[日本語] English
万見
- PDB-4ii1: Crystal structure of the zinc finger of ZGPAT -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ii1
タイトルCrystal structure of the zinc finger of ZGPAT
要素Zinc finger CCCH-type with G patch domain-containing protein
キーワードTRANSCRIPTION / transcription regulation / structural genomics consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding ...negative regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
SH3 type barrels. - #1190 / E3 ligase, CCCH-type zinc finger / CCCH-type zinc finger / G-patch domain / G-patch domain profile. / G-patch domain / glycine rich nucleic binding domain / Zinc finger, CCCH-type superfamily / zinc finger / Zinc finger, CCCH-type ...SH3 type barrels. - #1190 / E3 ligase, CCCH-type zinc finger / CCCH-type zinc finger / G-patch domain / G-patch domain profile. / G-patch domain / glycine rich nucleic binding domain / Zinc finger, CCCH-type superfamily / zinc finger / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / SH3 type barrels. - #140 / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc finger CCCH-type with G patch domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Bian, C. / Tempel, W. / Dong, A. / Chao, X. / Fu, M. / Wernimont, A.K. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. ...Bian, C. / Tempel, W. / Dong, A. / Chao, X. / Fu, M. / Wernimont, A.K. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of the zinc finger of ZGPAT
著者: Bian, C. / Tempel, W. / Dong, A. / Chao, X. / Fu, M. / Wernimont, A.K. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J.
履歴
登録2012年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Zinc finger CCCH-type with G patch domain-containing protein
B: Zinc finger CCCH-type with G patch domain-containing protein
C: Zinc finger CCCH-type with G patch domain-containing protein
D: Zinc finger CCCH-type with G patch domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,37327
ポリマ－75,1114
非ポリマー26223
水00
1
A: Zinc finger CCCH-type with G patch domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8437
ポリマ－18,7781
非ポリマー656
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Zinc finger CCCH-type with G patch domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8436
ポリマ－18,7781
非ポリマー655
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Zinc finger CCCH-type with G patch domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8435
ポリマ－18,7781
非ポリマー654
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Zinc finger CCCH-type with G patch domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8439
ポリマ－18,7781
非ポリマー658
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.170, 87.070, 76.570
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.650, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Zinc finger CCCH-type with G patch domain-containing protein / G patch domain-containing protein 6 / Zinc finger CCCH domain-containing protein 9 / Zinc finger ...G patch domain-containing protein 6 / Zinc finger CCCH domain-containing protein 9 / Zinc finger and G patch domain-containing protein


分子量: 18777.736 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 119-268 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: ZGPAT, GPATC6, GPATCH6, KIAA1847, ZC3H9, ZC3HDC9, ZIP
プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8N5A5
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 19 / 由来タイプ: 合成

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.52 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.2 M sodium citrate, 5% MPD, 0.1 M sodium HEPES, 3 molar equivalents of H3K4me3 peptide., pH 7.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.28292 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.28292 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→37.8 Å / Num. obs: 20804 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 67.802 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 12.55
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.65-2.720.9461.946400151998.3
2.72-2.790.7442.316311148198.7
2.79-2.870.5383.116160144498.8
2.87-2.960.3924.026012141298.9
2.96-3.060.3174.845979140598.7
3.06-3.170.2256.445521128998.8
3.17-3.290.1668.435468128899.2
3.29-3.420.11710.795248123799.5
3.42-3.570.10412.444979117598.7
3.57-3.750.07615.214707112698.8
3.75-3.950.06118.164585109399.3
3.95-4.190.04920.894267101799
4.19-4.480.04623.12399896599.3
4.48-4.840.04224.19370790499.3
4.84-5.30.04325.21336181899.4
5.3-5.930.04824.41307975799.5
5.93-6.840.05124.42263266498.7
6.84-8.380.04826.23220555597.2
8.38-11.850.04228.22166543197.1
11.850.03727.6481922486.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
SHELX位相決定
SHARP位相決定
BUSTER-TNTBUSTER 2.10.0精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータ削減
BUSTER2.10.0精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.65→37.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8855 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU R Cruickshank DPI: 0.494 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: DM, resolve, refmac, buccaneer, arp/warp atom update, PARROT, PHASER were also used for phase improvement and model building/refinement. COOT was used for interactive model re-building and ...詳細: DM, resolve, refmac, buccaneer, arp/warp atom update, PARROT, PHASER were also used for phase improvement and model building/refinement. COOT was used for interactive model re-building and model geometry was validated on the MOLPROBITY server.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2416 985 4.74 %THIN SHELLS (SFTOOLS)
Rwork0.2085 ---
obs0.2102 20787 98.76 %-
原子変位パラメータBiso max: 163.14 Å2 / Biso mean: 66.9971 Å2 / Biso min: 30 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.6709 Å20 Å24.6329 Å2
2---12.7657 Å20 Å2
3---3.0948 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.347 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→37.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3947 0 23 0 3970
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1225SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes71HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes622HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4054HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion530SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance16HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4025SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4054HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg5540HARMONIC21.01
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.65
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.52
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.79 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2388 147 4.9 %
Rwork0.2299 2850 -
all0.2304 2997 -
obs--98.76 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る