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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4itm
タイトルCrystal structure of "apo" form LpxK from Aquifex aeolicus in complex with ATP at 2.2 angstrom resolution
要素Tetraacyldisaccharide 4'-kinase
キーワードTRANSFERASE / membrane protein / kinase / lipid A / P-loop / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / disaccharide-1-phosphate 4'-kinase / membrane / ipid metabolism / tetraacyldisaccharide 4'-kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


tetraacyldisaccharide 4'-kinase / tetraacyldisaccharide 4'-kinase activity / lipopolysaccharide core region biosynthetic process / lipid A biosynthetic process / phosphorylation / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tetraacyldisaccharide 4'-kinase / Tetraacyldisaccharide-1-P 4'-kinase / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Tetraacyldisaccharide 4'-kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1994 Å
データ登録者Emptage, R.P. / Pemble IV, C.W. / York, J.D. / Raetz, C.R.H. / Zhou, P.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Mechanistic Characterization of the Tetraacyldisaccharide-1-phosphate 4'-Kinase LpxK Involved in Lipid A Biosynthesis.
著者: Emptage, R.P. / Pemble, C.W. / York, J.D. / Raetz, C.R. / Zhou, P.
履歴
登録2013年1月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月17日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tetraacyldisaccharide 4'-kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5535
ポリマ－36,5981
非ポリマー9564
水2,504139
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.672, 68.130, 105.851
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Tetraacyldisaccharide 4'-kinase / Lipid A 4'-kinase


分子量: 36597.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 株: VF5 / 遺伝子: lpxK, aq_1656 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O67572, tetraacyldisaccharide 4'-kinase

-
非ポリマー , 5種, 143分子

#2: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: HEPES, MPD, NaCl, DDM, Glycerol, EDTA, ATP, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月5日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.199→50 Å / Num. all: 23700 / Num. obs: 23000 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Χ2: 0.967 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.199-2.243.60.4211380.856198.4
2.24-2.283.80.38211130.889197
2.28-2.323.90.37211680.966199.5
2.32-2.3740.32811310.89197.9
2.37-2.424.10.29811580.932198.7
2.42-2.484.10.25811260.897198.5
2.48-2.544.10.23811570.886197.6
2.54-2.614.10.20911460.954198.2
2.61-2.694.10.18711350.948198.5
2.69-2.774.10.16511530.94197.7
2.77-2.874.10.13811581.001197.4
2.87-2.994.10.10211540.942197.3
2.99-3.124.10.09411431.002197.3
3.12-3.294.10.07711451.131197.3
3.29-3.494.10.06811521.366197.1
3.49-3.764.10.05911421.459196.1
3.76-4.144.10.04311551.093196.7
4.14-4.744.10.03311600.899195.6
4.74-5.974.10.02611680.654194.9
5.97-503.90.0211980.589190.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8_1066精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
SERGUIデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4EHX

4ehx


解像度: 2.1994→24.507 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.22 / 位相誤差: 19.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2104 2017 9.39 %RANDOM
Rwork0.1615 ---
all0.1661 21479 --
obs0.1661 21479 90.85 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 153.84 Å2 / Biso mean: 30.2762 Å2 / Biso min: 6.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1994→24.507 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2582 0 60 139 2781
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072702
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1623639
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07393
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005449
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2221051
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1994-2.25440.27211160.20951240135683
2.2544-2.31530.26421290.19871293142285
2.3153-2.38340.22521480.18841292144087
2.3834-2.46030.25081310.16841314144587
2.4603-2.54810.22611450.17651331147689
2.5481-2.650.23951420.16741381152391
2.65-2.77050.24621330.1681380151391
2.7705-2.91630.23511550.17541417157293
2.9163-3.09870.20321430.16141427157093
3.0987-3.33740.20791560.16311459161596
3.3374-3.67230.2441440.15121474161895
3.6723-4.20130.17831520.13661476162895
4.2013-5.28450.17561640.13691472163695
5.2845-24.50860.19351590.17641506166591
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.54470.00190.27251.0636-0.59561.13020.05280.10360.139-0.0456-0.12030.0997-0.3113-0.01460.00580.19330.0011-0.0040.1320.02110.13512.73032.8257-22.89
23.3043-1.08160.57721.18851.32423.8221-0.0747-0.11170.2960.03980.0966-0.2818-0.18480.2665-0.02910.109-0.0005-0.02060.130.01360.147413.616-8.8667-5.4441
31.14910.0785-0.04751.4136-0.23932.06130.08310.01370.1328-0.0349-0.04940.1359-0.1627-0.2045-0.02090.0876-0.0076-0.00910.10960.00040.1072-0.5345-4.757-12.5519
41.66040.60151.61582.02052.00193.5335-0.1624-0.33610.31740.1044-0.09670.0834-0.2028-0.21280.20340.1944-0.0071-0.01930.2288-0.0060.19036.0836-1.34879.2105
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 50 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 51 through 118 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 119 through 212 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 213 through 315 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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