PDB-4imz: Structural Basis of Substrate Specificity and Protease Inhibition...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4imz

タイトル

Structural Basis of Substrate Specificity and Protease Inhibition in Norwalk Virus

要素

Genome polyprotein
peptide inhibitor, syc 10

キーワード

hydrolase/hydrolase inhibitor / protease / hydrolase-hydrolase inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

calicivirin / host cell Golgi membrane / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Norovirus Hu/1968/US (ウイルス)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Prasad, B.V.V. / Muhaxhiri, Z. / Deng, L. / Shanker, S. / Sankaran, B. / Estes, M.K. / Palzkill, T. / Song, Y.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2013
タイトル: Structural basis of substrate specificity and protease inhibition in norwalk virus.
著者: Muhaxhiri, Z. / Deng, L. / Shanker, S. / Sankaran, B. / Estes, M.K. / Palzkill, T. / Song, Y. / Prasad, B.V.

履歴

登録	2013年1月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年2月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年4月10日	Group: Database references
改定 1.2	2025年3月26日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4imz.cif.gz	88.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4imz.ent.gz	66.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4imz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4imz_validation.pdf.gz	447.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4imz_full_validation.pdf.gz	449.5 KB	表示
XML形式データ	4imz_validation.xml.gz	13.7 KB	表示
CIF形式データ	4imz_validation.cif.gz	18.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/4imz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/4imz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4imqC 4in1C 4in2C 4inhC 4iro C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4egv-1 3lx6-2 3byz-1 3fuq-d 2idg-4 3dge-3 1s6m-d 4egv-3 6qqt-d 6w15-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#20 - 2001年8月ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus) 類似性 (4) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Genome polyprotein

B: peptide inhibitor, syc 10

ヘテロ分子

20.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Genome polyprotein

B: peptide inhibitor, syc 10

ヘテロ分子

A: Genome polyprotein

B: peptide inhibitor, syc 10

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	122.575, 122.575, 51.126
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: タンパク質	Genome polyprotein / Protein p48 / NTPase / p41 / Protein p22 / Viral genome-linked protein / VPG / 3C-like protease / ...Protein p48 / NTPase / p41 / Protein p22 / Viral genome-linked protein / VPG / 3C-like protease / 3CLpro / Calicivirin / RNA-directed RNA polymerase / RdRp 分子量: 19410.318 Da / 分子数: 1 / 断片: norwalk virus protease (unp residues 1101-1281) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Norovirus Hu/1968/US (ウイルス) / 株: GI/Human/United States/Norwalk/1968 / 遺伝子: ORF1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q83883, nucleoside-triphosphate phosphatase, calicivirin, RNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質・ペプチド	peptide inhibitor, syc 10 タイプ: Oligopeptide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 573.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: peptide inhibitor, syc 10
#3: 化合物	ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン分子量: 58.082 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.69 %
結晶化	温度: 293.15 K / pH: 7 詳細: 0.1-0.3 M potassium thiocyanate and 25-30% polyethylene glycol monomethyl ether 2,000 , pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97921
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月10日
放射	モノクロメーター: ROSENBAUM-ROCK HIGH-RESOLUTION DOUBLE-CRYSTAL MONOCHROMATOR. LN2 COOLED FIRST CRYSTAL, SAGITTAL FOCUSING 2ND CRYSTAL プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 25322 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / R_merge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 37.6
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 11.9 % / R_merge(I) obs: 0.557 / Mean I/σ(I) obs: 6 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→35.38 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.33 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.194	1291	5.1 %
R_work	0.163	-	-
obs	0.164	25294	99.9 %
all	-	25322	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 45.56 Å² / k_sol: 0.36 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.1411 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.1411 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.2822 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→35.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1330	0	13	220	1563

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.017	1466
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.579	1936
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.576	514
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.102	215
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	251

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7012-1.7693	0.2785	120	0.2067	2607	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7693-1.8498	0.2184	156	0.1827	2590	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8498-1.9473	0.1853	149	0.1555	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9473-2.0693	0.2029	130	0.1528	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0693-2.2291	0.1938	137	0.151	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2291-2.4533	0.1864	163	0.1596	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4533-2.8082	0.2054	151	0.1702	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8082-3.5375	0.2061	138	0.1631	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5375-35.392	0.1697	147	0.1585	2878	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6612	-0.3667	-0.4874	0.812	0.2667	0.3959	0.0051	-0.024	0.0682	-0.0411	0.0195	-0.1274	-0.0382	0.0562	-0.0332	0.0781	0.0183	0.0029	0.0822	-0.0078	0.0686	33.6835	31.125	-2.9713
2	0.7304	-0.316	0.0109	0.4363	-0.5028	0.8283	0.0942	-0.1588	0.3	0.0145	-0.118	-0.2371	-0.3327	0.5151	0.2237	0.1246	-0.0672	0.0709	0.1632	0.0077	0.2533	44.8852	41.7955	-7.2079
3	0.6959	0.1699	-0.4603	0.0797	-0.1585	0.5738	0.1042	0.1041	0.2978	-0.0557	0.0787	0.0863	-0.1033	-0.0014	-0.169	0.1585	-0.0034	0.027	0.1111	0.007	0.1501	34.7752	44.4193	-4.6527
4	1.4631	-0.0346	0.1806	1.2322	-0.5109	0.2316	-0.056	0.335	-0.0666	-0.373	-0.0084	-0.0184	-0.0765	0.0141	0.0776	0.1627	0.0131	0.0265	0.1378	0.0058	0.0734	32.7726	32.9061	-15.1298
5	0.2748	0.0069	-0.0547	0.4076	0.173	0.1278	0.0026	-0.0429	0.1299	0.139	0.0094	-0.0347	0.0582	-0.097	0.0121	0.106	0.0191	-0.0006	0.0933	-0.022	0.0713	27.6007	29.4594	4.0789
6	0.1507	-0.0965	0.0026	0.1379	-0.0584	0.0463	-0.0296	-0.0384	0.0074	0.1316	-0.0073	0.0198	0.085	0.0656	-0.347	0.1137	0.0163	0.0328	0.0863	-0.0194	0.0671	28.491	35.209	12.782
7	0.3534	-0.1298	-0.0122	0.839	0.1478	0.1445	0.0154	-0.0033	0.0064	0.1796	0.004	0.1192	0.0969	0.0245	0.0127	0.1004	0.0112	0.0127	0.0993	-0.0081	0.0733	27.5847	32.263	6.9691
8	1.6904	0.0997	1.134	0.8462	-0.2134	0.8544	0.1463	-0.3727	-0.1541	0.4502	-0.054	-0.0851	0.1277	-0.0017	0.0113	0.2001	-0.0025	-0.0138	0.1603	0.014	0.0795	31.2638	33.2055	16.2631
9	0.2976	-0.2227	0.0539	0.5691	-0.1335	0.5403	0.1015	-0.3224	0.1262	0.4242	-0.1372	0.6956	-0.0848	-0.8874	0.069	0.2535	0.0257	0.0845	0.333	-0.059	0.3395	19.0364	46.1824	7.0213

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq -1:31)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 32:43)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 44:60)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 61:70)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 71:93)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 94:111)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 112:160)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 161:170)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resseq 171:181)

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