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- PDB-4it7: Crystal structure of Al-CPI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4it7
タイトルCrystal structure of Al-CPI
要素CPI
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / CPI / cystatin
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / vesicle / extracellular space / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cystatin domain / Cystatin-like domain / Cystatin domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #10 / Cystatin superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Ascaris lumbricoides (かいちゅう)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Mei, G.Q. / Liu, S.L. / Sun, M.Z. / Liu, J.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Structural Basis for the Immunomodulatory Function of Cysteine Protease Inhibitor from Human Roundworm Ascaris lumbricoides.
著者: Mei, G. / Dong, J. / Li, Z. / Liu, S. / Liu, Y. / Sun, M. / Liu, G. / Su, Z. / Liu, J.
履歴
登録2013年1月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月11日Group: Database references
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CPI
B: CPI
C: CPI
D: CPI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1834
ポリマ－48,1834
非ポリマー00
水2,270126
1
A: CPI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0461
ポリマ－12,0461
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: CPI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0461
ポリマ－12,0461
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: CPI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0461
ポリマ－12,0461
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: CPI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0461
ポリマ－12,0461
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.510, 44.499, 44.582
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 89.990, 90.000
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
CPI / cysteine protease inhibitor


分子量: 12045.677 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ascaris lumbricoides (かいちゅう)
遺伝子: cpi / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E9N3T6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M sodium cacodylate trihydrate, 30% w/v polyethylene glycol, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 293K

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データ収集

回折
IDCrystal-ID
11
21
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンSSRF BL17U10.9792
SEALED TUBEOXFORD DIFFRACTION ENHANCE ULTRA21.54056
検出器検出器: CCD
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97921
21.540561
反射解像度: 2.1→44.58 Å / Num. obs: 19288 / % possible obs: 98.8 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→18.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0 / ESU R: 0.323 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2565 988 -
Rwork0.2035 --
obs0.2035 19288 98.83 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 101.86 Å2 / Biso mean: 49.105 Å2 / Biso min: 23.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.2 Å2-0.14 Å2-0.01 Å2
2--2.68 Å20.01 Å2
3----1.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→18.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3220 0 0 126 3346
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.023264
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8021.9494428
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7325424
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg48.49127.188128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.14915596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.867158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1220.2536
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212364
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.322 1433 -
obs--99.86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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