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- PDB-4ir7: Crystal Structure of Mtb FadD10 in Complex with Dodecanoyl-AMP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ir7
タイトルCrystal Structure of Mtb FadD10 in Complex with Dodecanoyl-AMP
要素Long chain fatty acid CoA ligase FadD10
キーワードTRANSFERASE / open conformation / Structural Genomics / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性ANL, C-terminal domain / ANL, N-terminal domain / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Chem-1ZZ / :
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Liu, Z. / Wang, F. / Sacchettini, J.C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Structures of Mycobacterium tuberculosis FadD10 protein reveal a new type of adenylate-forming enzyme.
著者: Liu, Z. / Ioerger, T.R. / Wang, F. / Sacchettini, J.C.
履歴
登録2013年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月20日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Long chain fatty acid CoA ligase FadD10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,2813
ポリマ－56,7271
非ポリマー5542
水57632
1
A: Long chain fatty acid CoA ligase FadD10
ヘテロ分子

A: Long chain fatty acid CoA ligase FadD10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,5636
ポリマ－113,4552
非ポリマー1,1084
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+2/31
Buried area3710 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area39780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.212, 138.212, 82.582
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Long chain fatty acid CoA ligase FadD10


分子量: 56727.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: Rv0099 / プラスミド: pDEST17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) plys / 参照: UniProt: I6WXG2, fatty-acyl-CoA synthase system
#2: 化合物 ChemComp-1ZZ / 5'-O-[(S)-(dodecanoyloxy)(hydroxy)phosphoryl]adenosine


分子量: 529.524 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H36N5O8P
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.36 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 6000, LiSO4, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: Cu FINE FOCUS / 波長: 1.542 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年10月1日
放射モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 24707 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Χ2: 1.603 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.75-2.897.20.8933581.3161100
2.89-3.077.20.55834141.3871100
3.07-3.317.20.29934001.3911100
3.31-3.647.20.17334121.4371100
3.64-4.177.20.11334211.4671100
4017-50257.20.07634521.5291100
5.25-506.90.04235291.705198.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CrystalClearデータ収集
HKL-2000データ削減
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→39.034 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7788 / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2795 1147 5.07 %Random
Rwork0.2261 ---
obs0.2286 22632 99.7 %-
all-22632 --
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 32.369 Å2 / ksol: 0.327 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 141.69 Å2 / Biso mean: 63.6413 Å2 / Biso min: 28.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.8617 Å20 Å20 Å2
2--2.8617 Å2-0 Å2
3----5.7234 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→39.034 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3733 0 37 32 3802
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023835
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6045232
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04626
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003675
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.6661376
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8-2.92740.36411300.331426632793100
2.9274-3.08170.3641560.313126572813100
3.0817-3.27470.34921520.299826392791100
3.2747-3.52740.36751480.27226522800100
3.5274-3.88210.29161480.233326812829100
3.8821-4.44310.24131510.179926882839100
4.4431-5.59520.19681310.179227272858100
5.5952-39.03750.25861310.21042778290998

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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