PDB-4iy9: Bmlp3 - C2 crystal form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4iy9

タイトル

Bmlp3 - C2 crystal form

要素

30K protein 1

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN / Lipoprotein 11 family / hemolymph

機能・相同性

機能・相同性情報

extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Bombyx mori (カイコ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Pietrzyk, A.J. / Bujacz, A. / Mueller-Dieckmann, J. / Jaskolski, M. / Bujacz, G.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Two Crystal Structures of Bombyx mori Lipoprotein 3 - Structural Characterization of a New 30-kDa Lipoprotein Family Member.
著者: Pietrzyk, A.J. / Bujacz, A. / Mueller-Dieckmann, J. / Lochynska, M. / Jaskolski, M. / Bujacz, G.

履歴

登録	2013年1月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年4月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年5月8日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4iy9.cif.gz	206.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4iy9.ent.gz	167.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4iy9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4iy9_validation.pdf.gz	437.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4iy9_full_validation.pdf.gz	447.3 KB	表示
XML形式データ	4iy9_validation.xml.gz	20.4 KB	表示
CIF形式データ	4iy9_validation.cif.gz	28.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iy/4iy9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iy/4iy9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4iy8C 4efpS 3pub 4efq 4efr C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2xmi-d 3kbb-d 4hic-1 1m2k-d 5hns-2 1m2h-d 3vwd-d 4efr-3 5f0s-2 7cmz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 30K protein 1

B: 30K protein 1

ヘテロ分子

55.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 30K protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
27.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 30K protein 1

登録者が定義した集合体
27.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	154.150, 34.560, 93.140
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.99, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	30K protein 1 分子量: 27613.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: protein isolated from hemolymph / 由来: (天然) Bombyx mori (カイコ) / 参照: UniProt: H9J4F6, UniProt: Q00802*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.7 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 2.0 M (NH4)2SO4, 0.1 M NH4I, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月18日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: KMC-1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→38.164 Å / Num. all: 29081 / Num. obs: 26553 / % possible obs: 91.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 41.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 15.9
反射シェル	解像度: 2.1→2.1841 Å / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.496 / Mean I/σ(I) obs: 2.58 / Num. unique all: 3770 / % possible all: 86.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4EFP

4efp

解像度: 2.1→38.1 Å / SU ML: 0.36 / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.04 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2715	1325	5 %	RANDOM
R_work	0.2161	-	-	-
obs	0.2188	26475	91.08 %	-
all	-	29081	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→38.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3842	0	1	124	3967

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.019	3979
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.81	5402
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.449	1470
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.105	563
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	697

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.1841	0.3961	139	0.3239	2617	X-RAY DIFFRACTION	86
2.1841-2.2835	0.4663	69	0.4253	1330	X-RAY DIFFRACTION	44
2.2835-2.4039	0.3934	153	0.2797	2892	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4039-2.5544	0.3749	159	0.2774	3017	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5544-2.7516	0.3637	159	0.2662	3025	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7516-3.0284	0.2881	159	0.2386	3021	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0284-3.4664	0.2708	160	0.2158	3040	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4664-4.3663	0.2038	160	0.1715	3050	X-RAY DIFFRACTION	98
4.3663-38.1701	0.2227	167	0.1776	3158	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8776	-0.4866	0.1693	1.6395	0.1495	2.0755	0.1374	1.404	0.0856	-0.5452	-0.0513	0.2885	0.2008	-0.8353	-0.1399	0.3852	0.0097	-0.0221	0.9304	0.0694	0.398	11.3772	9.0116	-22.3078
2	2.5366	-0.5574	0.395	2.3426	-1.8064	3.078	-0.0693	-0.3505	-0.0644	-0.0325	0.5422	0.2965	0.088	-1.2093	-0.1941	0.2462	-0.0011	-0.0341	0.5877	0.1296	0.3536	11.3501	7.3382	2.1569
3	2.7026	-0.3769	1.3436	0.7645	-0.3076	3.335	-0.0149	-0.6616	0.1447	0.2015	0.1857	-0.1405	-0.3025	-0.4238	-0.0655	0.2315	0.063	0.0172	0.1685	0.0577	0.2864	21.266	7.3324	7.8869
4	2.0098	-0.0762	0.4839	1.6018	-0.9925	3.6266	0.2047	-0.0985	-0.4933	-0.1421	0.2524	0.2293	0.7567	-0.436	-0.1419	0.2985	-0.05	-0.0618	0.2712	0.1662	0.3872	16.361	-2.8577	3.5612
5	3.0986	-0.5611	0.6828	0.9694	-0.0923	2.2069	0.0665	-1.1859	0.0254	-0.1326	-0.0676	-0.3415	-0.0733	0.697	0.0274	0.664	-0.0381	0.0241	1.0865	-0.2799	0.5421	49.9955	0.3521	55.2712
6	2.0807	0.5702	-0.0315	1.8654	0.1401	2.1882	0.257	-0.9499	0.0577	0.0115	-0.1782	-0.2632	0.1382	-0.0978	-0.0928	0.3956	-0.0051	-0.0364	0.9779	-0.1671	0.4302	50.2304	-4.1325	47.1216
7	1.72	0.0003	0.1414	0.3014	0.0147	1.108	0.3444	-0.4409	-0.2697	1.0428	0.1447	-0.1205	0.2602	1.0442	-0.2087	0.4874	-0.0159	-0.0599	0.7222	-0.0074	0.3677	48.5929	-10.3953	34.0742
8	1.8274	-0.1732	0.2291	1.2756	1.1767	1.0578	-0.0631	0.7598	-0.616	-0.3281	0.1253	-0.1785	-0.236	0.0059	-0.0789	0.2603	0.1058	-0.0188	0.0978	0.1242	0.3597	38.4102	-10.7979	17.3816
9	3.3011	-0.7436	0.4385	0.583	-0.8124	3.3837	0.0735	-0.2072	0.2946	0.1987	0.2078	-0.1992	-0.0516	0.3966	-0.1833	0.2379	-0.0178	0.0639	0.154	-0.0289	0.3028	44.0007	-5.4452	24.9293
10	0.7325	-1.0295	-0.2721	1.6273	0.7876	2.6903	0.1651	-0.2743	0.3825	-0.1616	0.1867	-0.0544	-0.5042	-0.4033	-0.3174	0.3457	0.0446	0.0481	0.3712	0.0656	0.3023	32.0498	0.3571	21.8012
11	3.6191	0.0139	0.1958	2.9372	-0.4231	2.9131	0.1991	-0.499	-0.0319	0.3716	-0.0162	0.0052	0.1717	-0.2759	-0.1233	0.268	-0.0072	0.0015	0.2807	0.068	0.2315	34.0144	-10.1987	31.9557

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 5:51 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 52:124 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 125:175 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESID 176:239 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND (RESID 5:35 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESID 36:76 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESID 77:94 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESID 95:114 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESID 115:155 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND (RESID 156:179 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN B AND (RESID 180:239 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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