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- PDB-4izo: Crystal structure of kinase Phosphoribosylaminoimidazole carboxyl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4izo
タイトルCrystal structure of kinase Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase, ATPase subunit from Burkholderia thailandensis
要素Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase, ATPase subunit
キーワードLYASE / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide synthase / 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide synthase activity / phosphoribosylaminoimidazole carboxylase activity / 'de novo' IMP biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase, ATPase subunit / Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase, C-terminal domain / Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase C-terminal domain / : / Ribonucleotide synthetase preATP-grasp domain / ATP-grasp fold, ATP-dependent carboxylate-amine ligase-type / ATP-grasp domain / Rossmann fold - #20 / ATP-grasp fold, A domain / Rudiment single hybrid motif ...Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase, ATPase subunit / Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase, C-terminal domain / Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase C-terminal domain / : / Ribonucleotide synthetase preATP-grasp domain / ATP-grasp fold, ATP-dependent carboxylate-amine ligase-type / ATP-grasp domain / Rossmann fold - #20 / ATP-grasp fold, A domain / Rudiment single hybrid motif / ATP-grasp fold, B domain / ATP-grasp fold, subdomain 1 / Pre-ATP-grasp domain superfamily / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile. / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Dna Ligase; domain 1 / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia thailandensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of kinase Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase, ATPase subunit from Burkholderia thailandensis
著者: SSGCID / Abendroth, J. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2013年1月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase, ATPase subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7921
ポリマ－43,7921
非ポリマー00
水6,503361
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.930, 53.930, 465.920
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-554-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase, ATPase subunit


分子量: 43791.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia thailandensis (バクテリア)
株: E264 / 遺伝子: BTH_I0668, purK / プラスミド: ButhA.00036.a.A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q2T0S5, phosphoribosylaminoimidazole carboxylase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 361 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.92 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: EB JCSG screen a9: 200mM Ammonium chloride, 20% PEG 3350 PEG 1500; ButhA.00036.a.A1.PS01171 at 20 mg/ml, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.127092 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月18日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.127092 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 36489 / Num. obs: 35480 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 18.7 % / Biso Wilson estimate: 22.932 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 35.1
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
1.85-1.90.13219.34462682336190.4
1.9-1.950.11923.68519322481197.1
1.95-2.010.10826.25505712404197.2
2.01-2.070.09929.4485322366197.4
2.07-2.140.09231.04458022259197.5
2.14-2.210.08733.59440402197197.6
2.21-2.290.08335.05421702150197.9
2.29-2.390.07936.34404262083198
2.39-2.490.07737.81388172022198.2
2.49-2.620.07538.76363181919198.3
2.62-2.760.07440.08342541856198.2
2.76-2.930.06941.49320441756198.6
2.93-3.130.06943.06300641689198.8
3.13-3.380.06944.59275211582198.7
3.38-3.70.06644.99244131428199
3.7-4.140.06344.79224851359198.8
4.14-4.780.06242.68174721197198.6
4.78-5.850.05741.59147781038196.6
5.85-8.270.05340.811625846197.9
8.27-500.05336.255640512186.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.5 Å43.35 Å
Translation3.5 Å43.35 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.2位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
Blu-Iceデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4E4T

4e4t


解像度: 1.85→43.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / WRfactor Rfree: 0.2197 / WRfactor Rwork: 0.1824 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / FOM work R set: 0.908 / SU B: 4.769 / SU ML: 0.078 / SU R Cruickshank DPI: 0.1318 / SU Rfree: 0.1233 / Isotropic thermal model: isotropic, TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.123 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2141 1246 5 %RANDOM
Rwork0.1821 ---
all0.1837 36489 --
obs0.1837 35443 97.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 50.67 Å2 / Biso mean: 18.0096 Å2 / Biso min: 8.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.22 Å20.22 Å20 Å2
2--0.22 Å20 Å2
3----0.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→43.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2710 0 0 361 3071
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0192793
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022689
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5181.9663820
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.76436153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6775380
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.77823.491106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.2515401
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.5661520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2451
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213245
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02609
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8881.1541511
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8821.1531510
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4341.721885
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 104 -
Rwork0.174 2222 -
all-2326 -
obs-2222 90.47 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 3.702 Å / Origin y: 46.41 Å / Origin z: 19.693 Å
111213212223313233
T0.0472 Å2-0.0033 Å20.0107 Å2-0.0381 Å2-0.0162 Å2--0.04 Å2
L0.1842 °2-0.0952 °2-0.0132 °2-0.1644 °2-0.1167 °2--0.1689 °2
S-0.0148 Å °-0.0112 Å °-0.0091 Å °0.0309 Å °0.0335 Å °0.0254 Å °-0.026 Å °-0.0055 Å °-0.0187 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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