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- PDB-4j41: The crystal structure of a secreted protein EsxB (Mutant P67A) fr... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4j41 | ||||||
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Title | The crystal structure of a secreted protein EsxB (Mutant P67A) from Bacillus anthracis str. Sterne | ||||||
![]() | secreted protein EsxB | ||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / structural genomics / PSI-Biology / protein structure initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
Function / homology | ![]() HP0062-like domain superfamily / HP0062-like domain / Type VII secretion system ESAT-6-like / Proteins of 100 residues with WXG / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha Similarity search - Domain/homology | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fan, Y. / Tan, K. / Chhor, G. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() Title: The crystal structure of a secreted protein EsxB (Mutant P67A) from Bacillus anthracis str. Sterne Authors: Fan, Y. / Tan, K. / Chhor, G. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 218 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 177.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 498.3 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 501.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 24.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 36.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4j10S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 10346.489 Da / Num. of mol.: 6 / Mutation: P67A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-ACT / | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.37 Å3/Da / Density % sol: 48.08 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: 0.1M Sodium Citrate:Citric Acid, 40% (v/v) PEG600, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Apr 4, 2011 / Details: mirror |
Radiation | Monochromator: Si 111 crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.52→40.6 Å / Num. all: 89122 / Num. obs: 89122 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 32.8 |
Reflection shell | Resolution: 1.52→1.55 Å / Redundancy: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.373 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 3582 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 4J10 Resolution: 1.522→40.6 Å / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.34 / Phase error: 23.65 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.522→40.6 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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