ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 | NB |
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DENZO | | データ削減 | | SCALEPACK | | データスケーリング | | PHENIX | 1.7.3_928精密化 | | PDB_EXTRACT | 3.11 | データ抽出 | | SERGUI | | データ収集 | | HKL-2000 | | データ削減 | | HKL-2000 | | データスケーリング | | PHASER | | 位相決定 | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4EHX 解像度: 2.1912→26.197 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.27 / 位相誤差: 23.46 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.229 | 1121 | 5 % | RANDOM |
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Rwork | 0.1927 | - | - | - |
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all | 0.1946 | 22403 | - | - |
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obs | 0.1946 | 22403 | 92.48 % | - |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.243 Å2 / ksol: 0.345 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso max: 167.85 Å2 / Biso mean: 71.5224 Å2 / Biso min: 24.59 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 8.8616 Å2 | -0 Å2 | -0 Å2 |
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2- | - | -4.3123 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -4.5493 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1912→26.197 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2555 | 0 | 40 | 73 | 2668 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.008 | 2646 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.163 | 3550 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.083 | 383 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.006 | 443 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d13.919 | 1026 | | | | | |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection all | % reflection obs (%) |
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2.1912-2.2909 | 0.2586 | 109 | 0.2325 | 2085 | 2194 | 74 | 2.2909-2.4116 | 0.2784 | 128 | 0.215 | 2413 | 2541 | 85 | 2.4116-2.5626 | 0.26 | 138 | 0.2141 | 2630 | 2768 | 92 | 2.5626-2.7602 | 0.2665 | 142 | 0.2283 | 2691 | 2833 | 95 | 2.7602-3.0376 | 0.278 | 146 | 0.2158 | 2764 | 2910 | 97 | 3.0376-3.4763 | 0.275 | 149 | 0.2005 | 2843 | 2992 | 99 | 3.4763-4.3765 | 0.2284 | 152 | 0.1769 | 2886 | 3038 | 99 | 4.3765-26.1993 | 0.1827 | 157 | 0.1786 | 2970 | 3127 | 98 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 3.6074 | -3.4591 | 2.7013 | 3.5613 | -3.3274 | 4.2341 | 0.1651 | -0.2288 | -0.2649 | -0.8531 | 0.1696 | -0.0278 | 1.4682 | 0.1482 | -0.2682 | 0.8762 | 0.0187 | 0.0532 | 0.3548 | -0.0558 | 0.3676 | -0.7945 | -7.9541 | -27.3315 | 2 | 3.4693 | -0.7273 | 0.3503 | 3.7524 | -0.7408 | 5.7433 | 0.0725 | -0.3706 | -0.235 | 0.2787 | 0.1246 | 0.622 | -0.153 | -0.4228 | -0.1346 | 0.3309 | -0.0589 | 0.1658 | 0.2659 | -0.0253 | 0.427 | -13.1125 | 9.5586 | -10.5014 | 3 | 1.7114 | 0.5385 | 0.6924 | 2.7739 | -0.1446 | 5.2213 | 0.365 | -0.2437 | -0.319 | 0.2699 | -0.013 | -0.2577 | 0.1977 | 0.728 | -0.2917 | 0.2802 | -0.0803 | 0.0296 | 0.4419 | -0.0922 | 0.4236 | 1.0744 | 4.4653 | -6.7973 | 4 | 3.3033 | 0.8369 | -2.5153 | 0.3093 | -0.5527 | 5.3932 | -0.412 | -0.7426 | -0.7656 | -0.0114 | -0.1628 | -0.2517 | 0.7292 | 0.6089 | 0.4768 | 0.713 | -0.1038 | 0.1504 | 0.6163 | 0.0699 | 0.5878 | -6.2702 | 1.4842 | 6.3457 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | chain 'A' and (resseq 5:26)A5 - 26 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | chain 'A' and (resseq 27:130)A27 - 130 | 3 | X-RAY DIFFRACTION | 3 | chain 'A' and (resseq 131:231)A131 - 231 | 4 | X-RAY DIFFRACTION | 4 | chain 'A' and (resseq 232:315)A232 - 315 | | | | | | | | |
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