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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ix0
タイトルComputational Design of an Unnatural Amino Acid Metalloprotein with Atomic Level Accuracy
要素Unnatural Amino Acid Mediated Metalloprotein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / computational design / TIM barrel / metalloprotein / bipyridylalanine
機能・相同性
機能・相同性情報


indole-3-glycerol-phosphate synthase / indole-3-glycerol-phosphate synthase activity / phosphoribosylanthranilate isomerase activity / tryptophan biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Indole-3-glycerol phosphate synthase / Indole-3-glycerol phosphate synthase, conserved site / Indole-3-glycerol phosphate synthase signature. / Indole-3-glycerol phosphate synthase domain / Indole-3-glycerol phosphate synthase / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Indole-3-glycerol phosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Mills, J. / Bolduc, J. / Khare, S. / Stoddard, B. / Baker, D.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2013
タイトル: Computational design of an unnatural amino Acid dependent metalloprotein with atomic level accuracy.
著者: Mills, J.H. / Khare, S.D. / Bolduc, J.M. / Forouhar, F. / Mulligan, V.K. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Tong, L. / Stoddard, B.L. / Baker, D.
履歴
登録2013年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月25日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Unnatural Amino Acid Mediated Metalloprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0254
ポリマ－29,7741
非ポリマー2513
水70339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.573, 62.790, 92.709
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Unnatural Amino Acid Mediated Metalloprotein / Indole-3-glycerol phosphate synthase / IGPS


分子量: 29774.086 Da / 分子数: 1
変異: K10E, F22V, S70A, K110M, I133BPA, N161T, N179T, R181Q, L183D, E209D, F246L
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 遺伝子: trpC, SSO0895 / プラスミド: pet28B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q06121
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.21 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5
詳細: 1.6 M ammonium sulfate, 3% PEG3350, pH 6.5, EVAPORATION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 98 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年10月31日 / 詳細: Varimax HR
放射モノクロメーター: Varimax HR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→51.99 Å / Num. all: 11274 / Num. obs: 10998 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 37.86 Å2 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3.3 % / Num. unique all: 1037 / Rsym value: 0.39 / % possible all: 95.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→51.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 9.845 / SU ML: 0.213 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.498 / ESU R Free: 0.293 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25699 526 4.8 %RANDOM
Rwork0.20035 ---
all0.2031 10396 --
obs0.2031 10396 96.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.488 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.26 Å2-0 Å2
3----0.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→51.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1988 0 11 39 2038
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0222037
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0812.0112749
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5235250
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.06923.97893
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.20615398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3451520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1320.2315
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211495
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0661.51239
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.08322013
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3023798
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.5344.5734
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.568 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.459 39 -
Rwork0.331 691 -
obs-691 91.02 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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