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- PDB-4iox: The structure of the herpes simplex virus DNA-packaging motor pUL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4iox
タイトルThe structure of the herpes simplex virus DNA-packaging motor pUL15 C-terminal nuclease domain provides insights into cleavage of concatemeric viral genome precursors
要素
  • Tripartite terminase subunit UL15
  • peptide
キーワードVIRAL PROTEIN / nuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


chromosome organization / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / host cell nucleus / DNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA-packaging terminase, C-terminal nuclease domain / Probable DNA packing protein, C-terminal / Probable DNA packing protein, N-terminal / Tripartite terminase subunit 3 / Probable DNA packing protein, C-terminal domain superfamily / Probable DNA packing protein, C-terminus / Probable DNA packing protein, N-terminus / Nucleotidyltransferase; domain 5 / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Tripartite terminase subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.458 Å
データ登録者Selvarajan Sigamani, S. / Zhao, H. / Kamau, Y. / Tang, L.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2013
タイトル: The Structure of the Herpes Simplex Virus DNA-Packaging Terminase pUL15 Nuclease Domain Suggests an Evolutionary Lineage among Eukaryotic and Prokaryotic Viruses.
著者: Selvarajan Sigamani, S. / Zhao, H. / Kamau, Y.N. / Baines, J.D. / Tang, L.
履歴
登録2013年1月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月19日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tripartite terminase subunit UL15
B: Tripartite terminase subunit UL15
C: Tripartite terminase subunit UL15
D: peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,7958
ポリマ－93,2854
非ポリマー5104
水82946
1
A: Tripartite terminase subunit UL15
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4285
ポリマ－30,9191
非ポリマー5104
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Tripartite terminase subunit UL15


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9191
ポリマ－30,9191
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Tripartite terminase subunit UL15


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9191
ポリマ－30,9191
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: peptide


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 529 Da, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5291
ポリマ－5291
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.944, 96.944, 194.034
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Tripartite terminase subunit UL15 / DNA-packaging protein UL15 / Terminase large subunit


分子量: 30918.906 Da / 分子数: 3 / 断片: C-terminal domain (UNP residues 471-735) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
遺伝子: UL15 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: P04295
#2: タンパク質・ペプチド peptide


分子量: 528.644 Da / 分子数: 1 / 断片: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)

-
非ポリマー , 5種, 50分子

#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細CHAIN D MAY CORRESPOND TO A SUBSET OF UNOBSERVED CHAIN C RESIDUES 689-704.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 1 M ammonium citrate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97945 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月30日 / 詳細: Rh coated flat mirror
放射モノクロメーター: Side scattering bent cube-root I-beam single crystal, asymmetric cut 4.965 degrees
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.458→50 Å / Num. all: 34540 / Num. obs: 34365 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.2 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 42.92
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allDiffraction-ID% possible all
2.458-2.59.10.482.616351100
2.5-2.559.80.473.21640198.1
2.55-2.610.70.4241662199.4
2.6-2.6512.30.365.71709199.9
2.65-2.7112.70.346.917091100
2.71-2.7713.20.288.416781100
2.77-2.8413.20.2510.117111100
2.84-2.9213.10.2212.216891100
2.92-312.90.1914.517121100
3-3.112.30.1618.417031100
3.1-3.2112.10.1421.617191100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3N4P

3n4p


解像度: 2.458→19.799 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2468 1718 5.01 %RANDOM
Rwork0.2028 ---
obs0.205 34293 99.54 %-
all-34593 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 55.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.458→19.799 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5092 0 34 46 5172
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015243
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.357126
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9121853
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.092826
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008913
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.458-2.52980.30661350.25762560X-RAY DIFFRACTION95
2.5298-2.61130.31361400.23062660X-RAY DIFFRACTION99
2.6113-2.70440.2551410.21792670X-RAY DIFFRACTION100
2.7044-2.81240.26981410.22272677X-RAY DIFFRACTION100
2.8124-2.940.27511430.22982706X-RAY DIFFRACTION100
2.94-3.09440.31511410.23482675X-RAY DIFFRACTION100
3.0944-3.28750.30091410.23642703X-RAY DIFFRACTION100
3.2875-3.540.27061440.2052703X-RAY DIFFRACTION100
3.54-3.89380.25261450.18872751X-RAY DIFFRACTION100
3.8938-4.45170.20261430.16752737X-RAY DIFFRACTION100
4.4517-5.58760.23141480.182795X-RAY DIFFRACTION100
5.5876-19.79920.21711560.21472938X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 56.6268 Å / Origin y: 36.7358 Å / Origin z: 11.8879 Å
111213212223313233
T0.3639 Å2-0.0166 Å2-0.0491 Å2-0.297 Å20.0416 Å2--0.4978 Å2
L0.5702 °2-0.1437 °2-0.056 °2-0.4471 °20.253 °2--0.5053 °2
S0.0107 Å °-0.0214 Å °-0.1035 Å °0.1706 Å °0.0011 Å °-0.0697 Å °0.1718 Å °0.0138 Å °-0.0079 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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