PDB-4io4: Crystal Structure of the AvGluR1 ligand binding domain complex wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4io4

タイトル

Crystal Structure of the AvGluR1 ligand binding domain complex with serine at 1.94 Angstrom resolution

要素

AvGluR1 ligand binding domain

キーワード

MEMBRANE PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

ligand-gated monoatomic ion channel activity / G protein-coupled receptor activity / postsynaptic membrane / cell surface receptor signaling pathway
類似検索 - 分子機能

生物種

Adineta vaga (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.941 Å

データ登録者

Lomash, S. / Chittori, S. / Mayer, M.L.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Anions Mediate Ligand Binding in Adineta vaga Glutamate Receptor Ion Channels.
著者: Lomash, S. / Chittori, S. / Brown, P. / Mayer, M.L.

履歴

登録	2013年1月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年2月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年3月20日	Group: Database references
改定 1.2	2017年8月9日	Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4io4.cif.gz	302.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4io4.ent.gz	252.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4io4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4io4_validation.pdf.gz	464 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4io4_full_validation.pdf.gz	467.1 KB	表示
XML形式データ	4io4_validation.xml.gz	22 KB	表示
CIF形式データ	4io4_validation.cif.gz	32.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/io/4io4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/io/4io4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4io2SC 4io3C 4io5C 4io6C 4io7C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4io7-d 4io6-d 4io2-d 4jrq-2 4js5-2 4io3-d 4js4-2 3a23-1 1mk2-1 4js5-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (5) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: AvGluR1 ligand binding domain

B: AvGluR1 ligand binding domain

ヘテロ分子

55.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.357, 100.279, 59.890
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 117.36, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	AvGluR1 ligand binding domain 分子量: 27492.455 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 457-567; 680-812 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Adineta vaga (無脊椎動物) / プラスミド: pet22B modified / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami B(DE3) / 参照: UniProt: E9P5T5
#2: 化合物	ChemComp-SER / SERINE / セリンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 105.093 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇NO₃
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE PROTEIN CRYSTALLIZED IS THE EXTRACELLULAR LIGAND BINDING DOMAIN OF AvGluR1. TRANSMEMBRANE ...THE PROTEIN CRYSTALLIZED IS THE EXTRACELLULAR LIGAND BINDING DOMAIN OF AvGluR1. TRANSMEMBRANE REGIONS WERE GENETICALLY REMOVED AND REPLACED WITH A GLY-THR LINKER THEREFORE, THE SEQUENCE MATCHES DISCONTINUOUSLY WITH THE REFERENCE DATABASE (457-567 AND 680-812)

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.19 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 20% PEG 3350, 0.1 M NaCitrate, 0.1 M BisTris Propane, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月23日
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.94→40 Å / Num. all: 43189 / Num. obs: 43189 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 29.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 27.4
反射シェル	解像度: 1.94→1.97 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4Io2

4io2

解像度: 1.941→35.062 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.41 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1833	2154	5.05 %	Random
R_work	0.1448	-	-	-
obs	0.1468	42665	99.58 %	-
all	-	42665	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.941→35.062 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3799	0	33	262	4094

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	4089
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.299	5564
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.53	1548
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	643
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	721

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9414-1.9865	0.2337	123	0.1913	2531	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9865-2.0362	0.2306	131	0.1844	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0362-2.0912	0.2476	129	0.1765	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0912-2.1528	0.2217	125	0.1572	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1528-2.2222	0.1851	143	0.1492	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2222-2.3017	0.1943	145	0.143	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3017-2.3938	0.1898	160	0.1471	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3938-2.5027	0.2033	148	0.1532	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5027-2.6346	0.2037	148	0.1429	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6346-2.7996	0.1934	161	0.151	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7996-3.0157	0.2015	148	0.1611	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0157-3.3189	0.1829	141	0.1496	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3189-3.7987	0.1759	177	0.1373	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7987-4.784	0.1443	129	0.1134	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
4.784-35.0675	0.1713	146	0.1512	2771	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.8777	-0.6894	-0.9443	2.5273	-2.2473	2.6932	0.0649	0.1317	-0.1475	-0.4074	0.0513	0.0334	0.0564	-0.0014	-0.1025	0.2768	-0.0307	0.0443	0.213	-0.0074	0.1501	3.9682	31.0094	-20.6422
2	2.0361	1.217	-0.0153	2.3	0.1077	1.1023	-0.0298	0.2184	0.035	-0.1876	0.179	0.0624	-0.0461	0.018	-0.1461	0.2042	0.009	0.0051	0.1707	0.0438	0.1802	0.7211	27.2536	-11.6915
3	2.7602	0.0497	0.803	3.6639	-0.103	2.2218	0.0212	0.0407	-0.175	0.0296	0.073	0.3249	0.1155	-0.2432	-0.0905	0.1798	-0.0519	-0.0036	0.2285	0.0589	0.318	-11.8615	12.6167	-8.0856
4	1.5183	0.7292	0.949	3.9332	0.5327	3.3417	-0.0396	-0.1618	0.178	-0.0621	0.0698	0.0755	-0.1996	-0.228	0.0057	0.1742	0.0037	0.0433	0.1589	0.0496	0.1862	-2.2874	35.9842	-8.214
5	2.6221	0.8359	0.2378	2.9838	-0.5081	2.6835	0.0897	-0.4208	-0.0676	0.1924	0.0574	-0.24	0.2178	0.153	-0.1059	0.2884	0.0693	-0.0198	0.3683	0.0737	0.1531	0.6318	32.2306	22.5094
6	3.3841	-0.7961	0.5037	2.1636	-0.2155	1.5067	-0.0131	-0.3261	0.0164	0.1275	0.1011	0.0403	0.0768	0.0402	-0.0817	0.203	0.0279	0.0177	0.175	0.0195	0.1666	-0.9807	40.2993	12.8478
7	4.5232	-2.6102	0.2584	4.6872	0.0337	1.032	0.0395	-0.1321	0.3334	0.0156	0.005	0.2228	-0.0798	-0.1554	-0.0562	0.216	0.0138	0.0114	0.2146	-0.0132	0.2161	-12.41	48.4165	9.8326
8	3.1994	-1.4071	-2.7295	2.505	1.3511	2.8599	-0.1448	0.136	-0.2484	0.1867	0.0651	0.4291	0.3231	-0.3961	0.1129	0.2759	-0.0034	0.0311	0.3002	0.1293	0.3107	-8.4235	26.3818	13.0306

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:33)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 34:117)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 118:203)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 204:248)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 1:49)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 50:116)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 117:219)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 220:248)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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