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- PDB-4j0o: Structure of the Y246A Mutant of the PANTON-VALENTINE LEUCOCIDIN ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j0o
タイトルStructure of the Y246A Mutant of the PANTON-VALENTINE LEUCOCIDIN S Component from STAPHYLOCOCCUS AUREUS
要素LukS-PV
キーワードTOXIN / BI-COMPONENT LEUCOTOXIN / STAPHYLOCOCCUS AUREUS / S COMPONENT LEUCOCIDIN / beta-barrel pore forming toxin
機能・相同性
機能・相同性情報


cytolysis in another organism / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Leukocidin/porin MspA / Leukocidin-like / Bi-component toxin, staphylococci / Leukocidin/Hemolysin toxin / Leukocidin/Hemolysin toxin family / Leukocidin/porin MspA superfamily / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Staphylococcus phage PVL (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Maveyraud, L. / Laventie, B.J. / Prevost, G. / Mourey, L.
引用
ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Residues essential for panton-valentine leukocidin s component binding to its cell receptor suggest both plasticity and adaptability in its interaction surface
著者: Laventie, B.J. / Guerin, F. / Mourey, L. / Tawk, M.Y. / Jover, E. / Maveyraud, L. / Prevost, G.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: Crystallization and preliminary crystallographic data of a leucotoxin S component from Staphylococcus aureus
著者: Guillet, V. / Keller, D. / Prevost, G. / Mourey, L.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Crystal Structure of Leucotoxin S Component NEW INSIGHT INTO THE STAPHYLOCOCCAL beta-BARREL PORE-FORMING TOXINS
著者: Guillet, V. / Roblin, P. / Werner, S. / Coraiola, M. / Menestrina, G. / Monteil, H. / Prevost, G. / Mourey, L.
#3: ジャーナル: Structure / 年: 1999
タイトル: The structure of a Staphylococcus aureus leucocidin component (LukF-PV) reveals the fold of the water-soluble species of a family of transmembrane pore-forming toxins
著者: Pedelacq, J.D. / Maveyraud, L. / Prevost, G. / Baba-Moussa, L. / Gonzalez, A. / Courcelle, E. / Shepard, W. / Monteil, H. / Samama, J.P. / Mourey, L.
履歴
登録2013年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月12日Group: Database references
改定 1.22014年4月23日Group: Database references
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LukS-PV
B: LukS-PV
C: LukS-PV
D: LukS-PV


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,7334
ポリマ－131,7334
非ポリマー00
水8,521473
1
A: LukS-PV


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9331
ポリマ－32,9331
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: LukS-PV


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9331
ポリマ－32,9331
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: LukS-PV


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9331
ポリマ－32,9331
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: LukS-PV


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9331
ポリマ－32,9331
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.110, 94.110, 306.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質
LukS-PV


分子量: 32933.293 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 30-312 / 変異: Y246A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus phage PVL (ファージ)
プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O80066
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 473 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.24 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 40 % PEG 200, 0.1M NaMES, pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 285K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月7日
放射モノクロメーター: Diamond (111), Ge(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→47.05 Å / Num. all: 46924 / Num. obs: 46924 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 49.67 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.149 / Rsym value: 0.149 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.827 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 6622 / Rsym value: 0.827 / % possible all: 95.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1T5R

1t5r


解像度: 2.5→46.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9075 / SU R Cruickshank DPI: 0.444 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: BUSTER/TNT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2282 2380 5.07 %RANDOM
Rwork0.1822 ---
all0.1846 46908 --
obs0.1846 46908 96.14 %-
原子変位パラメータBiso mean: 42.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.8531 Å20 Å20 Å2
2---0.8531 Å20 Å2
3---1.7063 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.291 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→46.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8761 0 0 473 9234
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.018979HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1712174HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3024SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes267HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1291HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8979HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.69
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.04
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1161SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact10015SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2768 169 5.05 %
Rwork0.2176 3175 -
all0.2206 3344 -
obs--96.14 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.68130.02750.38180.9450.35361.88160.0007-0.0043-0.1475-0.06820.0037-0.01590.0693-0.0381-0.0044-0.02130.019-0.0252-0.0278-0.0056-0.1502-42.811717.6273-10.4118
20.7313-0.00530.63110.9460.76894.5994-0.0153-0.1617-0.10390.14560.0602-0.01180.4506-0.1598-0.0448-0.0815-0.0182-0.0259-0.0221-0.0036-0.1945-74.8762-0.8279-35.3885
31.2183-0.65180.2031.526-0.36375.0945-0.1202-0.30740.11260.32880.20450.0498-0.62960.2993-0.0843-0.1256-0.03950.0239-0.0329-0.0076-0.2418-20.4173-0.9574-39.0121
40.93310.4237-0.79271.0664-0.83162.36910.01890.10650.1617-0.1420.0223-0.0078-0.03080.0256-0.0412-0.01170.0209-0.0024-0.04120.0353-0.1741-52.8562-19.8627-14.2942
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A3 - 284
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B3 - 284
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C3 - 284
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D3 - 284

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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