PDB-4ije: Crystal structure of the Zaire ebolavirus VP35 interferon inhibit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ije

タイトル

Crystal structure of the Zaire ebolavirus VP35 interferon inhibitory domain R312A/K319A/R322A mutant

要素

Polymerase cofactor VP35

キーワード

VIRAL PROTEIN / IFN inhibition / polymerase cofactor / RNA binding protein / interferon antagonism / virus

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated suppression of host defenses / symbiont-mediated suppression of host RNAi-mediated antiviral immune response / negative regulation of miRNA-mediated gene silencing / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IKBKE activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF7 activity / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / positive regulation of protein sumoylation / viral transcription / molecular sequestering activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Zaire ebolavirus (エボラウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.899 Å

データ登録者

Binning, J.B. / Wang, T. / Leung, D.W. / Xu, W. / Borek, D. / Amarasinghe, G.K.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Development of RNA Aptamers Targeting Ebola Virus VP35.
著者: Binning, J.M. / Wang, T. / Luthra, P. / Shabman, R.S. / Borek, D.M. / Liu, G. / Xu, W. / Leung, D.W. / Basler, C.F. / Amarasinghe, G.K.

履歴

登録	2012年12月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年12月11日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ije.cif.gz	216.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ije.ent.gz	174.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ije.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4ije_validation.pdf.gz	459.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ije_full_validation.pdf.gz	459.6 KB	表示
XML形式データ	4ije_validation.xml.gz	22.9 KB	表示
CIF形式データ	4ije_validation.cif.gz	32.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ij/4ije ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ij/4ije	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ijfC 3fkeS 3l25 3l26 3l27 3l28 3l29 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4gh9-d 4ijf-d 4zz4-d 1k59-d 3p2a-2 3l29-1 1h52-d 4g90-2 5bpv-2 1djt-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#178 - 2014年10月エボラウイルスタンパク質 (Ebola Virus Proteins) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Polymerase cofactor VP35

B: Polymerase cofactor VP35

C: Polymerase cofactor VP35

D: Polymerase cofactor VP35

ヘテロ分子

56.4 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Polymerase cofactor VP35

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Polymerase cofactor VP35

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.1 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Polymerase cofactor VP35

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.1 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Polymerase cofactor VP35

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	81.012, 81.012, 344.410
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: タンパク質	Polymerase cofactor VP35 分子量: 13980.188 Da / 分子数: 4 / 断片: interferon inhibitory domain (UNP residues 218-340) / 変異: R312A, K319A, R322A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Zaire ebolavirus (エボラウイルス) 株: Mayinga-76 / 遺伝子: VP35 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q05127
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 351 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.83 %
結晶化	温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 2.2 M sodium potassium phosphate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.15K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792075 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月21日

放射

モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792075 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.899→50 Å / Num. obs: 54187 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.1 % / R_merge(I) obs: 0.13 / Χ²: 1.047 / Net I/σ(I): 9.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all	R_merge(I) obs
1.899-1.93	5.7	2648	0.915	1	99.5
1.93-1.97	6.4	2625	0.98	1	99.7
1.97-2.01	7.1	2642	0.946	1	99.7	0.852
2.01-2.05	7.7	2625	0.974	1	99.8	0.705
2.05-2.09	8.4	2663	1.016	1	99.9	0.639
2.09-2.14	9	2656	1.008	1	99.8	0.577
2.14-2.19	9.5	2670	1.004	1	99.9	0.53
2.19-2.25	9.7	2674	1.059	1	100	0.456
2.25-2.32	9.8	2646	0.998	1	100	0.395
2.32-2.39	9.8	2660	1.031	1	99.8	0.303
2.39-2.48	9.9	2667	1.021	1	100	0.26
2.48-2.58	9.9	2691	1.029	1	99.9	0.215
2.58-2.7	10	2710	1.068	1	99.9	0.179
2.7-2.84	10	2687	1.06	1	100	0.144
2.84-3.02	10	2726	1.122	1	100	0.124
3.02-3.25	10	2751	1.248	1	100	0.11
3.25-3.58	10	2737	1.372	1	100	0.101
3.58-4.09	9.9	2792	1.234	1	100	0.086
4.09-5.16	9.7	2845	1.029	1	100	0.074
5.16-50	9.3	3072	0.663	1	98.8	0.058

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3FKE

3fke

解像度: 1.899→33.096 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8677 / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.95 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2283	2559	5.07 %	RANDOM
R_work	0.1933	-	-	-
obs	0.195	50452	93.21 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 106.96 Å² / B_iso mean: 29.037 Å² / B_iso min: -0 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.899→33.096 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3784	0	21	351	4156

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.019	4057
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.88	5545
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	617
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	730
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.652	1526

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.899-1.936	0.3106	75	0.2336	1430	1505	51
1.936-1.9755	0.2798	92	0.2383	1733	1825	62
1.9755-2.0185	0.2676	111	0.2318	2220	2331	79
2.0185-2.0654	0.236	139	0.2205	2541	2680	91
2.0654-2.1171	0.2505	140	0.2209	2694	2834	96
2.1171-2.1743	0.2579	149	0.2093	2726	2875	98
2.1743-2.2383	0.2525	162	0.2046	2740	2902	98
2.2383-2.3105	0.2665	149	0.1983	2805	2954	99
2.3105-2.393	0.2398	132	0.1936	2835	2967	100
2.393-2.4888	0.2449	165	0.1991	2798	2963	100
2.4888-2.6021	0.2549	145	0.1961	2859	3004	100
2.6021-2.7392	0.2438	155	0.2018	2825	2980	100
2.7392-2.9107	0.2225	142	0.2002	2869	3011	100
2.9107-3.1353	0.2238	167	0.1981	2853	3020	100
3.1353-3.4505	0.2277	155	0.1897	2882	3037	100
3.4505-3.9491	0.2254	159	0.1806	2921	3080	100
3.9491-4.9727	0.1822	174	0.1581	2958	3132	100
4.9727-33.1006	0.1975	148	0.1895	3204	3352	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.61	-0.507	0.4024	1.8173	0.3013	0.8674	-0.0203	-0.0282	-0.3984	-0.0867	0.0101	-0.0809	0.2319	0.0717	-0.0624	0.2554	0.0442	0.0361	0.0347	0.0255	0.1593	-16.6903	13.0751	19.9157
2	2.1897	0.6294	0.3137	1.8059	1.0184	1.2745	-0.0422	0.0059	-0.1682	-0.3067	0.0365	0.0515	0.1531	0.1063	-0.0705	0.2913	0.0244	0.0258	0.0483	0.0248	0.1473	-18.9005	17.528	14.2661
3	2.5032	-0.4789	-0.7326	3.1866	0.756	4.2596	-0.0364	0.2543	-0.2377	-0.3651	0.0598	0.2097	-0.0389	-0.1245	-0.035	0.3132	0.0076	-0.0586	0.085	-0.0343	0.1687	-32.13	16.548	9.4481
4	1.1905	-0.9525	0.0058	2.8969	0.8199	2.4831	0.0059	-0.0148	0.2052	-0.0889	0.0073	-0.4957	-0.2027	0.2854	-0.1263	0.2467	0.0517	0.1052	0.1181	0.0182	0.2067	7.1762	35.861	19.7241
5	0.8896	-0.3408	-0.1526	1.9929	0.0206	0.9269	-0.0475	0.0626	-0.0178	-0.2358	-0.0118	-0.1682	-0.1065	0.0487	-0.1188	0.3083	-0.0001	0.0874	0.0797	0.0196	0.1655	1.5796	44.3613	14.9434
6	0.5019	-0.1848	-0.3826	0.4803	0.2629	0.8912	0.1492	0.1648	0.0099	-0.3224	-0.0882	0.0435	-0.2567	-0.1258	0.0391	0.3479	0.0746	0.1026	0.0808	-0.0162	0.1137	-1.819	35.7221	11.1871
7	1.6526	2.8149	-2.0196	4.8141	-3.2243	4.8333	-0.1267	-0.5195	-0.574	-0.0051	-0.1121	-0.5555	0.5775	0.8009	0.2661	0.3199	0.1513	0.1325	0.2871	0.0734	0.3598	12.9267	17.4734	15.0439
8	6.1509	-1.92	4.7704	5.3045	1.4545	5.5412	-0.4368	-0.6851	-0.7319	1.395	0.2997	0.2096	0.4908	-0.2176	0.11	0.4563	0.1188	0.0956	0.1888	0.0399	0.2612	5.175	19.1604	23.1553
9	0.3257	-0.0886	-0.3247	0.5989	0.0397	1.0489	-0.1238	-0.0443	-0.11	-0.0317	0.0216	-0.0231	0.0745	0.0062	-0.0836	0.3705	0.097	0.1559	0.1348	0.0211	0.1888	2.0069	20.9266	10.9391
10	3.7568	2.0887	1.9067	2.4041	0.6609	3.3574	0.0505	0.2193	-0.4942	0.0632	0.087	-0.4199	0.3956	0.3936	-0.1389	0.3878	0.0916	0.1465	0.1397	0.011	0.241	6.9721	15.751	12.0129
11	2.0015	0.6079	-0.0074	3.2941	-0.716	3.3331	-0.0478	-0.1075	0.1644	0.0757	-0.0666	0.5196	-0.1318	-0.1578	-0.0339	0.1927	-0.0449	0.0612	0.1026	-0.0118	0.1598	0.5659	33.2467	-17.5075
12	1	1.2421	-0.2015	2.8798	-0.8867	0.7096	0.074	-0.0827	0.1223	0.284	-0.0204	0.2285	-0.1313	-0.0292	-0.0083	0.2549	-0.0836	0.0847	0.0574	-0.0082	0.1364	6.2889	41.9983	-14.4556
13	0.1587	-0.3028	0.06	0.5755	-0.1175	0.0721	0.0732	-0.1545	0.0849	0.5163	-0.0399	-0.0869	-0.2715	0.1479	-0.06	0.3365	-0.0556	0.0523	0.0946	-0.0066	0.1417	10.9641	34.2753	-10.8865
14	1.4952	-0.413	-0.0263	2.5833	-0.26	3.5995	-0.1562	0.1268	-0.3036	-0.0049	0.1033	0.376	0.2677	-0.1968	0.0475	0.3059	-0.0479	0.159	0.0977	-0.0225	0.2326	2.4559	18.0463	-9.6904
15	2.9595	-1.5553	1.1398	2.2016	-0.1461	3.0387	0.1299	-0.2197	-0.56	0.0201	0.0509	0.4071	0.4492	-0.4385	-0.205	0.3373	-0.1106	0.118	0.1394	-0.0135	0.2856	1.5365	14.2428	-7.5584
16	0.4385	-0.0892	-0.209	1.4806	0.0929	0.3788	-0.0877	-0.0006	0.1745	-0.1401	0.025	0.2391	-0.2136	-0.0835	0.0518	0.3125	0.0543	-0.0854	0.0198	-0.0448	0.1853	-15.8513	59.7166	16.8046
17	2.3333	0.2479	0.1474	0.7036	-0.342	1.0193	-0.2059	0.1447	0.2205	-0.3486	0.1641	0.0552	-0.1281	-0.043	-0.0042	0.3364	-0.0034	-0.0761	0.0654	-0.0059	0.1382	-13.0296	54.7421	11.8804
18	1.4632	-0.5169	0.7956	2.942	-0.0806	1.9122	-0.1368	0.1521	0.0997	-0.3243	0.1542	-0.3695	-0.0003	0.0539	0.0157	0.4307	-0.0803	0.0742	0.1009	-0.015	0.1565	0.4521	54.9067	8.2122

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 217 through 252 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 253 through 307 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 308 through 340 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 217 through 252 )	B
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 253 through 269 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 270 through 292 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 293 through 302 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 303 through 307 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 308 through 329 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 330 through 340 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 217 through 252 )	C
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 253 through 268 )	C
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 269 through 292 )	C
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 293 through 329 )	C
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 330 through 340 )	C
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 217 through 252 )	D
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 253 through 307 )	D
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 308 through 340 )	D

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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