PDB-4io5: Crystal Structure of the AvGluR1 ligand binding domain complex wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4io5

タイトル

Crystal Structure of the AvGluR1 ligand binding domain complex with alanine at 1.72 Angstrom resolution

要素

AvGluR1 ligand binding domain

キーワード

MEMBRANE PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

ligand-gated monoatomic ion channel activity / G protein-coupled receptor activity / postsynaptic membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Adineta vaga (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.721 Å

データ登録者

Lomash, S. / Chittori, S. / Mayer, M.L.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Anions Mediate Ligand Binding in Adineta vaga Glutamate Receptor Ion Channels.
著者: Lomash, S. / Chittori, S. / Brown, P. / Mayer, M.L.

履歴

登録	2013年1月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年2月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年3月20日	Group: Database references
改定 1.2	2017年8月9日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年11月27日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4io5.cif.gz	296.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4io5.ent.gz	245.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4io5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4io5_validation.pdf.gz	450.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4io5_full_validation.pdf.gz	453.1 KB	表示
XML形式データ	4io5_validation.xml.gz	25.3 KB	表示
CIF形式データ	4io5_validation.cif.gz	38.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/io/4io5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/io/4io5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4io2SC 4io3C 4io4C 4io6C 4io7C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4io6-d 4io3-d 4io2-d 4ykk-d 4bdn-2 4io4-d 4ykp-d 5cmb-d 4x48-1 1mki-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (5) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: AvGluR1 ligand binding domain

B: AvGluR1 ligand binding domain

ヘテロ分子

55.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.428, 100.691, 56.655
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 116.44, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	AvGluR1 ligand binding domain 分子量: 27492.455 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 457-567; 680-812 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Adineta vaga (無脊椎動物) / プラスミド: pet22B modified / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami B(DE3) / 参照: UniProt: E9P5T5
#2: 化合物	ChemComp-ALA / ALANINE / アラニンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇NO₂
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 564 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.22 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 17.5% PEG 3350, 0.1 M NaCitrate, 0.1 M BisTris Propane, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月11日
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.72→40 Å / Num. all: 58814 / Num. obs: 58814 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 20.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 23.1
反射シェル	解像度: 1.72→1.75 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: dev_1039)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 4IO2

4io2

解像度: 1.721→29.51 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.01 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1948	1840	3.16 %	Random
R_work	0.1585	-	-	-
obs	0.1597	58199	98.82 %	-
all	-	58199	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.721→29.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3774	0	18	564	4356

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	3968
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.275	5389
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.683	1483
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	627
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	693

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7209-1.7675	0.2675	111	0.2127	4179	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7675-1.8195	0.2253	153	0.2034	4245	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8195-1.8782	0.2395	143	0.1926	4319	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8782-1.9453	0.2032	143	0.1815	4306	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9453-2.0232	0.2289	140	0.1772	4337	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0232-2.1152	0.1985	138	0.1555	4317	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1152-2.2267	0.1802	144	0.1503	4330	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2267-2.3662	0.2123	130	0.148	4371	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3662-2.5488	0.1835	142	0.1539	4349	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5488-2.8051	0.1919	140	0.1622	4380	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8051-3.2105	0.2127	155	0.1622	4366	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2105-4.0433	0.1933	143	0.1437	4418	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0433-29.5145	0.1631	158	0.1485	4442	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0251	0.0098	0.0088	0.0189	0.0166	0.0126	0.0273	0.0471	-0.032	-0.0599	0.0214	0.0161	0.0092	-0.0297	0.0611	0.0764	-0.0781	-0.1249	0.0617	-0.0724	-0.0877	-4.7379	38.1501	-17.8385
2	0.2108	-0.022	-0.0359	0.1469	-0.0236	0.2917	0.1313	-0.029	0.1317	-0.0673	0.1115	-0.1507	-0.1317	0.0958	0.2499	0.0702	-0.0385	0.0296	0.0806	-0.0649	0.1332	4.8579	52.8472	-5.3465
3	0.2211	-0.0405	-0.0719	0.1467	0.0188	0.3149	0.2087	-0.0205	0.1826	-0.0386	0.0991	-0.0229	-0.1123	0.0668	0.3805	0.0401	-0.0176	0.1446	0.0978	-0.0581	0.1275	6.8358	53.2384	-8.3596
4	0.0063	-0.0126	-0.008	0.0366	0.0256	0.0175	0.0261	-0.0036	0.0022	-0.04	0.043	-0.0599	-0.0131	0.0627	0.0337	0.0753	-0.0019	0.0131	0.0809	-0.0157	0.0655	8.365	33.2023	-10.4534
5	0.024	0.0018	-0.0116	0.0526	0.0012	0.0066	0.0237	-0.0059	0.0225	0.0412	-0.0118	0.0499	-0.0017	-0.007	0.0172	0.1387	0.0628	-0.0341	0.1428	-0.0282	0.0599	-1.7285	37.4066	20.7955
6	0.0489	0.0015	-0.0176	0.1263	-0.0229	0.0814	0.0001	-0.0937	-0.0091	0.1437	0.0412	-0.0586	-0.0176	0.0197	0.0712	0.0943	0.0256	-0.0023	0.0925	-0.0092	0.0563	2.5375	32.8774	15.8484
7	0.0347	-0.0152	-0.0072	0.0191	0.0012	0.0457	-0.0764	-0.0818	-0.0783	0.0106	-0.0323	-0.079	0.0173	0.0384	-0.0718	0.0939	0.0449	-0.0141	0.1136	-0.0085	0.1367	16.3878	20.6686	10.1149
8	0.0041	-0.002	-0.0069	0.0498	0.0048	0.0298	0.012	0.0004	-0.0014	0.0587	0.0388	-0.0504	-0.0272	0.0343	0.0599	0.0621	0.0098	-0.0104	0.0824	-0.0185	0.0615	3.5548	42.3434	11.648

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:64)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 65:133)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 134:222)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 223:248)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 1:25)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 26:117)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 118:203)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 204:248)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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