PDB-4igx: Crystal structure of kirola (Act d 11) - triclinic form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4igx

タイトル

Crystal structure of kirola (Act d 11) - triclinic form

要素

Kirola

キーワード

ALLERGEN / MLP/RRP family / PR-10 related

機能・相同性

機能・相同性情報

activation of immune response / defense response
類似検索 - 分子機能

生物種

Actinidia deliciosa (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Chruszcz, M. / Ciardiello, M.A. / Giangrieco, I. / Osinski, T. / Minor, W.

引用

ジャーナル: Mol.Immunol. / 年: 2013
タイトル: Structural and bioinformatic analysis of the kiwifruit allergen Act d 11, a member of the family of ripening-related proteins.
著者: Chruszcz, M. / Ciardiello, M.A. / Osinski, T. / Majorek, K.A. / Giangrieco, I. / Font, J. / Breiteneder, H. / Thalassinos, K. / Minor, W.

履歴

登録	2012年12月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年4月13日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_site Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4igx.cif.gz	244.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4igx.ent.gz	199.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4igx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4igx_validation.pdf.gz	459.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4igx_full_validation.pdf.gz	467.7 KB	表示
XML形式データ	4igx_validation.xml.gz	22.9 KB	表示
CIF形式データ	4igx_validation.cif.gz	31 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/4igx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/4igx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4igvSC 4igwC 4igyC 4ih0C 4ih2C 4ihrC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4m2x-4 4lag-d 6vsg-2 5nff-13 4x38-d 6cxm-2 1gu3-d 6vv6-1 4m2x-1 1w1h-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Kirola

B: Kirola

C: Kirola

D: Kirola

ヘテロ分子

69.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Kirola

登録者が定義した集合体
17.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Kirola

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
17.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Kirola

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
17.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Kirola

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
17.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.661, 43.039, 94.126
Angle α, β, γ (deg.)	76.70, 85.67, 83.49
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 5 - 146 / Label seq-ID: 5 - 146

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D

#1: タンパク質	Kirola / Act d 11 分子量: 17422.963 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Actinidia deliciosa (植物) / 参照: UniProt: P85524
#2: 化合物	ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.32 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1 M Bis-Tris, 0.2 M sodium chloride, 25% PEG3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月16日
放射	モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→50 Å / Num. all: 23741 / Num. obs: 23741 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 46 Å² / R_merge(I) obs: 0.086 / R_sym value: 0.086 / Net I/σ(I): 18.3
反射シェル	解像度: 2.35→2.39 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 1058 / R_sym value: 0.34 / % possible all: 84.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		位相決定
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4IGV

4igv

解像度: 2.35→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 18.684 / SU ML: 0.207 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.497 / ESU R Free: 0.267 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2418	1215	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1839	-	-	-
all	0.18695	22488	-	-
obs	0.18695	22488	97.12 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 77.003 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.41 Å²	-0.24 Å²	-0.51 Å²
2-	-	2.68 Å²	2.67 Å²
3-	-	-	-3.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4603	0	13	61	4677

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	4699
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	3048
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.409	1.956	6365
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	4.245	3	7507
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.229	5	571
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.572	25.604	207
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.47	15	843
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.846	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	752
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	5111
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	921
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.522	1.5	2854
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0	1.5	1175
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.997	2	4658
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.692	3	1845
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.768	4.5	1707
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
A	818	medium positional	0.18	0.5
B	818	medium positional	0.24	0.5
C	818	medium positional	0.27	0.5
D	818	medium positional	0.19	0.5
A	958	loose positional	0.46	5
B	958	loose positional	0.44	5
C	958	loose positional	0.5	5
D	958	loose positional	0.45	5
A	818	medium thermal	0.45	2
B	818	medium thermal	0.51	2
C	818	medium thermal	0.39	2
D	818	medium thermal	0.42	2
A	958	loose thermal	0.67	10
B	958	loose thermal	0.69	10
C	958	loose thermal	0.59	10
D	958	loose thermal	0.55	10

LS精密化シェル

解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.293	73	-
R_work	0.229	1491	-
obs	-	-	86.17 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.7925	-0.3145	-1.3387	1.7665	-0.6095	6.4438	-0.0463	0.1238	-0.2472	0.0342	0.1176	-0.0132	0.2063	-0.3821	-0.0713	0.1768	0.0194	-0.0062	0.0327	-0.003	0.2567	-2.104	-6.356	0.911
2	3.0553	0.0729	1.2747	2.6293	0.3922	3.0064	-0.0301	-0.0706	0.1522	0.0915	-0.0446	-0.0376	-0.193	-0.1206	0.0747	0.1633	0.0262	0.0183	0.0536	-0.0221	0.2052	-2.875	5.024	0.049
3	3.1381	1.8159	0.0909	6.0388	-4.2171	4.5533	0.1918	0.0555	-0.0132	0.1153	-0.2287	-0.2392	0.0374	0.5678	0.0369	0.2171	0.0264	0.039	0.1664	-0.0667	0.3056	6.507	-2.193	-1.172
4	5.8959	-1.2005	1.4537	2.1798	-0.6681	4.7373	0.1148	-0.0234	0.3082	-0.0106	0.0812	0.1393	-0.2289	-0.4164	-0.196	0.1904	-0.0096	0.0326	0.0895	0.0467	0.2483	-21.56	-11.019	14.795
5	3.7986	-1.2231	0.1282	4.0723	0.0384	2.4323	0.085	0.0066	-0.2585	-0.1968	0.0798	0.2304	0.2501	-0.1035	-0.1648	0.207	-0.009	-0.0238	0.0323	-0.0179	0.2326	-21.507	-21.937	16.77
6	4.1572	-1.4918	1.2129	5.8689	-3.1447	3.5518	0.3573	-0.0647	0.1413	-0.0911	-0.357	-0.1561	0.1277	0.742	-0.0003	0.235	0.0188	0.0105	0.2078	-0.0466	0.2893	-12.158	-15.986	17.319
7	3.6981	1.1497	-2.6891	3.9434	1.1194	7.2145	-0.0028	0.3719	0.3576	-0.259	0.2688	0.3296	-0.8185	-0.2888	-0.266	0.5245	0.0265	0.0061	0.2205	0.0598	0.2841	-17.195	7.711	-24.478
8	2.0822	1.08	-0.3548	4.3088	0.9835	7.306	-0.0884	0.3361	-0.001	-0.4777	0.0263	0.2178	0.2228	-0.4826	0.0621	0.2773	0.0116	-0.0041	0.1473	0.0036	0.2048	-18.868	-2.501	-21.712
9	2.4854	-0.6166	-0.5275	15.168	-0.0517	6.7914	-0.1667	0.229	-0.0437	-0.8558	0.1761	0.1981	-0.0951	0.0452	-0.0094	0.5066	-0.0687	0.097	0.2382	-0.0391	0.2497	-13.277	0.986	-31.402
10	3.867	0.0664	-0.4349	4.3877	0.6263	6.3473	-0.0104	0.1472	-0.1491	0.5415	0.0226	-0.1979	0.4365	-0.0336	-0.0122	0.4207	-0.078	-0.0686	0.1815	0.0269	0.2206	-36.586	-21.826	41.513
11	2.7951	-0.7047	0.0295	2.9337	0.2125	3.6117	0.0877	0.0528	0.2429	0.4779	-0.1709	-0.0865	-0.3122	-0.114	0.0832	0.3342	-0.0628	-0.0049	0.1422	-0.0048	0.2456	-38.086	-11.169	37.663
12	3.1802	0.358	0.1642	7.482	-2.15	5.7001	0.0233	-0.0541	0.0538	1.2066	0.024	-0.0041	-0.0627	0.2627	-0.0474	0.5593	-0.015	-0.1321	0.3483	-0.041	0.355	-31.86	-15.524	46.888

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 42
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	43 - 106
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	107 - 149
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	3 - 43
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	44 - 106
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	107 - 148
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	3 - 42
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	43 - 106
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	107 - 147
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	3 - 43
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	44 - 103
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	104 - 148

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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