PDB-4iod: Preliminary structural investigations of a malarial protein secre...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4iod

タイトル

Preliminary structural investigations of a malarial protein secretion system.

要素

Malarial CLP B2 atpase/HSP101 protein

キーワード

CHAPERONE / MALARIA / AAA+ ATPASE ClpB CHAPERONE / N-TERMINAL CARGO-BINDING DOMAIN / PROTEIN TRANSLOCATION AND UNFOLDING / PARASITOPHOROUS VACUOLE

機能・相同性

機能・相同性情報

PTEX complex / apical complex / symbiont-containing vacuole / translocation of peptides or proteins into host cell cytoplasm / symbiont-containing vacuole membrane / response to unfolded protein / cellular response to heat / response to heat / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Egea, P.F.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2015
タイトル: Structural mapping of the ClpB ATPases of Plasmodium falciparum: Targeting protein folding and secretion for antimalarial drug design.
著者: AhYoung, A.P. / Koehl, A. / Cascio, D. / Egea, P.F.

履歴

登録	2013年1月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年4月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年7月29日	Group: Database references
改定 1.2	2015年12月16日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4iod.cif.gz	193.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4iod.ent.gz	155.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4iod.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/io/4iod ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/io/4iod	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4irfC 4xbiC 1khyS 1qvrS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3qzm-1 3wv0-1 5fh7-1 5fh7-2 4prq-2 1ncl-d 2mxa-d 4iwb-2 4q0n-1 1elr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (4) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (4) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Malarial CLP B2 atpase/HSP101 protein

A: Malarial CLP B2 atpase/HSP101 protein

C: Malarial CLP B2 atpase/HSP101 protein

ヘテロ分子

52.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Malarial CLP B2 atpase/HSP101 protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
17.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Malarial CLP B2 atpase/HSP101 protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
17.4 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Malarial CLP B2 atpase/HSP101 protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
17.4 kDa, 1 ポリマー
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4

B: Malarial CLP B2 atpase/HSP101 protein

A: Malarial CLP B2 atpase/HSP101 protein

ヘテロ分子

B: Malarial CLP B2 atpase/HSP101 protein

A: Malarial CLP B2 atpase/HSP101 protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
69.7 kDa, 4 ポリマー
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5

C: Malarial CLP B2 atpase/HSP101 protein

ヘテロ分子

C: Malarial CLP B2 atpase/HSP101 protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
34.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.180, 141.010, 91.400
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-336- HOH

#1: タンパク質	Malarial CLP B2 atpase/HSP101 protein 分子量: 17333.771 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 株: 3D7 / 遺伝子: PF11_0175, PF3D7_1116800 / プラスミド: pCDF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43(DE3) / 参照: UniProt: Q8IIJ8
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 371 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.48 %
結晶化	温度: 273 K / pH: 5.5 詳細: 2.2M AMMONIUM SULFATE, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月6日
放射	モノクロメーター: CRYOGENICALLY-COOLED SINGLE CRYSTAL SI(220) SIDE BOUNCE MONOCHROMATOR. プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→45 Å / Num. obs: 53488 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 9.9 % / B_iso Wilson estimate: 22 Å² / R_sym value: 0.071 / Net I/σ(I): 21.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CONSOLE		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1KHY AND 1QVR

1khy

1qvr

解像度: 1.8→44.59 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 19.24 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.212	5334	9.97 %
R_work	0.17	-	-
obs	0.175	53476	99.7 %
all	-	53488	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 34.28 Å² / k_sol: 0.37 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.1112 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.3591 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.2479 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→44.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3407	0	15	371	3793

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	3585
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.231	4877
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.95	1374
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	576
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	628

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.8205	0.2804	156	0.2271	1489	X-RAY DIFFRACTION	93
1.8205-1.8419	0.3034	164	0.2096	1582	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8419-1.8643	0.2719	174	0.2	1615	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8643-1.8879	0.2972	188	0.1928	1573	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8879-1.9128	0.2799	194	0.1876	1574	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9128-1.939	0.2595	166	0.1752	1618	X-RAY DIFFRACTION	100
1.939-1.9667	0.2448	169	0.1653	1582	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9667-1.996	0.2255	183	0.1571	1594	X-RAY DIFFRACTION	100
1.996-2.0272	0.2196	177	0.1579	1612	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0272-2.0605	0.2271	174	0.1541	1570	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0605-2.096	0.2122	180	0.1535	1603	X-RAY DIFFRACTION	100
2.096-2.1341	0.2154	179	0.1504	1601	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1341-2.1751	0.2006	169	0.1542	1577	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1751-2.2195	0.2139	177	0.147	1585	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2195-2.2678	0.1917	183	0.1421	1588	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2678-2.3206	0.2015	178	0.1437	1633	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3206-2.3786	0.2198	171	0.1452	1589	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3786-2.4429	0.2043	177	0.1555	1610	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4429-2.5148	0.2178	182	0.1574	1604	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5148-2.5959	0.2053	179	0.1681	1591	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5959-2.6887	0.2135	177	0.1632	1632	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6887-2.7963	0.211	179	0.1694	1604	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7963-2.9236	0.2426	177	0.1724	1595	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9236-3.0777	0.2362	185	0.1953	1628	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0777-3.2705	0.2163	179	0.197	1615	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2705-3.5229	0.2216	179	0.1775	1630	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5229-3.8772	0.1959	178	0.1651	1637	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8772-4.4378	0.1548	188	0.1481	1635	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4378-5.5895	0.1929	186	0.165	1660	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5895-44.6037	0.2029	186	0.2162	1716	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2343	-0.193	0.1694	0.5892	-0.5685	0.8432	-0.068	-0.0392	-0.055	0.0862	0.0708	0.0623	-0.1009	-0.058	-0.0165	0.0806	0.024	0.0037	0.0544	0.0173	0.0609	-29.2135	-15.2487	24.8367
2	0.559	0.3641	-0.1622	0.3469	-0.3046	0.6563	0.0456	-0.0578	0.0297	0.0647	-0.048	0.0466	-0.0741	0.0848	-0.0118	0.1088	-0.0177	0.0298	0.0957	-0.0064	0.1027	-29.8926	16.5017	8.5833
3	0.7484	-0.0191	-0.7098	0.3347	-0.0631	0.7714	-0.0315	-0.0695	-0.0179	0.0531	-0.0627	-0.084	0.0853	0.0477	-0.0429	0.0886	-0.0121	0.014	0.1169	-0.0124	0.1319	-0.8357	31.2842	-6.2022

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A	A	10 - 422
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B	B	10 - 447
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C	C	11 - 402

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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