / adaptive immune response / inflammatory response / immune response / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins ...: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin heavy constant epsilon
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.91 Å
データ登録者Drinkwater, N. / Sutton, B.J.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Human immunoglobulin E flexes between acutely bent and extended conformations.
著者: Drinkwater, N. / Cossins, B.P. / Keeble, A.H. / Wright, M. / Cain, K. / Hailu, H. / Oxbrow, A. / Delgado, J. / Shuttleworth, L.K. / Kao, M.W. / McDonnell, J.M. / Beavil, A.J. / Henry, A.J. / Sutton, B.J.
履歴
登録2013年2月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月16日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ig epsilon chain C region
B: Ig epsilon chain C region
H: Immunoglobulin G Fab Fragment Heavy Chain
L: Immunoglobulin G Fab Fragment Light Chain
C: Immunoglobulin G Fab Fragment Heavy Chain
D: Immunoglobulin G Fab Fragment Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,7468
ポリマ－175,9246
非ポリマー1,8222
水73941
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19720 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area69920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.590, 100.810, 219.680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ig epsilon chain C region


分子量: 35930.289 Da / 分子数: 2 / 変異: N265Q, N371Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGHE / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株 (発現宿主): NSO cell line / 参照: UniProt: P01854
#2: 抗体 Immunoglobulin G Fab Fragment Heavy Chain


分子量: 27190.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
株 (発現宿主): CHO cell line
#3: 抗体 Immunoglobulin G Fab Fragment Light Chain


分子量: 24841.480 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
株 (発現宿主): CHO cell line
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...beta-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-3[DManpb1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2-2-2/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Manp]{}[(6+1)][b-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.8 %
結晶化温度: 291 K / pH: 8
詳細: PEG 3350, sodium citrate, bis-tris propane, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.91→67.02 Å / Num. obs: 41910 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 87.86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 18.4
反射 シェル解像度: 2.91→2.98 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.796 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.91→67.02 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.48 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.29 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 2115 5.05 %
Rwork0.236 --
obs0.239 41910 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.46 Å2 / ksol: 0.27 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 104.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--16.4609 Å20 Å20 Å2
2--7.3779 Å2-0 Å2
3---9.083 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.91→67.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11539 0 122 41 11702
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111972
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.56816330
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.4664371
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1061871
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0082082
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9108-2.97850.37971530.32812600X-RAY DIFFRACTION100
2.9785-3.0530.38781570.32392594X-RAY DIFFRACTION100
3.053-3.13550.38121550.30412638X-RAY DIFFRACTION100
3.1355-3.22780.34831300.29862602X-RAY DIFFRACTION100
3.2278-3.33190.34631350.28282613X-RAY DIFFRACTION100
3.3319-3.4510.30981340.29032634X-RAY DIFFRACTION100
3.451-3.58920.35481180.27612643X-RAY DIFFRACTION100
3.5892-3.75250.30041140.25032647X-RAY DIFFRACTION100
3.7525-3.95030.32881450.25062646X-RAY DIFFRACTION100
3.9503-4.19780.29491570.23592655X-RAY DIFFRACTION100
4.1978-4.52190.25771210.2122635X-RAY DIFFRACTION100
4.5219-4.97680.23221460.1892672X-RAY DIFFRACTION100
4.9768-5.69660.24151300.22700X-RAY DIFFRACTION100
5.6966-7.17580.28531650.23972690X-RAY DIFFRACTION99
7.1758-67.0370.25331550.22252826X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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