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- PDB-4j2h: Crystal structure of a putative short-chain alcohol dehydrogenase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j2h
タイトルCrystal structure of a putative short-chain alcohol dehydrogenase from Sinorhizobium meliloti 1021 (Target NYSGRC-011708)
要素Short chain alcohol dehydrogenase-related dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / short-chain dehydrogenase / Structural genomics / NYSGRC / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor
類似検索 - 分子機能
Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Short chain alcohol dehydrogenase-related dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Sinorhizobium meliloti (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Sampathkumar, P. / Gizzi, A. / Ahmed, M. / Banu, N. / Bhosle, R. / Bonanno, J. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Fiser, A. / Glenn, A.S. ...Sampathkumar, P. / Gizzi, A. / Ahmed, M. / Banu, N. / Bhosle, R. / Bonanno, J. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Fiser, A. / Glenn, A.S. / Hammonds, J. / Hillerich, B. / Khafizov, K. / Lafleur, J. / Love, J.D. / Stead, M. / Seidel, R. / Toro, R. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of a putative short-chain alcohol dehydrogenase from Sinorhizobium meliloti 1021 (Target NYSGRC-011708)
著者: Sampathkumar, P. / Gizzi, A. / Ahmed, M. / Banu, N. / Bhosle, R. / Bonanno, J. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Fiser, A. / Glenn, A.S. / Hammonds, J. / Hillerich, B. / Khafizov, K. / Lafleur, ...著者: Sampathkumar, P. / Gizzi, A. / Ahmed, M. / Banu, N. / Bhosle, R. / Bonanno, J. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Fiser, A. / Glenn, A.S. / Hammonds, J. / Hillerich, B. / Khafizov, K. / Lafleur, J. / Love, J.D. / Stead, M. / Seidel, R. / Toro, R. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
履歴
登録2013年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Short chain alcohol dehydrogenase-related dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6208
ポリマ－27,0491
非ポリマー5727
水1,18966
1
A: Short chain alcohol dehydrogenase-related dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Short chain alcohol dehydrogenase-related dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Short chain alcohol dehydrogenase-related dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Short chain alcohol dehydrogenase-related dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,48232
ポリマ－108,1954
非ポリマー2,28628
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
crystal symmetry operation11_655-x+y+1,y,-z1
Buried area19420 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area32210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.875, 103.875, 101.165
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number181
Space group name H-MP6422

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要素

#1: タンパク質 Short chain alcohol dehydrogenase-related dehydrogenase


分子量: 27048.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sinorhizobium meliloti (根粒菌) / 株: 1021 / 遺伝子: RA0207, SMa0389 / プラスミド: pSGC-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) CodonPlus RIL / 参照: UniProt: Q930I9
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.18 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Protein (20 mM Hepes, pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% glycerol; Reservoir (MCSG4 #82; G10: 0.1 M Sodium Citrate, 20% (w/v) PEG 4000, 20% (v/v) 2-Propanol); Cryoprotection (30% Ethylene glycol), ...詳細: Protein (20 mM Hepes, pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% glycerol; Reservoir (MCSG4 #82; G10: 0.1 M Sodium Citrate, 20% (w/v) PEG 4000, 20% (v/v) 2-Propanol); Cryoprotection (30% Ethylene glycol), Vapor Diffusion, Sitting Drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月21日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 19305 / Num. obs: 19305 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 41.7 % / Biso Wilson estimate: 42 Å2 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 41.9
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 42.9 % / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / Num. unique all: 939 / Rsym value: 0.998 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.7.0025精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-3000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→36.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 9.216 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.176 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2153 980 5.1 %RANDOM
Rwork0.1889 ---
obs0.1902 19172 99.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 109.18 Å2 / Biso mean: 61.0321 Å2 / Biso min: 33.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å20.02 Å20 Å2
2--0.04 Å20 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→36.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1846 0 34 66 1946
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0191909
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021843
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2761.9592579
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.77134205
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8745253
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.41822.94978
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.09115274
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.061517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2296
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022206
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02441
LS精密化 シェル解像度: 2.101→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 71 -
Rwork0.265 1312 -
all-1383 -
obs--99.86 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.50750.21880.1131.32-0.08982.90530.0807-0.2815-0.12170.3554-0.23090.35850.2658-0.80850.15020.4271-0.12920.08020.3042-0.08710.316437.4734-3.919214.9271
2125.901-47.8992-67.08124.496832.559743.6402-0.6209-0.75540.32820.3820.7307-0.0830.49310.8885-0.10980.21960.0670.05380.18610.01410.258740.6839-16.79463.2274
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 255
2X-RAY DIFFRACTION2A307

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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