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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4j4f | ||||||
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タイトル | Structure of P51G Cyanovirin-N swapped tetramer in the P212121 space group | ||||||
![]() | Cyanovirin-N | ||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / CVNH fold / carbohydrate binding protein / antiviral protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Koharudin, L.M.I. / Liu, L. / Gronenborn, A.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Different 3D domain-swapped oligomeric cyanovirin-N structures suggest trapped folding intermediates. 著者: Koharudin, L.M. / Liu, L. / Gronenborn, A.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 96.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 74.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 437.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 439.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 29 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10982.026 Da / 分子数: 4 / 変異: P51G / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: pET26B / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.62 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 35% w/v MPD, 0.1 M sodium/potassium phosphate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月25日 / 詳細: HF VariMax |
放射 | モノクロメーター: OSMIC MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→26.29 Å / Num. all: 36434 / Num. obs: 34612 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 3 / 冗長度: 5.64 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 9.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 2.25 % / Rmerge(I) obs: 0.264 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 62.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3EZM 解像度: 1.9→26.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 4.195 / SU ML: 0.124 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / ESU R: 0.225 / ESU R Free: 0.196 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.908 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→26.29 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
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