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万見
- PDB-4ikd: Crystal structure of SNX11 PX domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ikd
タイトルCrystal structure of SNX11 PX domain
要素Sorting nexin-11
キーワードPROTEIN TRANSPORT / SNX11 / PX domain
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidylinositol phosphate binding / vesicle organization / intracellular protein transport / endosome / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sorting nexin-10/11 / Phox-like domain / PX Domain / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Xu, J. / Xu, T. / Liu, J.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Structure of Sorting Nexin 11 (SNX11) Reveals a Novel Extended PX Domain (PXe Domain) Critical for the Inhibition of Sorting Nexin 10 (SNX10) Induced Vacuolation
著者: Xu, J. / Xu, T. / Liu, J.
履歴
登録2012年12月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sorting nexin-11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4028
ポリマ－20,2041
非ポリマー1987
水2,846158
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.120, 62.400, 66.060
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Sorting nexin-11


分子量: 20203.820 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 7-170 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNX11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y5W9
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.89 % / Mosaicity: 0.28 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 20% PEG 8000, vapor diffusion, temperature 293K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→45.362 Å / Num. all: 22474 / Num. obs: 22474 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.2 % / Rsym value: 0.123 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) allRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.6-1.694.20.5980.5211.41382732540.2880.5980.5212.899.8
1.69-1.794.30.410.35821305630490.1960.410.3583.899.9
1.79-1.914.30.2630.233.11238228910.1260.2630.235.3100
1.91-2.074.30.1850.1614.11151026890.0880.1850.161799.9
2.07-2.264.30.1540.1344.51060724950.0740.1540.1348.5100
2.26-2.534.20.1390.1214.9960722700.0670.1390.1219.5100
2.53-2.924.20.1370.124.6839920160.0660.1370.1210.399.9
2.92-3.584.10.1360.1194.5694416930.0650.1360.11911.299
3.58-5.063.90.1150.0995.6524113560.0570.1150.09911.698.9
5.06-34.2913.80.120.1025.228717610.0610.120.10211.395

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→34.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / WRfactor Rfree: 0.2509 / WRfactor Rwork: 0.2013 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8703 / SU B: 1.636 / SU ML: 0.059 / SU R Cruickshank DPI: 0.0925 / SU Rfree: 0.1008 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.101 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2374 1142 5.1 %RANDOM
Rwork0.186 ---
obs0.1885 22322 99.03 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 76.68 Å2 / Biso mean: 24.3801 Å2 / Biso min: 9.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.35 Å20 Å20 Å2
2--0.76 Å20 Å2
3----0.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→34.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1214 0 7 158 1379
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0191299
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02910
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7511.9781771
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.96532212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8355167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.18323.18266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.09515216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.0371514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2203
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021440
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02283
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 66 -
Rwork0.276 1425 -
all-1491 -
obs--99.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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