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- PDB-4ili: Crystal structure of an Aar2p S253E phosphomimetic mutant protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ili
タイトルCrystal structure of an Aar2p S253E phosphomimetic mutant protein
要素A1 cistron-splicing factor AAR2
キーワードSPLICING / U5 snRNP assembly / Aar2 / Prp8
機能・相同性
機能・相同性情報


spliceosomal tri-snRNP complex assembly / U5 snRNP / spliceosomal snRNP assembly / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 - #20 / Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 / Aar2, C-terminal domain-like / A1 cistron-splicing factor, AAR2 / AAR2, N-terminal / AAR2, C-terminal / AAR2, C-terminal domain superfamily / AAR2, N-terminal domain superfamily / AAR2 C-terminal repeat region / AAR2 N-terminal domain ...Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 - #20 / Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 / Aar2, C-terminal domain-like / A1 cistron-splicing factor, AAR2 / AAR2, N-terminal / AAR2, C-terminal / AAR2, C-terminal domain superfamily / AAR2, N-terminal domain superfamily / AAR2 C-terminal repeat region / AAR2 N-terminal domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
A1 cistron-splicing factor AAR2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2046 Å
データ登録者Weber, G. / Heroven, C. / Santos, K.F. / Wahl, M.C.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2013
タイトル: Structural basis for dual roles of Aar2p in U5 snRNP assembly.
著者: Weber, G. / Cristao, V.F. / Santos, K.F. / Jovin, S.M. / Heroven, A.C. / Holton, N. / Luhrmann, R. / Beggs, J.D. / Wahl, M.C.
履歴
登録2012年12月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月27日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: A1 cistron-splicing factor AAR2
B: A1 cistron-splicing factor AAR2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,0992
ポリマ－74,0992
非ポリマー00
水00
1
A: A1 cistron-splicing factor AAR2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0501
ポリマ－37,0501
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: A1 cistron-splicing factor AAR2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0501
ポリマ－37,0501
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.820, 62.820, 326.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 A1 cistron-splicing factor AAR2


分子量: 37049.664 Da / 分子数: 2 / 変異: S253E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: AAR2, YBL074C, YBL06.06, YBL0611 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32357
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.95 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.75
詳細: 40 mM imidazole, pH 7.75, 0.95 M sodium potassium tartrate and 0.2 M sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月13日
放射モノクロメーター: Si-111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. all: 13156 / Num. obs: 13092 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 3.2→3.29 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.915 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.8 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3SBT

3sbt


解像度: 3.2046→45.259 Å / SU ML: 0.44 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 29.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3054 663 5.06 %
Rwork0.2604 --
obs0.2627 13090 99.61 %
all-13156 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2046→45.259 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4831 0 0 0 4831
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024960
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5846699
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.7321826
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044695
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002865
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2046-3.4520.37121270.32722392X-RAY DIFFRACTION99
3.452-3.79920.3361370.29222424X-RAY DIFFRACTION100
3.7992-4.34860.29961280.24912466X-RAY DIFFRACTION100
4.3486-5.47720.2811330.24392495X-RAY DIFFRACTION100
5.4772-45.26330.29011380.24642650X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.7297-0.6684-2.50665.04232.03637.0976-0.4669-2.06340.19481.0064-0.24530.93180.4729-0.57780.62950.82530.13860.25881.7229-0.24141.0934-32.389118.546424.2596
22.64842.3966-3.02983.9616-2.01277.7350.21370.04110.4759-0.59390.07540.1742-0.7833-0.8145-0.32230.94260.4615-0.07580.9315-0.16861.1169-27.242327.64171.2404
37.60291.04520.10518.097-1.78734.8927-0.08460.13990.086-0.7504-0.1499-0.6505-0.3168-0.13370.21120.51030.22420.03020.4839-0.13150.569-13.443719.35223.9159
42.4087-3.5671.7438.5637-2.88065.42670.30931.1954-1.6814-0.4647-0.03290.12890.0979-0.4156-0.05270.64170.18690.14570.8121-0.14370.9631-11.58265.69760.6368
59.19981.3851-2.65893.5821-3.33493.5125-0.2822-0.34450.35660.2426-0.3207-1.5912-0.23841.18330.561.0634-0.039-0.00441.66820.00891.09223.583230.819229.3869
64.41362.6815-2.66337.9412-2.72822.93510.3427-0.0606-0.05580.2428-0.4036-0.0847-0.3171-0.04160.14121.0413-0.022-0.21.376-0.04670.8462-4.74530.074126.8335
73.04-1.3788-5.42150.49262.60489.33120.2609-0.9751-0.24550.4309-0.03680.1542-0.93730.7207-0.59081.19990.1445-0.02621.60450.01410.8959-13.718434.031952.7895
86.3018-0.2262-2.0555.787-2.20922.2484-0.8895-1.2395-0.97321.54670.72030.13820.47950.25490.35461.84480.51240.06871.81880.08480.8716-8.175119.972350.9351
97.67-1.0818-5.19292.8934-2.24656.65220.014-0.8908-1.99891.0517-1.9449-1.4812-0.7819-1.55472.0431.62010.17030.03162.87870.13041.7783-0.532915.042557.8055
105.79215.54265.46465.37825.22425.10121.3379-0.2479-2.2111-1.8535-2.4413-4.6735-0.3023-0.49341.4091.98830.2996-0.1942.3510.56532.31233.18479.107254.1233
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 2:122)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 123:204)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 205:273)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 274:318)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resseq 1:55)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resseq 56:122)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resseq 123:217)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resseq 218:273)
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resseq 274:302)
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resseq 303:316)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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