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- PDB-4itn: Crystal structure of "compact P-loop" LpxK from Aquifex aeolicus ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4itn | ||||||
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Title | Crystal structure of "compact P-loop" LpxK from Aquifex aeolicus in complex with chloride at 2.2 angstrom resolution | ||||||
![]() | Tetraacyldisaccharide 4'-kinase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / membrane protein / kinase / lipid A / P-loop / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / disaccharide-1-phosphate 4'-kinase / membrane / lipid metabolism / tetraacyldisaccharide 4'-kinase | ||||||
Function / homology | ![]() tetraacyldisaccharide 4'-kinase / tetraacyldisaccharide 4'-kinase activity / lipopolysaccharide core region biosynthetic process / lipid A biosynthetic process / phosphorylation / ATP binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Emptage, R.P. / Pemble IV, C.W. / York, J.D. / Raetz, C.R.H. / Zhou, P. | ||||||
![]() | ![]() Title: Mechanistic Characterization of the Tetraacyldisaccharide-1-phosphate 4'-Kinase LpxK Involved in Lipid A Biosynthesis. Authors: Emptage, R.P. / Pemble, C.W. / York, J.D. / Raetz, C.R. / Zhou, P. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 146.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 115.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 450.9 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 460.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 15.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 20.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4itlC ![]() 4itmC ![]() 4ehxS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 36597.730 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: O67572, tetraacyldisaccharide 4'-kinase | ||||||
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#2: Chemical | ChemComp-GOL / #3: Chemical | ChemComp-EPE / | #4: Chemical | ChemComp-CL / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.13 Å3/Da / Density % sol: 60.65 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: HEPES, MPD, NaCl, DDM, Glycerol,methyl-2-acetamido-2-deoxy-B-D-glucopyranoside, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 12, 2011 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.191→50 Å / Num. all: 24198 / Num. obs: 23573 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Χ2: 1.151 / Net I/σ(I): 13.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 4EHX Resolution: 2.1912→26.197 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.27 / Phase error: 23.46 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.86 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.243 Å2 / ksol: 0.345 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 167.85 Å2 / Biso mean: 71.5224 Å2 / Biso min: 24.59 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1912→26.197 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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