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- PDB-4iiv: Crystal structure of a putative 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein]r... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4iiv
タイトルCrystal structure of a putative 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein]reductase from Escherichia coli strain CFT073 complexed with NADP+ at 2.5 A resolution
要素3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / structural genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / short chain dehydrogenase / FabG / beta-ketoacyl-acyl carrier protein reductase / Rossmann fold
機能・相同性
機能・相同性情報


3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase, putative / : / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Hou, J. / Osinski, T. / Zheng, H. / Shumilin, I. / Shabalin, I. / Shatsman, S. / Anderson, W.F. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a putative 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein]reductase from Escherichia coli strain CFT073 complexed with NADP+ at 2.5 A resolution
著者: Hou, J. / Osinski, T. / Zheng, H. / Shumilin, I. / Shabalin, I. / Shatsman, S. / Anderson, W.F. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2012年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase
B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase
C: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase
D: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,8198
ポリマ－113,8464
非ポリマー2,9744
水5,386299
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17390 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area31710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.477, 127.477, 122.951
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 243 / Label seq-ID: 26 - 267

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

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要素

#1: タンパク質
3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase / beta-ketoacyl-acyl carrier protein reductase / FabG


分子量: 28461.430 Da / 分子数: 4 / 変異: C20R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: CFT073 / ATCC 700928 / UPEC / 遺伝子: c1187, NT04EC1225 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL
参照: UniProt: Q8FJ14, UniProt: A0A0H2V833*PLUS, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.44 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M sodium bromide, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 8.5, 27.5% w/v PEG3350, VAPOR DIFFUSION, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月11日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 39057 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 38.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 30.3
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 12.7 % / Rmerge(I) obs: 0.823 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 1943 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-3000データ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3OSU

3osu


解像度: 2.5→41.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / WRfactor Rfree: 0.1971 / WRfactor Rwork: 0.1628 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8566 / SU B: 8.067 / SU ML: 0.177 / SU R Cruickshank DPI: 0.5287 / SU Rfree: 0.2588 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.529 / ESU R Free: 0.259 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2198 1899 5 %RANDOM
Rwork0.1804 ---
obs0.1824 37974 97.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 107.2 Å2 / Biso mean: 35.2639 Å2 / Biso min: 10.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.3 Å2-0.3 Å20 Å2
2---0.3 Å20 Å2
3---0.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→41.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7023 0 192 299 7514
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0197376
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.027051
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.511.97810017
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.129316069
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5155969
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.97123.677291
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.652151171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2571558
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.21145
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.028541
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021717
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A136760.09
12B136760.09
21A142630.07
22C142630.07
31A142950.07
32D142950.07
41B137390.07
42C137390.07
51B135390.09
52D135390.09
61C139740.07
62D139740.07
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.568 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 86 -
Rwork0.217 1972 -
all-2058 -
obs--71.78 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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