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- PDB-4ihi: Crystal structure of the Delta-pyrroline-5-carboxylate dehydrogen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ihi
タイトルCrystal structure of the Delta-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase from Mycobacterium tuberculosis bound with NAD
要素Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Rossmann fold / pyrroline-5-carboxylate dehtdrogenase / pyrroline-5-carboxylic acid / dehydrogenation
機能・相同性
機能・相同性情報


L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase / 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase activity / proline catabolic process to glutamate / cytoplasmic side of plasma membrane / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase / : / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family ...Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase / : / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Lagautriere, T. / Bashiri, G. / Baker, E.N.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Characterization of the proline-utilization pathway in Mycobacterium tuberculosis through structural and functional studies.
著者: Lagautriere, T. / Bashiri, G. / Paterson, N.G. / Berney, M. / Cook, G.M. / Baker, E.N.
履歴
登録2012年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月16日Group: Database references
改定 1.22014年11月12日Group: Structure summary
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7982
ポリマ－61,1351
非ポリマー6631
水8,107450
1
A: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,5964
ポリマ－122,2692
非ポリマー1,3272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_667-y+1,-x+1,-z+21
Buried area10650 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area37560 Å2
手法PISA
2
A: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)370,78812
ポリマ－366,8076
非ポリマー3,9816
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
crystal symmetry operation10_667-y+1,-x+1,-z+21
crystal symmetry operation11_657-x+y+1,y,-z+21
crystal symmetry operation12_557x,x-y,-z+21
Buried area46630 Å2
ΔGint-136 kcal/mol
Surface area98000 Å2
手法PISA
3
A: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,5964
ポリマ－122,2692
非ポリマー1,3272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_557x,x-y,-z+21
Buried area5420 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area42790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)163.937, 163.937, 194.025
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number177
Space group name H-MP622

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要素

#1: タンパク質 Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase / PROBABLE PYRROLINE-5-CARBOXYLATE DEHYDROGENASE ROCA


分子量: 61134.566 Da / 分子数: 1 / 変異: G505D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: MT1224, pruA, rocA, Rv1187 / 発現宿主: Mycobacterium smegmatis (バクテリア) / 株 (発現宿主): Mc2 4517 / 参照: UniProt: O50443, EC: 1.5.1.12
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 450 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 80.31 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.1
詳細: 0.1 M Bicine/Tris pH 8.1, 12% polyethylene glycol (PEG) 1000, 12% PEG 3350, 12% 2-methyl-2,4-pentandiol (MPD), 0.03 M sodium nitrate, 0.03 M disodium hydrogen phosphate and 0.03 M ammonium ...詳細: 0.1 M Bicine/Tris pH 8.1, 12% polyethylene glycol (PEG) 1000, 12% PEG 3350, 12% 2-methyl-2,4-pentandiol (MPD), 0.03 M sodium nitrate, 0.03 M disodium hydrogen phosphate and 0.03 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953688 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953688 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→29.65 Å / Num. obs: 73091 / % possible obs: 99.8 %
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
1.91-2.02198.6
6.05-29.65199.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.25→29.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.832 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.796 / SU B: 4.619 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.192 / ESU R Free: 0.184 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. STRUCTURE CONSISTS IN AN ARRANGEMENT OF ORDERED AND DISORDERED LAYERS RESULTING IN GAPS BETWEEN ORDERED MOLECULES. ALTHOUGH NO MOLECULES ARE ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. STRUCTURE CONSISTS IN AN ARRANGEMENT OF ORDERED AND DISORDERED LAYERS RESULTING IN GAPS BETWEEN ORDERED MOLECULES. ALTHOUGH NO MOLECULES ARE MODELLED WITHIN THIS EMPTY LAYER, MAD DATA FROM SEMET-PRUA CRYSTALS INDICATES THAT PROTEIN ELECTRON DENSITY EXISTS WITHING THESE GAPS AND SUGGESTS A MOTION OF THE ENTIRE LAYER.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30723 3641 5.1 %RANDOM
Rwork0.27503 ---
obs0.27665 68453 98.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.087 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.29 Å2-0.14 Å20 Å2
2---0.29 Å20 Å2
3---0.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→29.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4098 0 44 450 4592
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0194273
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022827
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9281.9575835
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.06936837
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7785536
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.95422.953193
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.34415627
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.8721536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.2649
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0214839
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02930
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.439 214 -
Rwork0.41 4188 -
obs--88.54 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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