PDB-4ilu: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis CarD

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ilu

タイトル

Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis CarD

要素

RNA polymerase-binding transcription factor CarD

キーワード

TRANSCRIPTION / Tudor like domain / five helical fold / RNA polymerase binding / Transcription regulation

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of growth rate / stringent response / rRNA transcription
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Thakur, K.G. / Kaur, G.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis CarD, an essential RNA polymerase binding protein, reveals a quasidomain-swapped dimeric structural architecture.
著者: Kaur, G. / Dutta, D. / Thakur, K.G.

履歴

登録	2013年1月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年10月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月24日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.2	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ilu.cif.gz	81.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ilu.ent.gz	61.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ilu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ilu_validation.pdf.gz	441.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ilu_full_validation.pdf.gz	442.6 KB	表示
XML形式データ	4ilu_validation.xml.gz	9.1 KB	表示
CIF形式データ	4ilu_validation.cif.gz	11.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/il/4ilu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/il/4ilu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4mfrC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4mfr-1 4omy-1 3tfd-d 3atp-d 1f1m-2 1g5z-1 7bml-2 6jmu-d 3wn6-2 1t0f-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: RNA polymerase-binding transcription factor CarD

ヘテロ分子

19.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: RNA polymerase-binding transcription factor CarD

ヘテロ分子

A: RNA polymerase-binding transcription factor CarD

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.500, 93.500, 86.510
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	RNA polymerase-binding transcription factor CarD 分子量: 18988.516 Da / 分子数: 1 / 変異: S162A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: carD, MT3689, Rv3583c / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: O53568, UniProt: P9WJG3*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 75.29 % / Mosaicity: 0.64 °
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 1.5M Lithium sulphate, 0.1M HEPES pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年5月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→93.5 Å / Num. all: 17652 / Num. obs: 17652 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.4 % / R_sym value: 0.076 / Net I/σ(I): 18.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) all	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.3-2.42	11.3	0.555	0.529	1.3	28523	2521	0.164	0.555	0.529	4.8	100
2.42-2.57	11.6	0.362	0.346	2.1	27575	2387	0.105	0.362	0.346	6.1	100
2.57-2.75	11.4	0.289	0.275	2.5	25532	2246	0.085	0.289	0.275	8.5	100
2.75-2.97	11.5	0.164	0.157	4.4	24176	2094	0.048	0.164	0.157	13	100
2.97-3.25	11.5	0.106	0.101	6.8	22601	1958	0.031	0.106	0.101	18.5	100
3.25-3.64	11.5	0.071	0.066	4.9	20529	1780	0.022	0.071	0.066	27.2	100
3.64-4.2	11.3	0.058	0.056	10.4	17766	1568	0.017	0.058	0.056	35.1	100
4.2-5.14	11.4	0.057	0.054	11.1	15631	1366	0.016	0.057	0.054	38.8	100
5.14-7.27	11.2	0.038	0.037	15.7	12109	1081	0.011	0.038	0.037	35.4	100
7.27-43.255	10.1	0.036	0.034	13	6561	651	0.011	0.036	0.034	40.8	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.3.20	データスケーリング
PHENIX	1.7.3_928	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.3→41.814 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.64 / FOM work R set: 0.8366 / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.89 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2327	892	5.07 %	RANDOM
R_work	0.2072	-	-	-
obs	0.2085	17585	99.88 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 51.229 Å² / k_sol: 0.37 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 123.79 Å² / B_iso mean: 50.4053 Å² / B_iso min: 22.61 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.2997 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-4.2997 Å²	0 Å²
3-	-	-	8.5994 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→41.814 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1298	0	35	75	1408

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	1347
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.695	1825
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	203
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	232
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.356	489

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
2.3-2.4441	0.2763	155	0.2646	2721	2876
2.4441-2.6328	0.2676	152	0.2551	2715	2867
2.6328-2.8977	0.2961	137	0.2469	2765	2902
2.8977-3.3168	0.2489	160	0.2204	2737	2897
3.3168-4.1783	0.2131	144	0.1782	2792	2936
4.1783-41.8214	0.2034	144	0.1923	2963	3107

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.804	-0.9566	0.415	1.1157	-0.4239	2.7614	-0.1788	0.2191	0.087	-0.0907	-0.1692	0.0539	-0.2672	-0.4908	0.5264	0.2472	-0.0241	-0.0088	0.3207	-0.0074	0.2595	12.5909	22.5388	0.2225
2	1.8354	2.8423	0.2913	5.8077	-1.4752	7.1952	-0.2477	0.0211	-0.2616	0.5479	0.1831	-0.1483	0.3718	-0.1933	-0.1016	0.4465	-0.0179	-0.0602	0.206	-0.063	0.2583	11.243	29.2621	6.7744
3	5.9113	-6.1304	-0.683	7.1639	-1.0896	4.1137	-0.2335	-0.2506	-0.0404	0.6403	0.2686	-0.0731	-0.3126	-0.2167	-0.1381	0.3718	-0.0647	-0.0146	0.2938	0.0025	0.2248	17.8582	17.8353	11.9769
4	1.3355	-0.9668	1.0037	6.5045	-2.4841	3.7257	0.0422	-0.0029	-0.0994	0.3807	-0.2449	-1.1489	0.2724	0.4577	0.1209	0.2717	-0.0668	-0.1049	0.3277	0.0587	0.4203	34.8538	0.6836	14.408
5	2.876	-2.0879	0.7988	6.6248	-1.1631	3.6815	0.0583	-0.3511	-0.324	0.1132	0.1204	0.4798	0.1391	-0.2257	-0.1355	0.2702	-0.0656	-0.0332	0.2607	0.0733	0.2847	22.6377	2.5441	10.8418
6	4.9825	5.5121	-4.4849	6.2128	-4.6581	4.9326	0.0493	0.106	1.0342	0.2427	0.6124	0.5459	-0.1274	0.4854	-0.391	0.3028	-0.0164	0.0594	0.4292	0.0276	0.3466	31.9903	16.6585	-0.4532

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 2:30)	A	2 - 30
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 31:49)	A	31 - 49
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 50:74)	A	50 - 74
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 75:100)	A	75 - 100
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 101:163)	A	101 - 163
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 164:170)	A	164 - 170

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関連情報:EMDBヘッダ

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