PDB-4j0c: tannin acyl hydrolase from Lactobacillus plantarum (native structure)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4j0c

タイトル

tannin acyl hydrolase from Lactobacillus plantarum (native structure)

要素

Tannase

キーワード

HYDROLASE / tannin / tannase

機能・相同性

機能・相同性情報

: / : / BD-FAE / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Lactobacillus plantarum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Wu, M. / Wang, Q. / Peng, X. / Wen, H. / Chen, Q. / McKinstry, W.J.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of tannase from Lactobacillus plantarum.
著者: Ren, B. / Wu, M. / Wang, Q. / Peng, X. / Wen, H. / McKinstry, W.J. / Chen, Q.

履歴

登録	2013年1月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年5月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月24日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.2	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4j0c.cif.gz	363.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4j0c.ent.gz	295.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4j0c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j0/4j0c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j0/4j0c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4j0dC 4j0gC 4j0hC 4j0iC 4j0jC 4j0kC 4juiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4j0g-1 5qq1-d 3mh8-d 2okr-2 5qpr-d 5qq7-d 5qqb-d 5qps-d 5qph-d 6r04-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tannase

B: Tannase

ヘテロ分子

107 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tannase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
53.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Tannase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
53.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.458, 62.791, 83.803
Angle α, β, γ (deg.)	70.39, 86.01, 79.41
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Tannase 分子量: 53294.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lactobacillus plantarum (バクテリア) 遺伝子: tanLpl / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B3Y018
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 679 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.08 %
結晶化	温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1M tri-sodium citrate pH 5.5, 20% PEG 3000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 281K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	最高解像度: 1.65 Å / Num. obs: 100941 / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 14.61 Å² / R_merge(I) obs: 0.077
反射シェル	解像度: 1.65→1.74 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.55 / % possible all: 88.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換 / 解像度: 1.65→19.677 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.12 / FOM work R set: 0.8745 / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 20.02 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1919	5038	4.99 %	RANDOM
R_work	0.1647	-	-	-
obs	0.1661	100915	95.73 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 64.689 Å² / k_sol: 0.428 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 86.66 Å² / B_iso mean: 20.8516 Å² / B_iso min: 5.59 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	9.4533 Å²	-4.5168 Å²	2.8299 Å²
2-	-	-7.5568 Å²	-1.2857 Å²
3-	-	-	-0.691 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→19.677 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6945	0	51	679	7675

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	7221
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.187	9850
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.266	2571
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	1109
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1292

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.65-1.709	0.2948	462	0.2693	8706	87
1.709-1.7773	0.267	486	0.219	9553	95
1.7773-1.8582	0.2324	490	0.1866	9661	96
1.8582-1.956	0.2025	477	0.1591	9581	96
1.956-2.0785	0.1792	520	0.1453	9627	96
2.0785-2.2387	0.1731	514	0.1356	9683	97
2.2387-2.4637	0.1727	515	0.1379	9740	97
2.4637-2.8193	0.1765	530	0.1466	9695	97
2.8193-3.5486	0.18	555	0.1544	9780	98
3.5486-19.6782	0.188	489	0.1788	9851	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0935	-0.1233	0.0041	0.2213	0.0371	0.2882	0.0451	0.001	0.0585	0.2436	0.0247	-0.0162	-0.2333	-0.0291	-0.0068	0.341	0.0057	-0.0009	0.1061	0.0014	0.1301	26.7688	115.0219	87.3948
2	0.1906	0.0481	-0.0085	0.5186	0.0949	0.431	-0.0165	0.0059	0.039	0.1931	0.0245	-0.0266	-0.2607	-0.0601	0.0643	0.2016	0.0142	-0.0168	0.0846	0.0026	0.0883	24.2251	106.3228	84.8521
3	0.0982	-0.1257	-0.1482	0.5838	0.0684	0.5243	0.0109	0.0425	0.0139	-0.0063	0.0079	-0.0813	-0.0959	0.0092	-0.0087	0.1226	0.0077	-0.0154	0.1006	0.0042	0.1004	30.1225	98.7696	74.0389
4	0.2339	0.1228	0.1941	0.4471	-0.1598	0.6225	-0.091	-0.0016	-0.0476	-0.1734	0.0571	0.0417	0.2805	-0.0771	0.0571	0.1605	0.0228	0.0075	0.1234	-0.0045	0.0823	25.1534	78.5993	61.3381
5	0.2547	0.0795	0.0384	0.5403	0.205	0.5834	-0.0228	0.0235	0.0027	0.0409	0.0227	-0.0228	0.0908	-0.0159	-0.0009	0.1133	0.0077	-0.002	0.0945	0.0008	0.0814	23.4236	84.6538	71.4276
6	1.4833	-0.0032	-0.1115	0.0012	-0.0044	0.1515	-0.0309	-0.2545	0.0946	0.1119	0.0902	-0.0985	-0.0348	0.0837	0.0086	0.2626	0.0171	-0.0681	0.1329	-0.0217	0.1209	32.326	92.8663	93.4296
7	0.3086	0.0883	-0.2253	0.4668	-0.1502	0.638	-0.0476	0.0488	-0.0787	-0.1503	0.0018	0.0129	0.139	-0.0293	0.0338	0.1161	0.0047	0.0122	0.1042	-0.0092	0.145	39.5332	34.7516	28.1963
8	0.1047	0.0402	0.0186	0.9062	0.1115	0.2177	-0.0013	-0.0373	-0.149	-0.3607	-0.0005	0.0319	0.0892	-0.0652	0.0432	-0.0513	0.0608	0.0379	0.0431	-0.0263	0.0982	38.9274	44.261	29.2237
9	0.1481	-0.1379	0.0165	1.2011	0.296	0.1998	0.0142	-0.0312	-0.0509	-0.08	-0.0274	-0.024	0.0108	-0.0335	-0.0118	0.0209	0.0075	-0.0137	0.0894	0.0054	0.0824	36.0413	51.2304	41.0819
10	0.2337	-0.1275	0.0555	0.5007	0.0511	0.5177	0.029	0.1	-0.0719	-0.0918	0.0035	-0.0347	-0.108	0.1264	-0.117	0.0485	0.0001	-0.0048	0.0835	-0.0418	0.0718	28.6556	72.8313	47.0239
11	0.4267	-0.1082	-0.0181	0.8612	0.3027	0.3497	0.0048	-0.0795	0.0013	-0.112	0.023	-0.0245	-0.0748	0.0114	-0.0089	0.0451	0.0062	-0.0067	0.0681	0.0016	0.0695	34.7606	66.4802	40.564
12	0.0267	-0.028	-0.1513	0.0335	0.1832	1.245	-0.0434	0.0123	-0.1624	-0.0737	0.049	-0.2448	0.0068	0.3193	-0.0428	0.0767	0.0103	0.0286	0.1354	-0.0062	0.2157	54.3054	53.2565	32.0311

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:51)	A	1 - 51
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 52:127)	A	52 - 127
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 128:228)	A	128 - 228
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 247:282)	A	247 - 282
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 283:461)	A	283 - 461
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 462:469)	A	462 - 469
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 1:51)	B	1 - 51
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 52:127)	B	52 - 127
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 128:231)	B	128 - 231
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 245:282)	B	245 - 282
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 283:461)	B	283 - 461
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 462:469)	B	462 - 469

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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