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- PDB-4iri: Auto-inhibited ERG Ets Domain-DNA Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4iri
タイトルAuto-inhibited ERG Ets Domain-DNA Complex
要素
  • DNA (5'-D(*CP*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*TP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*AP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*GP*G)-3')
  • Transcriptional regulator ERG
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / winged Helix-Turn-Helix / Ets domain / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein phosphorylation / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / ribonucleoprotein complex / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin ...sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein phosphorylation / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / ribonucleoprotein complex / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
SAM / Pointed domain / Pointed domain / Sterile alpha motif (SAM)/Pointed domain / Pointed (PNT) domain profile. / Ets-domain signature 1. / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain / Ets-domain profile. ...SAM / Pointed domain / Pointed domain / Sterile alpha motif (SAM)/Pointed domain / Pointed (PNT) domain profile. / Ets-domain signature 1. / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transcriptional regulator ERG
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.77 Å
データ登録者Regan, M.C. / Horanyi, P.S. / Pryor, E.E. / Sarver, J.L. / Cafiso, D.S. / Bushweller, J.H.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / : 2013
タイトル: Structural and dynamic studies of the transcription factor ERG reveal DNA binding is allosterically autoinhibited.
著者: Regan, M.C. / Horanyi, P.S. / Pryor, E.E. / Sarver, J.L. / Cafiso, D.S. / Bushweller, J.H.
履歴
登録2013年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月14日Group: Database references
改定 1.22013年8月28日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator ERG
B: DNA (5'-D(*GP*AP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*GP*G)-3')
C: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*TP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1993
ポリマ-22,1993
非ポリマー00
30617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2950 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area8720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.486, 51.486, 141.313
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-404-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator ERG / Transforming protein ERG


分子量: 14871.719 Da / 分子数: 1 / 断片: Ets Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P11308
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*GP*G)-3')


分子量: 3752.454 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Sense DNA strand
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*TP*C)-3')


分子量: 3574.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Anti-sense DNA strand
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.69 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M ammonium chloride, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年11月3日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.77→34.76 Å / Num. obs: 5250 / % possible obs: 99.13 %
反射 シェル解像度: 2.77→2.85 Å / % possible all: 94.62

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.77→34.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 24.786 / SU ML: 0.225 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.299 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20994 240 4.6 %RANDOM
Rwork0.19055 ---
obs0.19144 5250 99.02 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 61.865 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.12 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.12 Å2-0 Å2
3---0.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.77→34.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数770 485 0 17 1272
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0161334
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.02994
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6361.591901
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.15332294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.166593
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.522340
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.22115136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.091156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2178
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021188
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02332
LS精密化 シェル解像度: 2.77→2.843 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.226 14 -
Rwork0.296 340 -
obs--93.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.34580.8294-0.14222.6828-0.82585.9194-0.1370.1614-0.2117-0.09270.0950.06120.325-0.19580.0420.15710.0044-0.02450.1558-0.00060.293719.60298.4078152.0177
26.74650.82940.82557.37431.87695.9569-0.39350.02510.00850.73910.1286-0.93340.6482-0.11950.2650.24310.05890.00170.2499-0.02980.210125.30116.1491166.2236
33.3150.09871.346110.445-0.20744.74540.0334-0.11840.36271.0585-0.1791-0.25320.3969-0.00940.14580.15350.0182-0.02980.2060.02140.288225.37617.6332166.8601
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A292 - 385
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 12
3X-RAY DIFFRACTION3C13 - 24

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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