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- PDB-4io0: Crystal structure of F128A mutant of an epoxide hydrolase from Ba... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4io0
タイトルCrystal structure of F128A mutant of an epoxide hydrolase from Bacillus megaterium complexed with its product (R)-3-[1]naphthyloxy-propane-1,2-diol
要素Soluble epoxide hydrolase
キーワードHYDROLASE / a/b hydrolase fold / epoxide hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


pyrimidine-5'-nucleotide nucleosidase / pyrimidine-5'-nucleotide nucleosidase activity
類似検索 - 分子機能
Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R)-3-(naphthalen-1-yloxy)propane-1,2-diol / Soluble epoxide hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus megaterium (バクテリア)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Kong, X.D. / Zhou, J.H. / Xu, J.H.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Engineering of an epoxide hydrolase for efficient bioresolution of bulky pharmaco substrates.
著者: Kong, X.D. / Yuan, S. / Li, L. / Chen, S. / Xu, J.H. / Zhou, J.H.
履歴
登録2013年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月19日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Soluble epoxide hydrolase
B: Soluble epoxide hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,0506
ポリマ－70,4212
非ポリマー6294
水1,802100
1
A: Soluble epoxide hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5253
ポリマ－35,2111
非ポリマー3142
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Soluble epoxide hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5253
ポリマ－35,2111
非ポリマー3142
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.640, 109.640, 117.496
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Soluble epoxide hydrolase


分子量: 35210.574 Da / 分子数: 2 / 変異: F128A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus megaterium (バクテリア)
株: ECU1001 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3)
参照: UniProt: G9BEX6, pyrimidine-5'-nucleotide nucleosidase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-RN1 / (2R)-3-(naphthalen-1-yloxy)propane-1,2-diol / (R)-3-(1-ナフチルオキシ)-1,2-プロパンジオ-ル


分子量: 218.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H14O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.94 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M Tris, 2.0 M (NH4)2SO4, 0.2 M Li2SO4, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年12月16日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 121961 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.221 / Rsym value: 0.221 / Net I/σ(I): 8.337
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.9-37.40.791100
3-3.127.50.5961100
3.12-3.277.50.4781100
3.27-3.447.50.3751100
3.44-3.657.50.2731100
3.65-3.947.50.2141100
3.94-4.337.50.1661100
4.33-4.967.40.1391100
4.96-6.247.30.1691100
6.24-506.80.09199.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_637)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: 4G00

4g00
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.9→45.25 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2316 804 5.06 %5
Rwork0.156 ---
obs0.1598 15898 96.68 %-
all-16484 --
溶媒の処理減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 22.973 Å2 / ksol: 0.342 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.3344 Å20 Å20 Å2
2---0.3344 Å2-0 Å2
3---0.6688 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→45.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4719 0 42 100 4861
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084912
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1176666
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3651810
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075681
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004870
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.9002-3.08180.32051540.2171230792
3.0818-3.31970.29861290.2022244295
3.3197-3.65370.25811310.1606248997
3.6537-4.1820.19391320.1235252498
4.182-5.26760.17851360.1165258099
5.2676-45.25590.21741220.1733275299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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