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- PDB-4ip7: Structure of the S12D variant of human liver pyruvate kinase in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ip7
タイトルStructure of the S12D variant of human liver pyruvate kinase in complex with citrate and FBP.
要素Pyruvate kinase isozymes L
キーワードTRANSFERASE / kinase / glycolysis / allosteric / phosphorylation mimic / liver
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate kinase complex / pyruvate biosynthetic process / SARS-CoV-1-host interactions / ChREBP activates metabolic gene expression / pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / Pyruvate metabolism / response to metal ion / monosaccharide binding / Glycolysis ...pyruvate kinase complex / pyruvate biosynthetic process / SARS-CoV-1-host interactions / ChREBP activates metabolic gene expression / pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / Pyruvate metabolism / response to metal ion / monosaccharide binding / Glycolysis / response to ATP / Regulation of gene expression in beta cells / potassium ion binding / response to glucose / response to cAMP / cellular response to epinephrine stimulus / response to nutrient / glycolytic process / cellular response to insulin stimulus / kinase activity / response to hypoxia / magnesium ion binding / extracellular exosome / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PK beta-barrel domain-like / M1 Pyruvate Kinase; Domain 3 / Pyruvate kinase, C-terminal domain / Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1 / Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain ...PK beta-barrel domain-like / M1 Pyruvate Kinase; Domain 3 / Pyruvate kinase, C-terminal domain / Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1 / Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain / Pyruvate kinase, C-terminal / Pyruvate kinase, C-terminal domain superfamily / Pyruvate kinase, alpha/beta domain / Pyruvate kinase-like, insert domain superfamily / Phosphoenolpyruvate-binding domains / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Beta Barrel / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / CITRATE ANION / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Pyruvate kinase PKLR
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Holyoak, T. / Fenton, A.W.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Energetic Coupling between an Oxidizable Cysteine and the Phosphorylatable N-Terminus of Human Liver Pyruvate Kinase.
著者: Holyoak, T. / Zhang, B. / Deng, J. / Tang, Q. / Prasannan, C.B. / Fenton, A.W.
履歴
登録2013年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月6日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyruvate kinase isozymes L
B: Pyruvate kinase isozymes L
C: Pyruvate kinase isozymes L
D: Pyruvate kinase isozymes L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)238,31234
ポリマ－234,3694
非ポリマー3,94330
水23,8521324
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25420 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area71520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.140, 205.078, 83.910
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.150, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD

#1: タンパク質
Pyruvate kinase isozymes L / Pyruvate kinase 1 / L-type pyruvate kinase / liver pyruvate kinase


分子量: 58592.176 Da / 分子数: 4 / 断片: liver isozyme / 変異: S12D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PK1, PKL, PKLR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): FF50 / 参照: UniProt: P30613, pyruvate kinase
#4: 糖
ChemComp-FBP / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / BETA-FRUCTOSE-1,6-DIPHOSPHATE / FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-fructose / β-D-フルクトフラノ-ス1,6-ビスりん酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 340.116 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H14O12P2
識別子タイププログラム
b-D-Fruf1PO36PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 8種, 1350分子

#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物
ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#9: 化合物 ChemComp-ADN / ADENOSINE / アデノシン


分子量: 267.241 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O4
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1324 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.67 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.9
詳細: 50 mM sodium citrate (pH 4.9), 26 mM MnCl2, 3-5% PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月12日
詳細: Flat mirror (vertical focusing); single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
放射モノクロメーター: Side scattering bent cube-root I-beam single crystal; asymmetric cut 4.965 degs
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 237180 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Χ2: 1.029 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.8-1.863.70.698226280.948193.3
1.86-1.944.10.657239881.127199.2
1.94-2.034.30.383239681.046199.3
2.03-2.134.30.26239781.08198.9
2.13-2.274.20.228237941.024198.1
2.27-2.444.30.13235950.994197.3
2.44-2.694.30.097232861.041196
2.69-3.084.30.072235430.986197.1
3.08-3.884.50.058241381.068199.3
3.88-504.90.036242620.974199.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VGB

2vgb


解像度: 1.8→37.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / WRfactor Rfree: 0.2365 / WRfactor Rwork: 0.1949 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.15 / FOM work R set: 0.8214 / SU B: 5.671 / SU ML: 0.092 / SU R Cruickshank DPI: 0.1145 / SU Rfree: 0.1153 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2261 11896 5 %RANDOM
Rwork0.1873 ---
obs0.1892 236781 97.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 213.31 Å2 / Biso mean: 41.9854 Å2 / Biso min: 16.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20.04 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→37.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15291 0 226 1324 16841
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.01916097
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.221.98321874
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.41552103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg3423.015680
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.167152748
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.78315163
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1710.22543
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.02112045
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 778 -
Rwork0.332 15133 -
all-15911 -
obs--89.42 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0562-1.4138-0.22964.96992.10352.1191-0.0804-0.009-0.17680.2705-0.12610.36370.1791-0.25130.20650.0339-0.01160.04990.0762-0.01060.081144.232-32.7115.716
219.2239-2.1238-7.27593.92162.2626.6628-0.3719-1.70230.08330.09020.4084-0.02620.34270.9976-0.03650.0470.09810.05590.5322-0.00330.143980.083-24.16618.496
31.14060.44820.12762.20531.23992.5886-0.11910.1149-0.0724-0.15630.0443-0.0772-0.11920.14020.07480.0258-0.01230.01810.0676-0.00390.030352.438-24.4199.636
45.1931-2.46851.87652.2396-0.53733.1073-0.0563-0.0898-0.248-0.13520.08260.20690.0859-0.1308-0.02630.0444-0.02030.00910.0893-0.02970.062330.422-30.959-0.777
54.9992.47551.57362.10480.6281.4372-0.07370.3255-0.101-0.1480.1524-0.2176-0.0095-0.0622-0.07870.0663-0.0250.01960.11290.01630.04128.2352.935-21.322
611.4445-0.0401-1.638311.63920.69753.12020.1205-0.68271.80890.443-0.09450.9931-0.3849-0.5944-0.0260.24680.14080.08870.641-0.1430.6665-10.66327.762-5.317
71.77091.26490.20822.07730.24571.53510.1538-0.1587-0.09470.1369-0.0281-0.04020.0661-0.242-0.12570.0349-0.0197-0.00140.10730.03370.02036.6955.409-9.917
84.4161-1.80761.55373.2552-1.97251.79680.04230.256-0.1153-0.3068-0.06320.00760.10920.0980.02090.0528-0.02920.01540.10250.00720.073816.115-17.673-14.069
90.9320.31891.19241.43862.4176.0252-0.1658-0.03250.1164-0.21850.1579-0.1618-0.49190.31910.00790.0581-0.0045-0.00010.1389-0.01850.063457.802-0.47631.616
109.1945-1.2233-5.14868.04550.864814.6168-1.1031-1.28-0.86510.85870.09580.19112.05640.90821.00720.72120.22510.34290.61320.19940.191240.901-27.83350.07
111.39550.17780.14142.26421.48542.0628-0.202-0.26490.1024-0.001-0.08860.213-0.2467-0.1960.29060.08420.0739-0.04610.1433-0.04550.045945.476-5.26533.227
121.3725-1.31910.81653.1868-1.18384.7139-0.00350.05490.2031-0.00640.0347-0.1855-0.13610.298-0.03120.16570.0337-0.02980.1193-0.05040.061850.21217.94924.602
131.49872.1292-0.28335.8387-1.6361.08170.2027-0.27730.18750.4352-0.16870.2037-0.139-0.0279-0.0340.087-0.01450.04610.1057-0.02540.076822.87132.702-4.15
1414.90778.08384.86555.86341.44637.5945-1.18034.0047-0.2553-0.92111.5908-0.17-0.53480.356-0.41050.5052-0.17240.21451.6973-0.00440.107825.01224.278-42.496
151.9481.01560.09972.40620.3110.82910.03440.0726-0.1076-0.15960.0512-0.3624-0.07140.0815-0.08560.0652-0.01620.05530.0645-0.01230.073130.32125.115-14.559
162.3234-0.06911.30233.0196-2.52974.5931-0.0526-0.18870.14590.37480.1-0.0874-0.257-0.1162-0.04750.1109-0.0222-0.01590.1159-0.00580.092538.26931.1369.203
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A26 - 130
2X-RAY DIFFRACTION2A131 - 228
3X-RAY DIFFRACTION3A232 - 411
4X-RAY DIFFRACTION4A412 - 543
5X-RAY DIFFRACTION5B25 - 146
6X-RAY DIFFRACTION6B147 - 234
7X-RAY DIFFRACTION7B235 - 411
8X-RAY DIFFRACTION8B412 - 543
9X-RAY DIFFRACTION9C26 - 128
10X-RAY DIFFRACTION10C129 - 234
11X-RAY DIFFRACTION11C235 - 411
12X-RAY DIFFRACTION12C412 - 543
13X-RAY DIFFRACTION13D21 - 125
14X-RAY DIFFRACTION14D126 - 219
15X-RAY DIFFRACTION15D220 - 411
16X-RAY DIFFRACTION16D412 - 543

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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