PDB-4j0i: Tannin acyl hydrolase in complex with 3,4-dihydroxybenzoate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4j0i

タイトル

Tannin acyl hydrolase in complex with 3,4-dihydroxybenzoate

要素

Tannase

キーワード

HYDROLASE / tannin / hydrolysis

機能・相同性

機能・相同性情報

: / : / BD-FAE / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Lactobacillus plantarum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Ren, B. / Wu, M. / Wang, Q. / Peng, X. / Wen, H. / Chen, Q. / McKinstry, W.J.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of tannase from Lactobacillus plantarum.
著者: Ren, B. / Wu, M. / Wang, Q. / Peng, X. / Wen, H. / McKinstry, W.J. / Chen, Q.

履歴

登録	2013年1月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年5月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月24日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.2	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4j0i.cif.gz	378.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4j0i.ent.gz	308.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4j0i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j0/4j0i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j0/4j0i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4j0cC 4j0dC 4j0gC 4j0hC 4j0jC 4j0kC 4juiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4j0g-1 2qb7-1 1lon-d 4j0k-1 6sf9-d 6si5-d 5qpd-d 5q39-d 6m9z-d 3llq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tannase

B: Tannase

ヘテロ分子

108 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tannase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Tannase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.578, 62.852, 83.853
Angle α, β, γ (deg.)	70.35, 86.05, 79.48
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Tannase 分子量: 53294.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lactobacillus plantarum (バクテリア) 遺伝子: tanLpl / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B3Y018
#2: 化合物	ChemComp-DHB / 3,4-DIHYDROXYBENZOIC ACID / プロトカテク酸分子量: 154.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₆O₄
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 775 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.32 %
結晶化	温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1M tri-sodium citrate pH 5.5, 20% PEG 3000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 281K

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	最高解像度: 1.75 Å / Num. obs: 328191 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 10.7
反射シェル	解像度: 1.75→1.84 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 96.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.75→19.741 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8923 / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 18.45 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1875	4315	5.02 %
R_work	0.1547	-	-
obs	0.1563	86020	96.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 57.888 Å² / k_sol: 0.415 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 84.62 Å² / B_iso mean: 20.3272 Å² / B_iso min: 7.01 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.3228 Å²	-2.5766 Å²	4.7353 Å²
2-	-	-6.2456 Å²	-0.3426 Å²
3-	-	-	0.9228 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→19.741 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7024	0	84	775	7883

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	7507
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.081	10270
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.835	2706
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	1153
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1352

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.75-1.7699	0.2764	128	0.2402	2701	96
1.7699-1.7907	0.2715	141	0.2321	2775	96
1.7907-1.8125	0.2847	125	0.2294	2650	96
1.8125-1.8354	0.2678	148	0.21	2725	96
1.8354-1.8596	0.2499	140	0.2014	2752	96
1.8596-1.885	0.2345	127	0.1834	2668	97
1.885-1.9119	0.2275	150	0.177	2720	97
1.9119-1.9404	0.2181	146	0.1686	2760	97
1.9404-1.9707	0.23	154	0.1631	2697	97
1.9707-2.003	0.2221	144	0.1563	2693	97
2.003-2.0375	0.1843	147	0.1522	2743	97
2.0375-2.0745	0.1885	136	0.1394	2701	97
2.0745-2.1144	0.1581	139	0.1467	2809	97
2.1144-2.1575	0.1946	147	0.1376	2719	97
2.1575-2.2044	0.177	148	0.1396	2715	98
2.2044-2.2556	0.1851	135	0.1422	2732	97
2.2556-2.3119	0.1929	147	0.1391	2748	97
2.3119-2.3743	0.1791	147	0.1384	2715	97
2.3743-2.444	0.1765	134	0.1343	2785	97
2.444-2.5228	0.1973	157	0.1437	2705	97
2.5228-2.6127	0.1982	148	0.1502	2760	98
2.6127-2.7171	0.1785	151	0.1462	2724	98
2.7171-2.8404	0.2032	140	0.1549	2739	98
2.8404-2.9897	0.175	133	0.1546	2758	97
2.9897-3.1763	0.1839	146	0.1528	2702	97
3.1763-3.4204	0.1693	141	0.1472	2685	96
3.4204-3.7624	0.1386	147	0.1357	2686	96
3.7624-4.3019	0.1608	146	0.1339	2709	96
4.3019-5.4016	0.1446	170	0.1367	2687	97
5.4016-19.7425	0.2167	153	0.1937	2742	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1819	0.0442	0.0139	1.2719	0.2201	0.82	0.0126	0.0079	0.0361	0.14	-0.0032	-0.0392	-0.1505	-0.0117	-0.0039	0.1266	0.0125	-0.012	0.1056	0.0073	0.0928	27.3119	105.0215	80.4441
2	0.565	0.2546	-0.4513	0.9391	-0.2997	1.7716	-0.0782	0.016	-0.0217	-0.0385	0.0396	0.0406	0.2892	-0.0677	0.0422	0.1893	0.0029	0.0001	0.1166	-0.0022	0.1138	20.9393	74.281	71.1974
3	0.4078	0.2317	0.0885	0.9869	0.1056	1.1178	0.008	0.0383	0.0011	0.045	0.0344	-0.0828	0.0185	0.0602	-0.0381	0.0908	0.0194	-0.0058	0.1167	-0.0072	0.1073	25.973	91.2379	70.2158
4	0.426	-0.0589	-0.1828	1.1477	0.265	0.528	-0.0053	0.0313	-0.0609	-0.0754	-0.0058	-0.0419	0.0294	-0.0059	0.0218	0.0627	0.0037	0.002	0.1004	-0.001	0.1072	39.6268	41.8716	33.6487
5	1.2889	-0.1212	-0.2678	1.3192	0.1063	0.8589	0.0125	0.0404	0.0256	-0.2163	0.0159	0.0396	-0.0698	-0.0846	-0.0403	0.1211	-0.0076	-0.0073	0.0979	-0.0146	0.0972	30.6624	71.794	40.0784
6	0.4894	-0.0656	-0.0269	0.8905	0.1077	0.2937	0.009	-0.0315	-0.0015	-0.077	0.0064	-0.0329	-0.0393	0.0227	-0.0116	0.0733	-0.005	-0.0049	0.1059	-0.0061	0.0816	34.7368	63.7449	39.9373

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 1:228)	A	1 - 228
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 247:340)	A	247 - 340
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 341:469)	A	341 - 469
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resseq 1:209)	B	1 - 209
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resseq 210:311)	B	210 - 311
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq 312:469)	B	312 - 469

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