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万見
- PDB-4iya: Structure of the Y250A mutant of the PANTON-VALENTINE LEUCOCIDIN ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4iya
タイトルStructure of the Y250A mutant of the PANTON-VALENTINE LEUCOCIDIN S component from STAPHYLOCOCCUS AUREUS
要素LukS-PV
キーワードTOXIN / Staphylococcus aureus / S component leucocidin / bi-component leucotoxin / beta-barrel pore forming toxin
機能・相同性
機能・相同性情報


cytolysis in another organism / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Leukocidin/porin MspA / Leukocidin-like / Bi-component toxin, staphylococci / Leukocidin/Hemolysin toxin / Leukocidin/Hemolysin toxin family / Leukocidin/porin MspA superfamily / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / LukS-PV
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus phage PVL (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Maveyraud, L. / Guerin, F. / Laventie, B.J. / Prevost, G. / Mourey, L.
引用
ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Residues essential for panton-valentine leukocidin s component binding to its cell receptor suggest both plasticity and adaptability in its interaction surface
著者: Laventie, B.J. / Guerin, F. / Mourey, L. / Tawk, M.Y. / Jover, E. / Maveyraud, L. / Prevost, G.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of leucotoxin S component. New insight into the staphylococcal beta-barrel pore-forming toxins
著者: Guillet, V. / Roblin, P. / Werner, S. / Coraiola, M. / Menestrina, G. / Monteil, H. / Prevost, G. / Mourey, L.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: Crystallization and preliminary crystallographic data of leucotoxin S component from Staphylococcus aureus
著者: Guillet, V. / Keller, D. / Prevost, G. / Mourey, L.
#3: ジャーナル: Structure / 年: 1999
タイトル: The structure of a Staphylococcus aureus leucocidin component (LukF-PV) reveals the fold of the water-soluble species of a family of transmembrane pore-forming toxins
著者: Pedelacq, J.D. / Maveyraud, L. / Prevost, G. / Baba-moussa, L. / Gonzalez, A. / Courcelle, M. / Shepard, W. / Monteil, H. / Samama, J.P. / Mourey, L.
履歴
登録2013年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月12日Group: Database references
改定 1.22014年4月23日Group: Database references
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LukS-PV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4894
ポリマ－33,0481
非ポリマー4403
水5,350297
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.340, 89.320, 38.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-302-

FLC

21A-595-

HOH

31A-598-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 LukS-PV


分子量: 33048.375 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 29-312 / 変異: Y250A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus phage PVL (ファージ)
プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O80066
#2: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 297 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.01 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: 5% PEG 6000, 0.1M NaCitrate , pH 4.00, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 285K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.948 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月10日
放射モノクロメーター: channel cut ESRF monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.948 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→30.84 Å / Num. all: 43049 / Num. obs: 43049 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 18.72 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 18.8
反射 シェル解像度: 1.5→1.6 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.753 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 3855 / Rsym value: 0.753 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1T5R

1t5r


解像度: 1.55→22.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9598 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9537 / SU R Cruickshank DPI: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: BUSTER TNT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1893 2161 5.02 %RANDOM
Rwork0.1653 ---
obs0.1665 43037 99.75 %-
原子変位パラメータBiso mean: 22.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.1181 Å20 Å20 Å2
2--4.0269 Å20 Å2
3----2.9089 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→22.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2242 0 30 297 2569
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0092425HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.063318HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d826SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes72HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes359HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2425HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.37
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.45
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion306SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2954SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2268 166 5.24 %
Rwork0.2001 2999 -
all0.2014 3165 -
obs--99.75 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 51.6669 Å / Origin y: 29.373 Å / Origin z: 21.0996 Å
111213212223313233
T-0.0393 Å2-0.0022 Å2-0.002 Å2--0.0234 Å20.0008 Å2---0.0308 Å2
L0.2239 °2-0.0514 °2-0.005 °2-1.0553 °20.5603 °2--0.5022 °2
S0.0257 Å °-0.0299 Å °0.0025 Å °0.009 Å °-0.0036 Å °-0.0347 Å °0.0175 Å °0.0052 Å °-0.0221 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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