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- PDB-4inn: Protein HP1028 from the human pathogen Helicobacter pylori belong... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4inn | ||||||
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Title | Protein HP1028 from the human pathogen Helicobacter pylori belongs to the lipocalin family | ||||||
![]() | HP1028 | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / beta-barrel / lipocalins fold / binding protein | ||||||
Function / homology | Lipocalin - #520 / Domain of unknown function DUF2147 / Uncharacterized protein conserved in bacteria (DUF2147) / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta / DUF2147 domain-containing protein![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Barison, N. / Cendron, L. / Loconte, V. / Zanotti, G. | ||||||
![]() | ![]() Title: Protein HP1028 from the human pathogen Helicobacter pylori belongs to the lipocalin family. Authors: Barison, N. / Cendron, L. / Loconte, V. / Proctor, E.A. / Dokholyan, N.V. / Zanotti, G. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 71.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 57.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 575.8 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 579.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 13.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 18.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS oper:
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Components
#1: Protein | Mass: 20880.230 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 17-161 / Mutation: L129M Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-P33 / | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.14 Å3/Da / Density % sol: 42.42 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion / pH: 8.5 Details: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris-HCl, 30% PEG4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Nov 21, 2008 |
Radiation | Monochromator: channel cut Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.6→50.71 Å / Num. all: 11665 / Num. obs: 11665 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 13.4 % / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 19 |
Reflection shell | Resolution: 2.6→2.74 Å / Redundancy: 13.9 % / Rmerge(I) obs: 0.225 / Mean I/σ(I) obs: 9.5 / Num. unique all: 1656 / % possible all: 99.9 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 26.95 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→50.67 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20
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