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- PDB-4j0b: Structure of mitochondrial Hsp90 (TRAP1) with ADP-BeF3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j0b
タイトルStructure of mitochondrial Hsp90 (TRAP1) with ADP-BeF3
要素TNF receptor-associated protein 1
キーワードCHAPERONE / ATPase / ATP binding / Mitochondria / ATPase chaperone
機能・相同性
機能・相同性情報


Citric acid cycle (TCA cycle) / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / protein folding / mitochondrial inner membrane / calcium ion binding / protein kinase binding / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Heat shock protein 90, C-terminal domain / Rossmann fold - #11260 / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #80 / Ribosomal Protein S5; domain 2 / HSP90, C-terminal domain / Heat shock protein Hsp90, N-terminal / Heat shock protein Hsp90 family / Hsp90 protein / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain ...Heat shock protein 90, C-terminal domain / Rossmann fold - #11260 / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #80 / Ribosomal Protein S5; domain 2 / HSP90, C-terminal domain / Heat shock protein Hsp90, N-terminal / Heat shock protein Hsp90 family / Hsp90 protein / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Up-down Bundle / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / : / Heat shock protein 75 kDa, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.352 Å
データ登録者Partridge, J.R. / Lavery, L.A. / Agard, D.A.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2014
タイトル: Structural asymmetry in the closed state of mitochondrial Hsp90 (TRAP1) supports a two-step ATP hydrolysis mechanism.
著者: Lavery, L.A. / Partridge, J.R. / Ramelot, T.A. / Elnatan, D. / Kennedy, M.A. / Agard, D.A.
履歴
登録2013年1月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月27日Group: Database references
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TNF receptor-associated protein 1
B: TNF receptor-associated protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,28112
ポリマ－148,0102
非ポリマー1,27110
水3,369187
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13310 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area53990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)177.779, 96.566, 124.977
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 134.29, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-995-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 TNF receptor-associated protein 1 / Trap1 protein


分子量: 74004.938 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 73-719 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: trap1 / プラスミド: pET151/D-TOPO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL / 参照: UniProt: A8WFV1

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非ポリマー , 5種, 197分子

#2: 化合物
ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 18 % (v/v) PEG3350, 0.2 M sodium malonate pH 6.6, 20-36 M hexamine cobalt mixed 1:1 with TRAP1 protein at 1 mg/ml, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.115869 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月10日
放射モノクロメーター: Double flat crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.115869 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→45 Å / Num. all: 62614 / Num. obs: 62301 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 59.14 Å2 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 6139 / Rsym value: 0.544 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1278)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: SeMET derivative of TRAP1 ADP-BeF3

解像度: 2.352→29.82 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2477 2030 3.26 %random
Rwork0.2051 ---
obs0.2065 62239 98.95 %-
all-62899 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.352→29.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9674 0 68 187 9929
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0099949
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.17413432
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6493776
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0781492
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051714
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3517-2.40640.3121180.28923645X-RAY DIFFRACTION91
2.4064-2.46650.33561340.27883963X-RAY DIFFRACTION99
2.4665-2.53320.3751340.27323998X-RAY DIFFRACTION99
2.5332-2.60770.34411370.27624022X-RAY DIFFRACTION99
2.6077-2.69180.34551430.26353985X-RAY DIFFRACTION99
2.6918-2.7880.27321350.25784034X-RAY DIFFRACTION100
2.788-2.89950.33231320.2564054X-RAY DIFFRACTION100
2.8995-3.03130.27451300.24234043X-RAY DIFFRACTION100
3.0313-3.1910.31251380.24554054X-RAY DIFFRACTION100
3.191-3.39060.29431370.23624056X-RAY DIFFRACTION100
3.3906-3.6520.27441410.21964011X-RAY DIFFRACTION100
3.652-4.01870.22691340.1924083X-RAY DIFFRACTION100
4.0187-4.59840.22621400.17184068X-RAY DIFFRACTION99
4.5984-5.78660.21881400.18184045X-RAY DIFFRACTION100
5.7866-29.8220.19361370.17334148X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.92480.4777-0.52442.0372-0.23721.24240.12020.32820.1183-0.0506-0.09060.3129-0.0105-0.1549-0.03140.42110.0343-0.00150.33540.01830.5041-5.3017-2.1015-58.7839
22.56380.91381.76051.60440.72467.9287-0.0627-0.16230.10150.1621-0.0693-0.2819-0.1246-0.09790.09710.44480.03570.00840.30360.05510.6864.861610.8601-32.1923
33.92892.48731.4295.27231.24716.2241-0.26280.37850.75470.6302-0.3408-0.7607-0.71890.80390.63680.8119-0.0974-0.36710.68970.17911.240426.057819.9197-12.8345
44.37753.1381-2.5354.9347-0.61591.9761-0.1485-0.2425-0.1785-0.0473-0.1872-0.8688-0.12550.41620.29140.69710.0497-0.2380.7852-0.07510.895333.19120.327310.6942
56.704-0.21750.02131.34360.02520.92440.04530.70710.3712-0.3209-0.1153-0.424-0.01070.1790.07090.50370.08080.17420.5550.08930.770322.6526-1.4791-65.2468
60.85170.3516-0.38272.5975-1.06295.8240.2146-0.05180.2460.035-0.10320.0452-0.1259-0.2394-0.11040.3985-0.02980.10770.4612-0.0870.849625.4109-14.8165-35.6265
74.7774-2.18521.14113.6415-2.06254.5269-0.2959-0.0812-0.24680.00470.3197-0.35690.3928-0.11690.02710.4691-0.00980.0520.4004-0.13160.611717.2598-25.2583-8.7488
83.86882.02181.71973.38171.61526.3554-0.056-0.46240.17670.3897-0.0707-0.1316-0.1946-0.3440.14820.58870.1454-0.06180.6132-0.09110.54610.9022-13.812613.6398
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1Chain A and resid 85:310
2X-RAY DIFFRACTION2Chain A and resid 311:472
3X-RAY DIFFRACTION3Chain A and resid 473:566
4X-RAY DIFFRACTION4Chain A and resid 567:717
5X-RAY DIFFRACTION5Chain B and resid 85:310
6X-RAY DIFFRACTION6Chain B and resid 311:472
7X-RAY DIFFRACTION7Chain B and resid 473:566
8X-RAY DIFFRACTION8Chain B and resid 567:717

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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