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- PDB-4j20: X-ray structure of the cytochrome c-554 from chlorobaculum tepidum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j20
タイトルX-ray structure of the cytochrome c-554 from chlorobaculum tepidum
要素Cytochrome c-555
キーワードOXIDOREDUCTASE / Cytocrome c / electron transfer / Cytochrome Cz
機能・相同性
機能・相同性情報


photosynthesis / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, class IE / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME B/C / ISOPROPYL ALCOHOL / Cytochrome c-555
類似検索 - 構成要素
生物種Chlorobium tepidum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Unno, M. / Yu, L.J. / Wang-otomo, Z.Y.
引用ジャーナル: Photosynth.Res. / 年: 2013
タイトル: Structure analysis and characterization of the cytochrome c-554 from thermophilic green sulfur photosynthetic bacterium Chlorobaculum tepidum
著者: Yu, L.J. / Unno, M. / Kimura, Y. / Yanagimoto, K. / Oh-oka, H. / Wang-otomo, Z.Y.
履歴
登録2013年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月27日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c-555
B: Cytochrome c-555
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,69313
ポリマ－17,9172
非ポリマー1,77711
水3,945219
1
A: Cytochrome c-555
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9368
ポリマ－8,9581
非ポリマー9787
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cytochrome c-555
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7575
ポリマ－8,9581
非ポリマー7994
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.824, 33.826, 47.333
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.83, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Cytochrome c-555 / Cytochrome c555


分子量: 8958.354 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 21-108 / 変異: P1S, A2T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chlorobium tepidum (バクテリア) / 株: ATCC 49652 / DSM 12025 / TLS / 遺伝子: CT0075 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8KG93

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非ポリマー , 5種, 230分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL


分子量: 60.095 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-HEB / HEME B/C / HYBRID BETWEEN B AND C TYPE HEMES (PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE)


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 3.0M ammonium sulfate, 30mM Zinc chloride, 10% isopropanol, 50mM phosphate buffer, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月6日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→60 Å / Num. all: 39456 / Num. obs: 35354 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.3→1.35 Å / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ZON

2zon


解像度: 1.3→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 1.406 / SU ML: 0.028 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.049 / ESU R Free: 0.05 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16996 1766 5 %RANDOM
Rwork0.1503 ---
obs0.1513 33493 99.54 %-
all-33495 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.263 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.33 Å20 Å20.11 Å2
2---0.31 Å20 Å2
3---0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1242 0 120 219 1581
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0221464
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5992.1582003
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5695195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.98625.27836
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.91515245
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg3.686152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2204
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0211074
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7951.5928
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.32821450
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4673536
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.34.5546
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.178 138 -
Rwork0.177 2378 -
obs--98.24 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9222-0.16220.2251.45240.06081.32560.0009-0.00690.0215-0.029-0.0038-0.0007-0.032-0.02110.00290.0203-0.00190.00030.0705-0.00190.01456.1661.49314.273
21.3087-0.5208-0.43981.6231-0.35151.37880.0070.05-0.1316-0.0522-0.00030.16390.0366-0.0358-0.00670.02230.0095-0.01160.0656-0.01850.031-14.316-15.0478.168
33.2794-0.40110.54512.72740.69673.56130.0477-0.03140.12290.0195-0.0156-0.1809-0.07130.0818-0.03210.0394-0.011-0.0080.0831-0.00460.047210.6551.93416.528
45.09050.9101-1.61043.724-2.10665.4290.0610.1997-0.4759-0.040.07610.33710.1639-0.1696-0.13710.05140.0033-0.01490.1089-0.02870.1487-19.179-16.8118.511
50.74850.1701-0.02180.4608-0.03460.317-0.01890.0308-0.029-0.006-0.0051-0.0073-0.00360.00230.0240.04520.01460.00570.0630.00060.0068-1.584-6.12911.497
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 88
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 88
3X-RAY DIFFRACTION3A107
4X-RAY DIFFRACTION4B104
5X-RAY DIFFRACTION5A201 - 416

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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