PDB-4j2o: Crystal structure of NADP-bound WbjB from A. baumannii community ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4j2o

タイトル

Crystal structure of NADP-bound WbjB from A. baumannii community strain D1279779

要素

UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase/5-epimerase

キーワード

ISOMERASE / Rossmann fold / Dehydratase / NADP / nucleoside-diphosphate sugar epimerase

機能・相同性

機能・相同性情報

defense response to bacterium / innate immune response / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換,

単波長異常分散 / 解像度: 2.653 Å

データ登録者

Shah, B.S. / Harrop, S.J. / Paulsen, I.T. / Mabbutt, B.C.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of a UDP-GlcNAc epimerase for surface polysaccharide biosynthesis in Acinetobacter baumannii.
著者: Shah, B.S. / Ashwood, H.E. / Harrop, S.J. / Farrugia, D.N. / Paulsen, I.T. / Mabbutt, B.C.

履歴

登録	2013年2月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年4月29日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / citation_author / struct_conn Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年12月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4j2o.cif.gz	759.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4j2o.ent.gz	638.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4j2o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j2/4j2o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j2/4j2o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2gn4S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3vvc-1 6860 3w1v-1 4f0q-d 1a5l-1 6nr7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase/5-epimerase

B: UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase/5-epimerase

C: UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase/5-epimerase

D: UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase/5-epimerase

E: UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase/5-epimerase

F: UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase/5-epimerase

ヘテロ分子

254 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.930, 114.540, 215.150
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase/5-epimerase 分子量: 41633.223 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 株: D1279779 / 遺伝子: ACIN5098_0096 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) pLysS / 参照: UniProt: P37362*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.79 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.2 M NaCl, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate (pH 5.6), 25%(v/v) PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	Australian Synchrotron	MX1	1	0.9537
シンクロトロン	Australian Synchrotron	MX2	2	0.9538

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 210r	1	CCD	2012年7月5日
ADSC QUANTUM 315r	2	CCD	2012年8月5日

放射

モノクロメーター: Yes / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9537	1
2	0.9538	1

反射

解像度: 2.64→24.864 Å / Num. all: 77374 / Num. obs: 77374 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 40.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.103 / R_sym value: 0.103 / Net I/σ(I): 13.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
CCP4		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
CCP4		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換,

単波長異常分散
開始モデル: PDB entry 2GN4

2gn4

解像度: 2.653→24.864 Å / SU ML: 0.29 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.63 / σ(I): 0 / 位相誤差: 21.1 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2017	2316	3.02 %	RANDOM
R_work	0.1603	-	-	-
obs	0.1615	77374	97.23 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.653→24.864 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14649	0	288	160	15097

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	15191
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.301	20518
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.141	5728
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.081	2342
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2592

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
2.653-2.6827	0.3425	109	0.2954	4013	4122	83
2.6827-2.7143	0.2787	173	0.2669	4730	4903	98
2.7143-2.7473	0.2914	143	0.2568	4742	4885	99
2.7473-2.7821	0.3284	153	0.2474	4746	4899	99
2.7821-2.8186	0.3398	137	0.2444	4760	4897	98
2.8186-2.8572	0.2775	140	0.2402	4771	4911	99
2.8572-2.8979	0.285	141	0.2258	4732	4873	99
2.8979-2.9411	0.2521	132	0.2026	4772	4904	99
2.9411-2.987	0.2386	140	0.1954	4777	4917	99
2.987-3.0359	0.2383	166	0.1936	4678	4844	98
3.0359-3.0881	0.2377	126	0.1917	4828	4954	98
3.0881-3.1442	0.2464	143	0.1931	4711	4854	98
3.1442-3.2045	0.2521	142	0.1913	4783	4925	99
3.2045-3.2698	0.2493	164	0.1943	4714	4878	98
3.2698-3.3408	0.2385	138	0.1929	4731	4869	98
3.3408-3.4183	0.2399	163	0.1862	4729	4892	98
3.4183-3.5035	0.2323	128	0.1709	4729	4857	98
3.5035-3.598	0.1997	123	0.1506	4748	4871	98
3.598-3.7035	0.2222	158	0.154	4721	4879	98
3.7035-3.8227	0.2012	139	0.1459	4730	4869	98
3.8227-3.9588	0.1552	161	0.1393	4679	4840	98
3.9588-4.1166	0.2156	130	0.129	4695	4825	98
4.1166-4.303	0.1771	153	0.1305	4706	4859	97
4.303-4.5286	0.1501	151	0.1156	4659	4810	97
4.5286-4.8104	0.1531	150	0.1098	4606	4756	96
4.8104-5.1788	0.1663	146	0.1207	4678	4824	97
5.1788-5.6943	0.1628	169	0.1416	4642	4811	97
5.6943-6.5053	0.1843	165	0.1643	4635	4800	97
6.5053-8.1478	0.1786	131	0.1456	4628	4759	96
8.1478-24.864	0.1638	169	0.1429	4481	4650	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6586	-0.4897	0.3105	3.2866	0.7624	2.1094	-0.144	0.1193	0.0705	-0.2506	0.0842	-0.0241	-0.2406	-0.288	0.0437	0.373	-0.0568	-0.0015	0.5178	-0.033	0.3438	-35.4445	-8.0031	16.2313
2	2.0266	-1.8127	0.1218	2.6225	1.4153	3.3973	-0.2563	0.2979	-0.1811	-0.2274	0.1574	-0.0289	0.2102	-0.2396	0.0683	0.4342	-0.0533	-0.009	0.5718	-0.0483	0.4061	-34.3457	-18.4769	9.5486
3	2.6945	1.0663	-2.1847	1.6485	-1.8519	4.6315	0.2189	0.3132	0.0195	-0.1384	-0.1379	-0.0495	-0.2243	0.0367	-0.0759	0.5641	-0.0581	-0.0281	0.6787	-0.0478	0.3702	-30.6862	-9.3863	-7.5741
4	2.7708	0.3169	-0.6962	3.0042	-1.4067	2.4904	-0.0027	-0.0246	-0.0643	0.3406	0.0094	0.0958	-0.1887	-0.1209	-0.0195	0.3936	0.0649	-0.0205	0.4197	-0.0825	0.3427	-38.8682	-9.6456	50.1464
5	2.6061	0.4716	1.7841	0.1871	0.9606	5.1419	0.1101	-0.0524	0.1703	0.1463	-0.1872	0.0422	-0.0962	0.3855	0.0028	0.661	0.0555	0.0135	0.5796	-0.0503	0.4443	-35.9589	6.2607	65.8691
6	2.1127	-0.2442	0.8591	1.4528	0.5461	5.3495	-0.0487	-0.2379	0.447	-0.0034	-0.2479	0.0552	-1.0451	-0.5303	0.2741	0.5808	0.0739	0.0233	0.4327	-0.0833	0.473	-39.8525	13.6148	58.1753
7	3.3516	-0.0482	1.0241	5.8714	-3.2756	6.8939	0.1765	-0.5072	-0.3274	0.3714	0.0229	0.5831	-0.0914	-0.9073	-0.1127	0.5341	-0.061	-0.0265	0.7221	-0.1397	0.3809	-42.1174	5.5252	76.475
8	1.4274	0.4045	-0.3644	1.3712	-0.328	3.129	-0.273	0.2449	-0.1884	-0.1227	-0.057	0.1694	0.5088	-0.2947	0.1749	0.4835	-0.0679	0.1476	0.4186	-0.0895	0.6357	-36.7119	-41.1621	33.999
9	2.2917	-1.4184	-0.5157	4.5194	0.9921	0.4964	-0.064	-0.0882	-0.3389	-0.0899	-0.015	-0.0742	0.5177	-0.0247	0.1063	0.9453	-0.1087	0.2641	0.4666	-0.0151	0.7871	-35.5548	-61.5478	44.6703
10	3.0832	0.5326	-1.1653	1.8432	0.3133	3.5245	0.0319	-0.0361	-0.029	-0.0725	-0.0247	-0.289	-0.3157	0.3808	0.0012	0.3285	-0.0402	-0.0246	0.4158	-0.0224	0.4573	-12.5506	-0.9131	28.4786
11	2.5873	-0.1429	-0.9195	3.1545	-0.8463	1.7023	0.6271	0.0036	0.7658	-0.018	-0.1802	0.1917	-0.8998	0.0922	-0.3251	0.9109	-0.1497	0.1767	0.5274	-0.0967	0.7713	-16.8089	21.7387	30.3347
12	3.3355	-0.3555	-0.1012	2.9717	-0.4587	3.1025	-0.2717	-0.1545	-0.31	0.0878	0.0299	-0.2815	0.4772	0.3904	0.1715	0.4711	0.0667	0.1434	0.4896	-0.0534	0.547	-12.0122	-38.8634	25.9711
13	3.4264	-2.0816	0.7826	2.3722	-1.2321	4.7705	-0.0955	0.405	-0.0938	-0.358	-0.1543	-0.281	0.4407	0.2067	0.2024	0.4725	0.0065	0.159	0.5371	-0.0752	0.5743	-11.6043	-31.0031	13.9488
14	3.0309	1.3338	0.0722	1.7186	-0.4905	0.8655	0.2191	0.406	-1.0339	0.1285	-0.0717	0.7597	0.5661	-1.1234	-0.1282	1.1021	-0.298	0.158	1.1477	-0.416	1.2988	-22.4459	-52.7023	1.014
15	2.2285	0.2162	-0.1164	3.9207	0.8108	4.1251	-0.1224	0.4486	-0.3883	-0.8164	-0.1039	-0.1714	0.6875	-0.3787	0.1904	0.7654	0.0237	0.2569	0.7969	-0.1278	0.6907	-9.4444	-43.6824	1.4146
16	1.9276	0.232	0.7618	3.4688	0.5169	1.8623	-0.0728	-0.0583	-0.1003	0.4105	0.0471	-0.6679	-0.0174	0.2077	0.0346	0.3987	0.0595	-0.0712	0.4995	0.0433	0.6018	-14.8521	-23.3865	55.4187
17	1.1356	1.032	0.8352	1.8825	-0.1195	2.8277	0.4579	-0.5297	-0.379	1.5227	-0.0557	-0.2842	0.6167	-0.4416	-0.2479	1.2781	-0.0269	-0.1547	0.7968	0.2274	0.7985	-18.715	-36.3336	73.8123

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 132 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 133 through 173 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 174 through 335 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 1 through 164 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 165 through 215 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 216 through 317 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 318 through 341 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 1 through 173 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 174 through 336 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 1 through 164 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 165 through 336 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'E' and (resid 1 through 113 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'E' and (resid 114 through 173 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'E' and (resid 174 through 201 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'E' and (resid 202 through 333 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'F' and (resid 1 through 164 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'F' and (resid 165 through 334 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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