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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4j2g | ||||||
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タイトル | Atg13 HORMA domain | ||||||
![]() | KLTH0A00704p | ||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / Autophagy / HORMA / Atg13 | ||||||
機能・相同性 | ![]() Atg1/ULK1 kinase complex / protein localization to phagophore assembly site / piecemeal microautophagy of the nucleus / phagophore assembly site / mitophagy / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Jao, C. / Stanley, R.E. / Ragusa, M.J. / Hurley, J.H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A HORMA domain in Atg13 mediates PI 3-kinase recruitment in autophagy. 著者: Jao, C.C. / Ragusa, M.J. / Stanley, R.E. / Hurley, J.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 89.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 73.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 454.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 463.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30507.037 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-260 / 変異: L123M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.16 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2mM ammonium sulfate, 0.1M MES pH6.5, 20% w/v PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 200 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月28日 |
放射 | モノクロメーター: filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.29→84.05 Å / Num. all: 29497 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 2.6 / Observed criterion σ(I): 12.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 67.413 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.29→57.25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.29→2.349 Å / Total num. of bins used: 20
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